目次
NIPT（新型出生前診断）の費用相場は、おおむね10万〜20万円です。3つのトリソミーだけを調べる検査なら10万円前後から、全染色体や微小欠失、単一遺伝子疾患まで調べる検査では20万円を超えることもあります。価格は、検査項目の数、検査会社の技術、遺伝カウンセリングの体制、陽性時のフォローの4つで決まります。NIPTは健康保険の対象外で、国税庁の見解では医療費控除の対象にもなりません。この記事では、相場の内訳と価格差の理由、安いNIPTを選ぶときの注意点を解説します。
Q. NIPTの費用相場はいくらですか？
A. おおむね10万〜20万円です。認証施設（3つのトリソミーのみ）では10万〜20万円前後、非認証施設では検査範囲によって数万円台から30万円前後まで幅があります。表示価格だけでなく、カウンセリング料や陽性時の確定検査の費用まで含めた総額で比べることが大切です。
- ➤費用相場 → おおむね10万〜20万円。検査範囲が広いほど高くなる
- ➤価格差の理由 → 検査項目・検査会社の技術・カウンセリング体制・陽性時のフォロー
- ➤安いNIPTの注意点 → 陽性時のカウンセリングや確定検査で追加費用が出ることがある
- ➤保険・税金 → 保険適用外。NIPTの費用は医療費控除の対象外（妊婦健診などは対象）
⏱️ 30秒でわかる要約
💰 Q. NIPTはいくらくらいかかる？
相場はおおむね10万〜20万円です。3つのトリソミーだけなら10万円前後から、全染色体・微小欠失・単一遺伝子疾患まで広げると20万円を超えることがあります。
🔍 Q. 安いNIPTを選んでも大丈夫？
検査料が安くても、陽性時の再カウンセリングや羊水検査が別料金だと、総額はかえって高くなることがあります。比べるのは表示価格ではなく、陽性だった場合まで含めた総額です。
🧾 Q. 保険や医療費控除は使える？
NIPTは自費診療で、国税庁はNIPTの費用は医療費控除の対象にならないとの見解を示しています。一方、妊婦健診や分娩の費用、通院の交通費などは控除の対象になります。
1. NIPTの費用相場はいくら？10万〜20万円の内訳
NIPTの費用相場は、おおむね10万〜20万円です。NIPTは健康保険が使えない自費診療のため、医療機関がそれぞれ料金を決めています。同じ「NIPT」でも、何を調べるか、どこで受けるかによって、数万円台から30万円前後まで開きがあります。
「費用がいくらかかるのか心配」「施設によって料金が違いすぎて、何を選べばいいかわからない」と感じている方は多いと思います。まずは相場の目安を押さえたうえで、何にお金を払うのかを確認していきましょう。
💰 NIPTの費用相場の目安
| 施設・検査の範囲 | 費用の目安 | 調べる範囲 |
|---|---|---|
| 認証施設 | 10万〜20万円前後 | 3つのトリソミー（21・18・13） |
| 非認証施設（基本） | 数万円台〜12万円前後 | 3つのトリソミー（性染色体を含むことも） |
| 非認証施設（全染色体・微小欠失） | 15万〜20万円前後 | 全染色体の数の変化、一部の微小欠失 |
| 非認証施設（単一遺伝子疾患まで） | 20万〜30万円前後 | 上記に加えて、単一遺伝子疾患 |
※各施設の公開価格をもとにした目安です。料金は改定されることがあるため、受ける前に各施設の最新の料金を確認してください。当院の料金はNIPTの料金のページにまとめています。
💡 用語解説：3つのトリソミー
NIPTで基本的に調べる3つの染色体の数の変化です。21トリソミー（ダウン症候群）、18トリソミー、13トリソミーを指し、認証施設で調べるのはこの3つです[6]。
費用に含まれるもの・含まれないもの
NIPTの料金に何が含まれているかは、施設によって大きく違います。表示価格だけで比べると、あとから追加の費用がかかることがあります。次の項目が料金に含まれているかを確かめてください。
🧾 料金に含まれているかを確かめたい項目
| 項目 | 含まれていることが多いか | 別料金の場合の目安 |
|---|---|---|
| 採血・検査料 | 含まれる | ― |
| 検査前の遺伝カウンセリング | 施設による | 5,000〜15,000円程度 |
| 結果の説明 | 含まれることが多い | ― |
| 陽性時の再カウンセリング | 施設による | 10,000〜30,000円程度 |
| 確定検査（羊水検査・絨毛検査） | 通常は別料金 | 15万〜25万円程度 |
※陽性時の確定検査の費用を補助する制度を設けている施設もあります。羊水検査・絨毛検査そのものの費用は出生前診断の費用（検査の種類別）で詳しく解説しています。
2. 認証施設と非認証施設の費用・サービスの違い
認証施設は検査項目が3つのトリソミーに限られ、非認証施設は検査項目を広げたプランを用意していることが多い、というのが大きな違いです。「認可」「無認可」と呼ばれることもありますが、正しくは日本医学会の出生前検査認証制度等運営委員会による認証を受けているかどうかの違いです[6]。認証を受けていない施設でNIPTを行うことは、違法ではありません。
🏥 認証施設
費用はおおむね10万〜20万円前後。検査項目は3つのトリソミーのみです。検査前後の遺伝カウンセリングと、陽性時の確定検査への連携が求められています。施設によっては、紹介状や夫婦での来院などの受検条件があります。
🔬 非認証施設
費用は検査範囲によって数万円台〜30万円前後。全染色体、微小欠失、単一遺伝子疾患まで調べるプランがあります。カウンセリングや陽性時のフォローの体制は、施設によって大きな差があります。
💡 用語解説：微小欠失
染色体の一部がごく小さく欠けている状態です。代表的なものに22q11.2欠失症候群があり、心臓の病気や免疫の弱さ、発達の遅れなどにつながることがあります。NIPTで微小欠失をどこまで正確に見つけられるかは、検査の方法によって大きく異なります。
認証施設と非認証施設のどちらが合うかは、何を調べたいか、どのくらいの説明やサポートを求めるかで変わります。制度の詳しい違いは出生前診断でわかることでも整理しています。
3. なぜ施設によって価格差があるのか？4つの理由
NIPTの価格差は、①検査項目の数、②検査会社の技術、③遺伝カウンセリングの体制、④陽性時のフォロー、の4つで生まれます。「同じNIPTなのに、なぜこんなに料金が違うの？」と思われるかもしれませんが、NIPTと一口に言っても、検査の中身とサポートの範囲は施設によって大きく異なります。
① 検査項目の数
3つのトリソミーだけを調べる検査は比較的安く、全染色体、微小欠失、単一遺伝子疾患まで範囲を広げるほど高くなります。調べる範囲が広いほど、解析に使う技術やデータの量が増えるためです。当院のダイヤモンドプランのように、単一遺伝子疾患まで含む検査もあります。
② 検査会社の技術
同じ「NIPT」でも、検査会社によって解析の方法や判定の基準が異なり、偽陽性（実際には異常がないのに陽性と出ること）の起こりやすさにも差があります。特に微小欠失は、全ゲノムを浅く読む従来の方法では偽陽性が多いことが知られています。標的の領域を深く読む方法など、精度を上げる工夫をしている検査ほど、費用は高くなる傾向があります。
③ 遺伝カウンセリングの体制
検査の意味や限界、陽性だった場合の選択肢を、検査の前に理解しておくことはとても大切です。米国産婦人科学会（ACOG）や米国臨床遺伝・ゲノム学会（ACMG）も、検査の前後に十分な説明と遺伝カウンセリングを行うことを求めています[1][3]。臨床遺伝専門医による十分なカウンセリングには時間と費用がかかるため、カウンセリングを省いたり短くしたりしている施設ほど安くなる傾向があります。
④ 陽性時のフォロー
NIPTは確定診断ではなく、陽性の場合は羊水検査などの確定検査が必要です[4]。陽性時の再カウンセリング、確定検査の手配、その後の相談まで料金に含めている施設は、そのぶん価格が上がります。
🩺 院長コラム【NIPTは「どこで受けても同じ」ではありません】
NIPTの結果の正確さは、検査会社が採用している解析の方法に左右されます。同じメーカーのシーケンサーを使っていても、どの領域をどれだけ深く読むか、どこで陽性と判定するかは検査会社ごとに違います。
当院では、微小欠失の偽陽性を減らす工夫がされたCOATE法などの検査を採用しています。一生に関わる検査だからこそ、費用だけでなく、精度と結果のあとの体制で選んでいただきたいと考えています。
4. 安いNIPTを選ぶときの注意点
検査料が安いNIPTを選ぶときは、陽性だった場合に何が起こり、いくらかかるのかを先に確認することが大切です。安い検査がすべて悪いわけではありません。ただ、安さの理由がカウンセリングやフォローを省いていることにある場合は、陽性になったときに困ることがあります。
⚠️ 安いNIPTで起こりやすい5つのこと
① 遺伝カウンセリングが不十分で、検査の意味や結果の解釈を理解しないまま受けてしまう
② 検査の精度について、検査会社や判定方法が公開されておらず確かめられない
③ 陽性の結果を伝えられるだけで、その後の相談先がない
④ 羊水検査などの確定検査を受けられる施設を自分で探す必要がある
⑤ 陽性時のカウンセリングや確定検査で追加費用がかかり、総額が高くなる
NIPTで陽性が出た場合、診断を確かめるには羊水検査・絨毛検査などの確定検査が必要です[4]。陽性の連絡だけを受けて、その後の支援がない場合、不安な気持ちのまま確定検査を受けられる施設を探すことになります。確定検査には受けられる週数の目安があるため、時間の余裕もあまりありません。
「安物買いの銭失い」にならないために
検査料が安くても、陽性時の再カウンセリングと確定検査がすべて別料金だと、総額が30万円を超えることもあります。比べるべきなのは、検査料ではなく「陽性だった場合まで含めた総額」です。
また、「無料カウンセリング」をうたう施設では、医師ではないスタッフが説明やプランの案内をしているケースがあります。詳しくはNIPTの「無料カウンセリング」にご注意くださいで解説しています。安いクリニックを選ぶときのリスクはNIPTの値段の相場と安いクリニックを選ぶリスクもあわせてご覧ください。
🩺 院長コラム【検査料ではなく「総額」で考えてほしい理由】
NIPTは結果が出てからが本番だと考えています。陰性ならそこで終わりますが、陽性だった場合は、確定検査を受けるかどうか、結果をどう受け止めるかを、限られた時間の中で決めていかなければなりません。
そのときに必要になるのが、検査の意味をよく知る専門医の説明と、確定検査までの道筋です。検査を選ぶときは、目先の検査料だけでなく、精度の高さ、事前の説明、陽性時の次のステップまで含めて判断していただきたいと考えています。
5. NIPTに保険は使える？医療費控除の対象になる？
NIPTは健康保険の対象外（自費診療）で、国税庁の見解では医療費控除の対象にもなりません。ただし、妊娠・出産にかかる他の医療費は医療費控除の対象になるものが多く、出産のあった年は控除を受けられる方が多くいます。
❌ NIPTの費用
健康保険は使えず、全額自己負担です。国税庁は「母体血を用いた出生前遺伝学的検査の費用」について、治療に先立って行われる診断とは言えないため、医療費控除の対象にならないとの見解を示しています[7]。陽性のあとに確定検査へ進んでも、NIPTの費用がさかのぼって対象になるわけではありません。
✓ 控除の対象になる費用
妊娠と診断されてからの定期健診や検査の費用、通院のための公共交通機関の運賃、分娩・入院の費用などは、医療費控除の対象になります[8]。出産育児一時金を受け取った場合は、その分を医療費から差し引いて計算します。
「NIPTも医療費控除の対象になる」と書かれた情報も見かけますが、国税庁の見解とは食い違います。申告の際は、税務署や税理士に確認してください。計算方法や還付の目安はNIPTは医療費控除の対象になる？で詳しく解説しています。
6. ミネルバクリニックの料金の考え方と「トリプルリスクヘッジ」
当院では、陽性だった場合に必要になる確定検査の費用と時間の負担を減らす仕組みを、NIPTの料金と一体で用意しています。プランごとの料金、料金に含まれるもの、追加でかかるものはNIPTの料金のページに一覧でまとめていますので、ここでは考え方だけをご紹介します。
臨床遺伝専門医による遺伝カウンセリング
当院には臨床遺伝専門医が常駐しており、検査前の説明から結果の説明、陽性時の相談までを担当します。遺伝カウンセリングには1人1.5時間の枠を確保しており、「無料カウンセリング」による集客は行っていません。その理由はこちらのコラムで説明しています。
トリプルリスクヘッジ
🛡️ 陽性時の負担を減らす3つの備え
| 備え | 内容 |
|---|---|
| ① 経済的な備え | 当院でNIPTを受ける方は全員、羊水検査互助会（カトレア会）に加入します（1回のNIPTにつき8,000円）。陽性などの結果を受けて院長とのカウンセリングのあと羊水検査・絨毛検査を受けた場合、その検査費用の実費を互助会が負担します。 |
| ② 時間の備え | 2025年6月から産婦人科を併設し、羊水検査・絨毛検査を院内で行えるようになりました。転院の必要がなく、確定検査の結果は最短3日でお伝えできます。 |
| ③ 心の備え | 臨床遺伝専門医が、検査前から確定検査の結果まで一貫して相談に乗ります。 |
※互助会は、入院費とマイクロアレイ検査、性染色体の数の変化の陽性などは負担の対象外です。対象の条件はカトレア会の規約でご確認ください。陽性後の流れはNIPT陽性後の費用負担と院内確定検査で解説しています。
7. NIPT施設の選び方｜費用以外に確認したいポイント
NIPTの施設を選ぶときは、費用に加えて、①検査会社と精度、②遺伝カウンセリングの体制、③陽性時のフォロー、④確定検査への連携を確認してください。NIPTは受けて終わりではなく、結果が出てからが本当のスタートです。
✅ 施設選びのチェックポイント
| チェック項目 | 確認すること | 注意したいサイン |
|---|---|---|
| 検査会社 | どの検査会社・どの方法で解析するか | 検査会社や解析方法を公開していない |
| 遺伝カウンセリング | 誰が担当するか、時間、内容 | 説明動画を見るだけ、数分で終わる |
| 陽性時の対応 | 再カウンセリングの有無と費用 | 結果を伝えるだけで終わる |
| 確定検査 | 院内で受けられるか、連携先があるか | 「ご自身で探してください」 |
| 費用の内訳 | 総額と、追加費用の有無 | カウンセリング別料金、再検査有料 |
💡 施設選びでいちばん大切な質問
「陽性だった場合、どうなりますか？」と聞いてみてください。再カウンセリング、確定検査の場所、費用まで具体的に答えられる施設は、陽性時の体制が整っていると考えられます。答えがあいまいな場合は、ほかの施設と比べてから決めることをおすすめします。
よくある質問（FAQ）
Q1. NIPTの費用相場はいくらですか？
おおむね10万〜20万円です。認証施設（3つのトリソミーのみ）では10万〜20万円前後、非認証施設では検査範囲によって数万円台から30万円前後まで幅があります。表示価格だけでなく、カウンセリング料や陽性時の確定検査の費用を含めた総額で比べることが大切です。
Q2. NIPTに保険は使えますか？医療費控除の対象になりますか？
NIPTは健康保険の対象外で、全額自己負担です。また、国税庁はNIPTの費用は医療費控除の対象にならないとの見解を示しています。一方、妊婦健診や分娩の費用、通院の交通費などは医療費控除の対象になります。
Q3. 認証施設と非認証施設の違いは何ですか？
日本医学会の出生前検査認証制度等運営委員会による認証を受けているかどうかの違いです。認証施設で調べるのは3つのトリソミーのみで、非認証施設では全染色体や微小欠失などを調べるプランを用意していることが多くあります。非認証施設でNIPTを行うことは違法ではありませんが、カウンセリングやフォローの体制は施設によって大きく異なります。
Q4. 安いNIPTを選んでも大丈夫ですか？
安い検査がすべて悪いわけではありませんが、カウンセリングや陽性時のフォローが別料金だったり、なかったりすることがあります。陽性だった場合に何が起こり、いくらかかるのかを、受ける前に確認してください。
Q5. NIPTで陽性の場合、確定検査の費用はいくらですか？
羊水検査などの確定検査の費用は、どこまで解析するか（染色体の数だけか、マイクロアレイまで行うかなど）によって大きく異なります。当院でNIPTを受ける方は全員が羊水検査互助会（1回のNIPTにつき8,000円）に加入し、規約の条件を満たす羊水検査・絨毛検査の費用は互助会が実費を負担します。
Q6. ミネルバクリニックのNIPTの料金はいくらですか？
プランごとの料金と、料金に含まれるもの・追加でかかるものは、NIPTの料金のページに一覧でまとめています。
Q7. 遠方に住んでいますが受けられますか？
はい。オンラインNIPTで、全国から受けていただけます。遺伝カウンセリングもオンラインで行います。
まとめ
NIPTの費用相場はおおむね10万〜20万円で、検査項目の数、検査会社の技術、遺伝カウンセリングの体制、陽性時のフォローによって価格が変わります。NIPTは保険の対象外で、医療費控除の対象にもなりません。だからこそ、表示価格ではなく、陽性だった場合の確定検査まで含めた総額と、結果のあとの体制で施設を選ぶことが大切です。
🏥 NIPTの費用と検査の選び方、専門医に相談しませんか
臨床遺伝専門医が常駐し、検査前の説明から陽性時の確定検査まで院内で一貫して対応します。どのプランが合うか、費用も含めてご相談ください。
参考文献
- [1] American College of Obstetricians and Gynecologists. Screening for Fetal Chromosomal Abnormalities: ACOG Practice Bulletin, Number 226. Obstet Gynecol. 2020;136(4):e48-e69. [PubMed]
- [2] Gil MM, et al. Analysis of cell-free DNA in maternal blood in screening for aneuploidies: updated meta-analysis. Ultrasound Obstet Gynecol. 2017;50(3):302-314. [PubMed]
- [3] Gregg AR, et al. Noninvasive prenatal screening for fetal aneuploidy, 2016 update: a position statement of the American College of Medical Genetics and Genomics. Genet Med. 2016;18(10):1056-1065. [PubMed]
- [4] Benn P, et al. Position statement from the Chromosome Abnormality Screening Committee on behalf of the Board of the International Society for Prenatal Diagnosis. Prenat Diagn. 2015;35(8):725-734. [PubMed]
- [5] Norton ME, et al. Cell-free DNA analysis for noninvasive examination of trisomy. N Engl J Med. 2015;372(17):1589-1597. [PubMed]
- [6] 出生前検査認証制度等運営委員会（日本医学会）. NIPT（非侵襲性出生前遺伝学的検査）とは. [公式サイト]
- [7] 国税庁. 質疑応答事例（所得税）「母体血を用いた出生前遺伝学的検査の費用」. [国税庁]
- [8] 国税庁. タックスアンサー No.1124「医療費控除の対象となる出産費用の具体例」. [国税庁]
