NIPTでわかる遺伝子検査（単一遺伝子疾患）｜染色体検査との違いと父親の年齢リスク【臨床遺伝専門医監修】

「NIPTでダウン症候群は調べた。でも、それで十分なのだろうか」「夫が40代だけれど、父親の年齢は関係あるのだろうか」。そう考える方に最初にお伝えしたいのは、赤ちゃんの病気の原因は染色体の数だけではないということです。1つの遺伝子の変化で起こる単一遺伝子疾患は、NIPTで調べる対象になっている病気を合わせると少なくとも約600人に1人と見積もられ、ダウン症候群と同じくらいの頻度です[2]。そして、その原因になる新生突然変異は、父親の年齢が1歳上がるごとに約2個ずつ増えると報告されています[1]。この記事では、単一遺伝子疾患とは何か、NIPTでどこまで調べられ、どこからは調べられないのか（先天性ミオパチーを含めて）を、臨床遺伝専門医の立場から解説します。

単一遺伝子疾患とは？基本の定義

単一遺伝子疾患（たんいついでんししっかん）とは、1つの遺伝子の変化が原因で起こる病気の総称です。「メンデル遺伝病」とも呼ばれ、親から子へ一定のパターン（遺伝形式）で受け継がれるものと、親から受け継がずに精子や卵子ができる過程で新しく生じる変化（新生突然変異）で起こるものがあります。報告されている単一遺伝子疾患は数千種類にのぼり、1つ1つはまれでも、合わせると決して少なくありません。NIPTで調べる対象になっている顕性（優性）の単一遺伝子疾患だけを合わせても、少なくとも約600人に1人と見積もられています[2]。

単一遺伝子疾患は、ダウン症候群などの「染色体異常」とは原因の大きさが違います。染色体異常は染色体の「数」や大きな「構造」の変化ですが、単一遺伝子疾患は遺伝子の「文字（塩基配列）」のわずかな変化で起こります。染色体の数を数える一般的なNIPTでは見つからないため、単一遺伝子まで調べるには、対象の遺伝子を決めて読む検査が必要です。当院ではダイヤモンドプランとインペリアルプランでこの検査を行っています。

単一遺伝子疾患の主な遺伝形式

単一遺伝子疾患には、遺伝子がどの染色体にあるか、また変化が「顕性（優性）」か「潜性（劣性）」かによって、いくつかの遺伝のパターンがあります。

【基礎知識】「染色体検査」と「遺伝子検査」の違い

NIPT（新型出生前診断）を調べると、多くの施設で「13・18・21トリソミー」という言葉を目にします。これは「染色体の検査」です。しかし、赤ちゃんの病気の原因は染色体だけではありません。より細かい「遺伝子の検査」でなければ見つからない病気も多くあります。

ミネルバクリニックは臨床遺伝専門医が常駐するクリニックとして、染色体の検査だけでなく、この遺伝子の検査まで含めたNIPTを提供しています。

なぜ「遺伝子検査」が必要？父親の年齢と「デノボ変異」

「高齢出産のリスク」というと母体の年齢ばかりが注目されますが、単一遺伝子疾患では父親の年齢が大きく関わります。

精子は一生つくられ続け、分裂のたびにコピーミスが起こりうる

卵子のもとになる細胞は、女性が胎児のうちにつくられ、その後は増えません。一方、精子のもとになる細胞（精原細胞）は思春期から生涯にわたって分裂を続けます。精子ができるまでの細胞分裂の回数は、30歳で約380回、50歳で約840回と見積もられています[4]。分裂のたびにDNAを写し取るので、年齢が上がるほどコピーミス（突然変異）が積み重なりやすくなります。

アイスランドで親子78組の全ゲノムを調べた研究では、子どもに新しく生じた変異（新生突然変異）の数は父親の年齢で大きく変わり、父親の年齢が1歳上がるごとに約2個ずつ増え、約16.5年で2倍になると報告されました[1]。新生突然変異の多くは父親由来です。

父親の年齢で増えやすい病気（軟骨無形成症・ヌーナン症候群など）

新生突然変異で起こる病気の中には、とくに父親の年齢との関係が強いものがあります。軟骨無形成症（FGFR3遺伝子）では、家族に同じ病気の方がいない40例で変化の由来を調べたところ、40例すべてが父親由来でした[5]。ヌーナン症候群（PTPN11遺伝子）でも、新生突然変異のほとんどが父親由来と報告されています[6]。アペール症候群などを含むこうした病気は「父親年齢効果」をもつ病気としてまとめられ、変化をもつ精原細胞が精巣の中で増えやすいことが原因と考えられています[7]。

それぞれの病気については、ヌーナン症候群総論、軟骨無形成症とは、骨形成不全症（OI）総論で詳しく解説しています。

父親が高齢ならNIPTは必要？

父親の年齢だけでNIPTが必要かどうかが決まるわけではありません。ただ、ここまでの内容から言えるのは、父親の年齢で増えやすいのは「染色体の数の異常」ではなく「単一遺伝子の病気」だということです。ダウン症候群の余分な21番染色体は、9割以上が母親由来で、父親由来は数%と報告されています[9]。つまり、父親の年齢が気になって13・18・21番だけのNIPTを受けても、その心配にはほとんど答えられません。

父親の年齢が気になる場合に意味があるのは、単一遺伝子まで調べるNIPTです。当院ではダイヤモンドプラン（56遺伝子）とインペリアルプラン（最大155遺伝子202疾患）がこれにあたります。一方で、新生突然変異は若い父親でも起こります。「父親が何歳以上なら必要」という決まった線はなく、年齢は判断材料の1つです。父親の年齢と子どもの病気の関係は父親の高齢と子どもの病気でも整理しています。

父親の年齢で増える自閉症・ADHDはNIPTでわかる？

父親の年齢が上がると、子どもの自閉スペクトラム症の頻度が高くなることが、大規模な研究で繰り返し示されています。複数の研究をまとめた解析では、50歳以上の父親の子どもは、29歳以下の父親の子どもに比べて自閉症と診断される割合が約2.2倍でした[8]。ADHDや統合失調症でも、父親の年齢との関連が報告されています。

ただし、これは「相対的な」リスクです。もともとの頻度が低いものが2倍になっても、父親が高齢の赤ちゃんの大多数は、自閉症ではありません。また、自閉スペクトラム症やADHDの多くは、多数の遺伝子と環境の要因が重なって起こるため、NIPTでは分かりません。

一方で、自閉症の特徴や知的障害を伴うことがある単一遺伝子の病気（レット症候群、ソトス症候群、コルネリア・デ・ランゲ症候群など）の一部は、ダイヤモンドプラン・インペリアルプランで調べられます（次の章の一覧）。分かるのは一部であり、陰性でも自閉症の可能性がなくなるわけではありません。詳しくは自閉症はNIPTでわかりますか？をご覧ください。

ミネルバクリニックの「ダイヤモンドプラン（COATE法）」とは

ダイヤモンドプランは、米国の3大遺伝子検査会社の一角が提供する新技術「COATE法」（SNP法とターゲット法の組み合わせ）※で、染色体と単一遺伝子をあわせて調べるプランです。

※「3大遺伝子検査会社」は、遺伝性がんや周産期（出生前検査・保因者検査）を含む遺伝子検査全般を手がける米国の検査専業会社のうち、2025年通期の売上高が上位の3社を指します（各社の決算発表にもとづく当院調べ）。がん検診やリキッドバイオプシーに特化した会社は含みません。

さらに広く調べたい方には、低深度全ゲノムシーケンスとターゲット法を組み合わせたインペリアルプランがあり、全常染色体と最大155遺伝子202疾患まで調べます。軟骨無形成症やヌーナン症候群、レット症候群は、ダイヤモンドプランとインペリアルプランの両方の対象です。単一遺伝子の検査の詳しい内容は父親の加齢で増える赤ちゃんの疾患を検査｜56遺伝子de novo変異NIPTで解説しています。

単一遺伝子を加えると、どれくらい見つかる病気が増えるのでしょうか。超音波検査で赤ちゃんの異常が疑われた妊婦さんを対象にした研究では、染色体の検査に加えて単一遺伝子の病気も調べると、見つかった病気の数が約1.6倍（61件→98件、60.7%増）に増えたと報告されています[3]。ハイリスクの妊婦さんでの結果なので、すべての妊婦さんで1.6倍になるという意味ではありません。

NIPTはスクリーニング検査なので、陽性の場合は羊水検査・絨毛検査などの確定検査で本当にそうかを確かめます。当院では確定検査まで院内で受けられます。精度の考え方はNIPTの偽陽性と陽性的中率で解説しています。

【一覧】症候性自閉症と、NIPTで調べられる単一遺伝子の病気

ダイヤモンドプランで調べる56の遺伝子や微小欠失には、「症候性自閉症」の原因になるものが含まれています。症候性自閉症とは、自閉症の特徴に加えて、心臓の病気や体のつくりの違い、てんかん、知的障害などを伴うタイプのことです。

症候性と非症候性の違い

デノボ（新生突然変異）で検査できる病気の一覧（ダイヤモンドプランの56遺伝子）

「スタンダードプラン+100」と「保因者検査」の選び方

以前「スーパーNIPT」と呼んでいたプラン（現在のスタンダードプラン）には、常染色体潜性（劣性）遺伝の病気などを調べる「+100」というオプションがあります。ただ、これから検査を受ける方には、専門医としてより合理的な選び方をお勧めしています。

先天性ミオパチーはNIPTでわかる？

先天性ミオパチーは、生まれたときから筋力が弱い（フロッピーインファント）ことを特徴とする筋肉の病気の総称です。原因遺伝子はNEB・ACTA1・RYR1・MTM1・DNM2など多数あり、親から受け継ぐ場合（常染色体潜性・X連鎖）と、新生突然変異で起こる場合（常染色体顕性）の両方があります。病気の全体像は先天性ミオパチーとはで解説しています。

当院のNIPTのうち、ダイヤモンドプラン・インペリアルプランのページに挙げている対象疾患には、先天性ミオパチーは含まれていません。一方で、親から受け継ぐタイプ（常染色体潜性・X連鎖）の原因遺伝子のうち、ミオチュブラーミオパチーのMTM1（X連鎖）、ネマリンミオパチーのNEB（潜性）、SELENON関連ミオパチーのSELENON（潜性）は、当院の拡大型保因者検査（女性787遺伝子・男性714遺伝子）の対象です。潜性のNEBとSELENONは女性版・男性版の両方に、X連鎖のMTM1は女性版に入っています。NIPTと同時に受けるなら、カップルの保因者検査ファミリーセーフティ プラスがあります。これはNIPTではなく、ご両親ご自身が保因者かどうかを調べる検査で、NIPTと同じ日に採血でき、結果は検体が届いてから3〜4週間ほどです。ACTA1・RYR1・DNM2など、ほかの原因遺伝子は対象外です。潜性のタイプはご両親がともに保因者のとき、X連鎖のタイプはお母さんが保因者のときに、お子さんに発症する可能性があるため、妊娠前や妊娠の早い時期に保因者検査でご両親の状態を知っておくことができます。下の表のとおりミオチュブラーミオパチー（MTM1遺伝子）は「+100」の項目にも入っていますが、今回の妊娠に限らず使える情報として、保因者検査をお勧めしています。新生突然変異で起こる顕性のタイプは、保因者検査では分かりません。

高齢出産との関係では、潜性やX連鎖で受け継ぐタイプは親の年齢と関係しません。顕性の新生突然変異で起こるタイプは、ほかの新生突然変異と同じく父親の年齢で起こりやすくなると考えられますが、先天性ミオパチーに限った父親の年齢のデータは多くありません。ご家族に先天性ミオパチーの方がいて原因遺伝子が分かっている場合は、絨毛検査・羊水検査でその遺伝子を調べる方法もあるため、妊娠前か妊娠の早い時期に遺伝カウンセリングでご相談ください。生まれた後の診断のための遺伝子検査は先天性ミオパチー遺伝子検査パネルで紹介しています。

ミネルバクリニックの「トリプルリスクヘッジ」— 陽性だったときの3つの備え

単一遺伝子の結果は、染色体の結果以上に読み方が難しいことがあります。陽性だったときに、費用・時間・気持ちの面でどう備えているかも、検査を選ぶときに確かめてほしい点です。

🛡️ 1. 費用の備え（互助会）

NIPTを受ける方は全員、2つの互助会に加入します。羊水検査互助会（カトレア会）（8,000円）は、陽性だった場合の羊水検査の費用を補助し、補助の上限はありません。安心検査結果保障制度（6,000円）は、再検査が必要になったのに流産して再検査ができず、結果が出ない場合に備える互助会で、検査料金（諸費用を除く）が返金されます。どちらも収益を目的としない事業のため、消費税の対象外です。

🏥 2. 時間の備え（院内で確定検査）

陽性の場合の確定検査（羊水検査・絨毛検査）は院内で受けられます。主要な検査項目は3日以内に、マイクロアレイ検査は2週間ほどで結果が出ます。ほかの施設を探して予約し直す必要はありません。

❤️ 3. 気持ちの備え（臨床遺伝専門医の説明）

陽性の場合のカウンセリングは何度でも無料です。単一遺伝子の病気は、同じ遺伝子の変化でも症状の出方がさまざまで、「陽性＝必ず重症」ではありません。臨床遺伝専門医が、病気ごとの見通しや治療・支援の選択肢、次の妊娠への影響まで説明します。

そのほかの体制

• 早期NIPT：通常は妊娠9週から、妊娠6〜8週は臨床研究として受けられます。
• 4Dエコー：採血の前に赤ちゃんの状態を4Dエコーで確認します（プラン料金に含まれます）。
• オンラインNIPT：遺伝カウンセリングはオンラインで、採血は全国110か所の提携施設で受けられます（オンラインNIPT）。

ダウン症候群だけで大丈夫？ ― 「値段」ではなく「調べられる範囲」で選ぶ

NIPTの料金を比べるときは、総額だけでなく、何種類の病気を調べるのかもあわせて見てください。下の表は、仮に三大トリソミーだけを調べる検査を10万円とした場合と、当院の各プランを「1つの病気あたり」で並べたものです。

ダウン症候群は出生前検査で広く調べられている基本の項目です。そのうえで、単一遺伝子の病気は合わせるとダウン症候群と同じくらいの頻度で起こり、しかも染色体の数を数える検査では見つかりません。「ダウン症候群が陰性なら安心」ではなく、「何を調べて、何を調べていないか」で検査を選んでいただくことをお勧めします。

まとめ：後悔しないNIPTのために

NIPTは、「陰性」という安心を得るためだけの検査ではありません。調べた範囲で何が分かり、何が分からないのかを知り、ご家族で向き合うための情報です。

• 単一遺伝子疾患は1つの遺伝子の変化で起こり、染色体の数を数える一般的なNIPTでは見つからない
• NIPTで調べる対象になっている単一遺伝子の病気を合わせると少なくとも約600人に1人で、ダウン症候群と同じくらい
• 子どもの新生突然変異は父親の年齢が1歳上がるごとに約2個増える。ただし若い父親でも起こる
• 単一遺伝子まで調べるのは、ダイヤモンドプラン（56遺伝子）とインペリアルプラン（最大155遺伝子202疾患）
• 先天性ミオパチーはこの対象に含まれていない。原因遺伝子のうちMTM1・NEB・SELENONは、NIPTと同時に行うカップルの保因者検査「ファミリーセーフティ プラス」で、ご両親が保因者かどうかを調べられる（NIPTではない）
• 陽性なら、確定検査（羊水検査・絨毛検査）まで院内で受けられる

よくある質問（FAQ）

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参考文献

• [1] Kong A, Frigge ML, Masson G, et al. Rate of de novo mutations and the importance of father’s age to disease risk. Nature. 2012;488(7412):471-475. [PubMed 22914163]
• [2] Zhang J, Li J, Saucier JB, et al. Non-invasive prenatal sequencing for multiple Mendelian monogenic disorders using circulating cell-free fetal DNA. Nat Med. 2019;25(3):439-447. [PubMed 30692697]
• [3] Zhang J, Wu Y, Chen S, et al. Prospective prenatal cell-free DNA screening for genetic conditions of heterogenous etiologies. Nat Med. 2024;30(2):470-479. [DOI 10.1038/s41591-023-02774-x]
• [4] Crow JF. The origins, patterns and implications of human spontaneous mutation. Nat Rev Genet. 2000;1(1):40-47. [PubMed 11262873]
• [5] Wilkin DJ, Szabo JK, Cameron R, et al. Mutations in fibroblast growth-factor receptor 3 in sporadic cases of achondroplasia occur exclusively on the paternally derived chromosome. Am J Hum Genet. 1998;63(3):711-716. [PubMed 9718331]
• [6] Tartaglia M, Cordeddu V, Chang H, et al. Paternal germline origin and sex-ratio distortion in transmission of PTPN11 mutations in Noonan syndrome. Am J Hum Genet. 2004;75(3):492-497. [PubMed 15248152]
• [7] Goriely A, Wilkie AOM. Paternal age effect mutations and selfish spermatogonial selection: causes and consequences for human disease. Am J Hum Genet. 2012;90(2):175-200. [PubMed 22325359]
• [8] Hultman CM, Sandin S, Levine SZ, Lichtenstein P, Reichenberg A. Advancing paternal age and risk of autism: new evidence from a population-based study and a meta-analysis of epidemiological studies. Mol Psychiatry. 2011;16(12):1203-1212. [PubMed 21116277]
• [9] Antonarakis SE; Down Syndrome Collaborative Group. Parental origin of the extra chromosome in trisomy 21 as indicated by analysis of DNA polymorphisms. N Engl J Med. 1991;324(13):872-876. [PubMed 1825697]
• [10] Veltman JA, Brunner HG. De novo mutations in human genetic disease. Nat Rev Genet. 2012;13(8):565-575. [PubMed 22805709]

※本記事は一般の方に向けた情報提供を目的とするもので、個別の診断・治療方針を示すものではありません。検査の選び方については、臨床遺伝専門医にご相談ください。