目次
全ゲノム（ゲノムワイド）型のNIPTは、13・18・21番だけでなくすべての染色体を読み、染色体の一部が欠けたり増えたりする「部分欠失・重複（CNV）」も拾うことができます。ただし、見つけられるのはおおむね数Mb（数百万塩基）以上の大きな変化で、陽性と判定されても実際に赤ちゃんにあるのは3〜5割程度です。このページでは、全ゲノムNIPTがCNVをどのように見つけ、どこに限界があるのか、偽陽性が起こる理由と陽性のときの確かめ方までを、研究データにもとづいて整理します。
Q. 全ゲノムNIPTで、染色体の部分欠失・重複はどこまで分かりますか？
A. 多くの検査が対象にしているのは7Mb前後より大きな欠失・重複で、それより小さい変化は見逃されやすくなります。国全体で全ゲノムNIPTを導入したオランダでは、部分的な異常が疑われたのは妊婦の0.16%で、そのうち赤ちゃんで確認されたのは約3割でした。陽性はあくまで「可能性が高い」という意味で、確定には羊水や絨毛のマイクロアレイ検査が必要です。
- ➤検出できる大きさ → 大きさ・胎児分画・読み取るDNAの量で決まる
- ➤陽性的中率 → メタ解析で約37%、研究ごとに3〜6割程度
- ➤偽陽性の理由 → 母体自身のCNV、胎盤限局性モザイク、母体の腫瘍
- ➤確定の方法 → 羊水・絨毛のマイクロアレイ検査、必要に応じて両親の検査
⏱️ 30秒でわかる要約
🧬 Q. 全ゲノムNIPTの「部分欠失・重複」とは？
染色体1本まるごとではなく、その一部が欠けたり（欠失）増えたり（重複）する変化です。全ゲノム型は特定の病気に絞らず、すべての染色体を対象に大きな欠失・重複を探します。
📊 Q. 陽性なら赤ちゃんにある？
必ずではありません。複数の研究をまとめた解析では、陽性のうち赤ちゃんで確認されたのは約37%でした。母親自身のCNVや、胎盤だけにある異常でも陽性になるためです。
🔬 Q. 陽性のときは何で確かめる？
羊水検査や絨毛検査で採った細胞をマイクロアレイ検査（CMA）で調べます。不均衡型転座が疑われるときは、両親の染色体検査が必要になることもあります。
NIPTで調べられる範囲は、21・18・13トリソミーだけの基本的な検査から、特定の微小欠失症候群を加えたもの、すべての染色体を読む全ゲノム型まで広がっています。範囲を広げれば拾える異常は増えますが、そのぶん結果の読み方は難しくなります。特定の病気を狙う微小欠失検査を受けるべきかどうかはNIPT微小欠失検査は必要？にまとめているので、ここでは全ゲノム型で見つかる大きな部分欠失・重複に絞り、検査の仕組みと限界を掘り下げます。
1. 全ゲノムNIPTでいう「部分欠失・重複（CNV）」とは
全ゲノムNIPTが報告する部分欠失・重複とは、染色体の一部の区間のコピー数が増えたり減ったりしている状態で、医学的にはコピー数バリアント（CNV）と呼ばれます。トリソミーが「染色体1本分の数の異常」であるのに対し、CNVは「1本のうちの一部分の数の異常」です。
1-1. CNVとは：染色体の「一部分」の数の変化
ヒトは各染色体を2本ずつ持つので、ふつうはどの区間もコピーが2つあります。ある区間が1つしかない状態が欠失（部分モノソミー）、3つある状態が重複（部分トリソミー）です。ごく小さなCNVは誰の体にも多数あり、その多くは健康に影響しません。問題になるのは、発達や体の形成に関わる遺伝子を含む大きな欠失・重複です。CNVの種類と病的意義の考え方はCNV（コピー数バリアント）で解説しています。
赤ちゃんの病的なCNVは、決してまれなものではありません。染色体の核型が正常だった妊娠を対象にマイクロアレイ検査を行った大規模研究では、超音波で異常が見つかった妊娠の6.0%、高年妊娠や血清マーカー陽性のために検査した妊娠でも1.7%に、臨床的に意味のあるCNVが見つかりました[1]。従来の染色体検査（G分染法）では見えない大きさの変化が、これだけ含まれているということです。
1-2. 微小欠失パネルと全ゲノム型はどう違うか
NIPTでCNVを調べる方法には、22q11.2欠失症候群など特定の病気の領域だけを狙う「パネル型」と、すべての染色体を区切って数える「全ゲノム型」があり、得意な対象が異なります。パネル型は数Mb以下の小さな欠失も狙えますが、決められた領域以外は見ません。全ゲノム型は場所を選ばずに探せる代わりに、拾えるのは大きな変化に限られます。
📊 微小欠失パネルと全ゲノム型NIPTのちがい
| 比較の観点 | 微小欠失パネル（標的型） | 全ゲノム型（ゲノムワイド） |
|---|---|---|
| 調べる場所 | 特定の症候群の領域だけ | すべての染色体 |
| 見つかる変化の大きさ | 領域ごとに数Mb以下も対象 | おおむね5〜10Mb以上 |
| 拾えるもの | 既知の微小欠失症候群 | 場所を選ばない欠失・重複、不均衡型転座、まれなトリソミー |
| 苦手なもの | パネル外の変化すべて | 小さな欠失・重複（多くの微小欠失症候群） |
※検出できる大きさは検査法・読み取るDNAの量・胎児分画によって異なります。
ここで誤解されやすいのが、「全ゲノム型ならパネル型の対象も含まれる」という考え方です。国際出生前診断学会（ISPD）は、病的なCNVの半数以上は7Mbより小さいと指摘し、全ゲノム型のNIPTはすべての病的CNVを調べる検査ではないと明記しています[2]。代表的な微小欠失症候群の多くは数Mb以下なので、全ゲノム型では見えないことがあります。個々の症候群については微小欠失症候群とはを参照してください。
1-3. 全ゲノム型で見つかる異常の種類
全ゲノム型で見つかる部分的な異常には、親から受け継いだものではない新しい（de novo）欠失・重複のほか、親が持つ不均衡型構造異常を受け継いだもの、つまり均衡型転座の保因者から生じる不均衡型転座があります。染色体の片方の腕が2つつながった同腕染色体や、由来の分からない小さな過剰染色体であるマーカー染色体が見つかることもあります。オランダの全国データでは、赤ちゃんに確認された追加所見の77.2%が病的で重い変化でした[3]。見つかる頻度は低くても、見つかったときの重みは大きいということです。
ただし、全ゲノム型が報告するのは部分的な異常だけではありません。13・18・21番以外のまれなトリソミー（RAT）も同時に報告され、その多くは胎盤に限られた変化です。まれなトリソミーの意味と結果の読み方は、まれな常染色体トリソミー（RAT）とはとNIPTで見つかるまれなトリソミーで扱っています。
2. どこまで小さい変化を見つけられるか：検出を決める3つの条件
全ゲノムNIPTがCNVを見つけられるかどうかは、欠失・重複の大きさ、胎児分画、読み取るDNA断片の数（リード数）の3つの条件でほぼ決まります。どれか1つが足りなければ、ほかが十分でも検出は難しくなります。
2-1. 欠失・重複の大きさ
全ゲノム型のNIPTは、母体血中のDNA断片を読み取り、それぞれがゲノムのどこから来たかを調べ、一定の幅の区間（ビン）ごとに数を数えます。欠失があればその区間の断片はわずかに少なく、重複があればわずかに多くなります。区間が長いほど数える断片が多くなり、統計的なばらつきに埋もれにくくなるため、大きい変化ほど見つけやすくなります。数え方の基本はWGSで測るNIPTで、偏りの判定に使う指標はZスコアとはで解説しています。
大きさの影響は、検証研究にはっきり表れています。通常の読み取り量で調べた研究では、6Mbより大きな異常は18例中15例（83%）を検出できた一方、6Mbより小さなものは10例中2例にとどまりました[4]。
2-2. 胎児分画
母体血中のDNAの大部分は母親自身のもので、胎盤由来のDNAは一部にすぎません。赤ちゃんに欠失があっても、全体として減るのは胎盤由来の分だけです。たとえば胎児分画が10%なら、欠失した区間の断片は約5%しか減りません。胎児分画が低いほど偏りは小さくなり、見逃しやすくなります。胎児ゲノム率（胎児分画）が結果の信頼性に直結するのは、トリソミーでもCNVでも同じです。
2-3. 読み取るDNA断片の数（リード数）
3つめの条件は、1回の検査で読み取るDNA断片の数です。読み取る数を増やせば小さな偏りも統計的に区別できるようになり、検出できる大きさは小さくなります。1検体あたり約10億の断片を読んだ研究では、300kbという小さな微小欠失まで検出できました[5]。また、6Mb未満で感度が落ちた研究でも、読み取り量を増やすと31例中29例を検出できています[4]。ただし、読み取る量を増やすほど費用がかかるため、実際の検査は多くの場合、数百万〜数千万の断片で数Mb以上の変化を狙う設計になっています。読み取りの深さの意味はシーケンス深度（リード深度）を参照してください。
🩺 院長コラム【「全ゲノム」という言葉に安心しすぎない】
「全ゲノム」「全染色体」という名前を聞くと、赤ちゃんの染色体のすべてを細かく調べてくれる検査だと受け取られがちです。けれども実際の全ゲノム型NIPTは、すべての場所を「粗い網目」で探す検査です。網目の大きさは、欠失・重複の大きさ、胎児分画、読み取る量の3つで決まり、その網目より小さな変化はすり抜けてしまいます。
大切なのは、その検査の網目がどのくらいの大きさなのかを知ったうえで結果を受け取ることだと考えています。「陰性」は、網目に引っかかる大きさの異常がなかったという意味であり、すべての欠失・重複が否定されたという意味ではありません。
3. 精度はどのくらいか：研究と国全体の導入データ
全ゲノムNIPTの部分欠失・重複の検出は、特異度は99%以上と高い一方で、感度は7〜8割程度、陽性的中率は3〜6割程度にとどまります。数字は研究によって幅があり、対象がハイリスク妊娠か一般の妊婦かで大きく変わります。
3-1. 検証研究の結果
ハイリスク妊娠1,222例を対象に7Mb以上のCNVを調べた検証研究では、感度97.7%、特異度99.9%と報告されました[6]。一方、異常の確定した検体を多く集めて検査法を評価した研究では、7Mb以上の部分欠失・重複の検出は27例中20例（約74%）で、特異度は99.80%でした[7]。臨床検査室での最初の1万件の解析では、陽性554件のうち164件は全ゲノム型でなければ見つからない異常（まれなトリソミーや部分的な異常）でした[8]。
📊 全ゲノムNIPTによる部分欠失・重複の検出：主な研究
| 研究 | 対象 | 主な結果 |
|---|---|---|
| 英国の検証研究 | 通常の読み取り量、既知の異常例を含む | 6Mb超は83%検出、6Mb未満は2/10、特異度99.6% |
| 米国の検証研究 | ハイリスク1,222例、7Mb以上 | 感度97.7%、特異度99.9% |
| 検査法の性能評価 | 2,335検体、7Mb以上 | 部分欠失・重複20/27を検出、特異度99.80% |
| オランダ全国導入 | 一般の妊婦73,239例 | 構造異常の疑い0.16%、陽性的中率32% |
| ベルギー全国データ | 153,575検査 | 部分的な不均衡0.07%、陽性的中率47% |
※各研究の詳細は参考文献[4][6][7][9][10]を参照。検証研究は異常例を多く含むため、一般の妊婦での成績とは一致しません。
3-2. 国全体で導入したデータ：オランダとベルギー
一般の妊婦を対象に全ゲノムNIPTを導入した国のデータは、検証研究より現実に近い成績を示しています。オランダの全国研究では73,239人のうち95人（0.16%）に構造的な異常が疑われ、赤ちゃんで確認された割合（陽性的中率）は32%でした[9]。ベルギーの全国データでは、部分的な不均衡が疑われたのは0.07%で、陽性的中率は47%でした[10]。
陽性になる人は1,000人に1〜2人ほどと少なく、確定検査に進む人が大きく増えるわけではありません。その一方で、陽性と言われた人のうち実際に赤ちゃんにあるのは半分に届かないという点は、検査を受ける前に知っておく必要があります。
3-3. 複数の研究をまとめると：陽性的中率は約37%
63本の研究、約159万件の結果をまとめたメタ解析では、全ゲノムNIPTのCNVの陽性的中率は37.5%（95%信頼区間30.6〜44.8%）、感度は77.4%、特異度は99.4%でした[11]。別のメタ解析でも、構造的な異常の陽性的中率は確定診断ベースで0.47（0.31〜0.63）と、ほぼ同じ水準でした[12]。つまり、陽性の結果が出ても、赤ちゃんに同じ変化が確認されるのは3人に1人から2人に1人程度と考えるのが現実的です。陽性的中率の考え方は陽性的中率とはで解説しています。
さらに、7Mb以上の単独のCNVが疑われた276例を国際的に集めた2026年の報告では、確定検査の結果が一致したのは209例中49例（23.4%）にとどまりました[13]。検査法や対象集団によって数字は大きく揺れるため、ひとつの数字だけで判断しないことが大切です。
4. 偽陽性が起こる3つの理由
全ゲノムNIPTで部分欠失・重複が陽性になっても赤ちゃんで確認されない主な理由は、母体自身のCNV、胎盤だけにある異常（胎盤限局性モザイク）、母体の腫瘍などの3つです。オランダの全国データでは、由来が分かった追加所見のうち、赤ちゃん由来は22.1%にすぎず、胎盤限局性モザイクが52.8%、母体由来が25.1%を占めました[3]。
4-1. 母体自身のCNV
母体血中のDNAの大部分は母親のものです。そのため、母親自身が持っているCNVも同時に測られてしまいます[14]。トリソミーの検査でも、母親が18番染色体に1.15Mbと487kbの重複を持っていたために偽陽性になった例が報告されています[15]。オランダの全国データでも、母体由来の所見90件のうち32件は母親の病的なCNVでした[3]。
母体由来かどうかを見分ける手がかりは、偏りの大きさです。赤ちゃんの変化なら偏りは胎児分画の分しか生じませんが、母親の変化なら母体のDNA全体が偏るため、胎児分画から予想されるよりずっと大きなシグナルになります。ISPDも、影響を受けた分画と胎児分画を比べることで、胎盤のモザイクや母体のCNVを推定できると述べています[2]。仕組みは母親のコピーナンバーバリアントとNIPT異常なZスコアの原因は？で詳しく扱っています。
4-2. 胎盤限局性モザイク
NIPTが測る「胎児」のDNAは、実際には胎盤の栄養膜細胞から出てきたものです。胎盤に部分的な欠失・重複を持つ細胞があっても、赤ちゃん自身は正常ということがあり、これを胎盤限局性モザイク（CPM）と呼びます。ISPDによると、胎盤限局性モザイクは妊娠の1〜2%に見られます[2]。部分的な異常でも、トリソミーと同じように胎盤と赤ちゃんの結果が食い違うことがあります。モザイクがNIPTの結果に与える影響はモザイクとはと限局性胎盤モザイク（CPM）と羊水検査の役割で解説しています。
4-3. 母体の腫瘍・モザイク
まれに、複数の染色体にまたがる異常なパターンが、母親の腫瘍を示していることがあります。約12万5千件のNIPTを調べた研究では、複数の異数性を示した39例のうち7例（18%）で母体のがんが見つかりました[16]。全ゲノム型で結果を出せない広範な異常を示した55例を追跡した研究では、追跡できた43例のうち悪性腫瘍18例、良性の子宮筋腫20例が確認されています[17]。母親の一部の細胞だけに染色体の変化がある母体モザイクも、偽陽性の原因になります。詳しくはNIPTで母親の「がん」発見？とNIPTの偽陽性の原因：母体側の要因を参照してください。
🩺 院長コラム【偽陽性は「間違い」ではなく「別の情報」】
「偽陽性」は検査そのものの失敗を意味するとは限りません。全ゲノム型では、検査が読み取ったDNAの偏り自体は存在していても、その由来が胎児ではない場合があります。胎盤だけの変化であれば胎盤機能や赤ちゃんの発育に注意が必要になることがあり、母親の変化であれば母親自身やきょうだいの健康に関わる情報になることもあります。
ですから、全ゲノム型の結果は「赤ちゃんに異常があるか」だけでなく、「その偏りはどこから来たのか」まで考えて読む必要があると考えています。結果の受け止め方を検査の前に整理しておくことが、この検査では特に大切です。
5. 陰性でも残る限界
全ゲノムNIPTで陰性でも、検出できる大きさより小さな欠失・重複、胎児分画が低い場合の変化、胎盤と赤ちゃんの染色体が食い違う場合の変化は見逃されることがあります。メタ解析の感度が77.4%だったように[11]、大きな変化でも4〜5例に1例は拾えない計算になります。
また、NIPTは染色体の量の偏りを見る検査なので、量が変わらない均衡型転座や逆位、1つの遺伝子の変化による病気、多くの要因が関わる発達の特性などは対象外です。実際に7Mbを超える大きな欠失がNIPTで検出されなかった例については7Mb超の大規模欠失がNIPTで検出されなかった症例で、見逃しの一般的な仕組みはNIPTの偽陰性で解説しています。妊娠中の超音波検査で異常が見つかった場合は、NIPTが陰性でも確定検査を検討する理由はここにあります。
6. 陽性と言われたら：確定はマイクロアレイ検査で
全ゲノムNIPTで部分欠失・重複が疑われたときは、羊水検査や絨毛検査で得た検体を用い、マイクロアレイ検査（CMA）などで確かめます。羊水は主に胎児由来細胞を含みますが、絨毛は胎盤組織であるため、胎盤限局性モザイクが疑われる場合には結果の解釈に注意が必要です。欠失・重複の範囲と含まれる遺伝子が分かるため、病的な変化かどうかの評価にもつながります。NIPTの結果だけで妊娠の方針を決めず、診断検査で確認することが重要です[2]。
6-1. 羊水検査か絨毛検査か
絨毛検査は早い時期に結果が得られますが、調べるのは胎盤の組織なので、胎盤限局性モザイクがあると赤ちゃんの状態とずれることがあります。羊水検査は赤ちゃん自身の細胞を反映しやすい一方で、受けられるのは妊娠15〜16週以降です。どちらを選ぶかは週数と疑われる異常によって変わります。確定検査の流れはNIPTで陽性の結果がでたときの確定診断、それぞれの検査は羊水検査とはと絨毛検査についてで解説しています。マイクロアレイ検査の結果の読み方は染色体マイクロアレイ（CMA）検査結果の見方を参照してください。
6-2. 両親の検査が必要になる場合
部分欠失と部分重複が別々の染色体に同時に見つかった場合は、親のどちらかが均衡型転座の保因者である可能性があります。均衡型転座の保因者は本人は健康なことが多く、この結果で初めて分かることがあります。その場合は両親の染色体検査（核型分析）で確かめ、次の妊娠での再発の可能性も含めて整理します。母親自身のCNVが疑われる場合も、母親の血液を調べることで由来が分かります。通常のNIPTでは見つからない不均衡型転座の実例はカリオセブン症例集・不均衡型転座例で紹介しています。
7. 学会の考え方と日本の状況
海外の主要学会は、全ゲノムNIPTによる部分欠失・重複のスクリーニングを、一般の妊婦に日常的に行う検査としては推奨していません。米国臨床遺伝・ゲノム学会（ACMG）の2023年のガイドラインは、22q11.2欠失症候群のスクリーニングは全員に提示することを提案する一方で、それ以外のCNVについては日常的なスクリーニングを推奨する根拠が不十分としています[18]。ISPDも、部分的な不均衡のNIPTを選ばれていない集団の通常診療として行うことは推奨しないとしています[2]。米国産科婦人科学会（ACOG）の2026年Practice Advisoryも、一般集団に対する微小欠失スクリーニングを推奨せず、胎児CNVの情報を希望する場合はcfDNAによる微小欠失スクリーニングより診断検査を提示し、大規模なゲノムワイド欠失・重複に対するcfDNA検査のルーチン使用も推奨していません[19]。
日本では、日本医学会の認証制度のもとで行われるNIPTの対象は、21・18・13トリソミーの3つに限られています[20]。2026年には、胎児の形態異常や両親の染色体構造異常などがある妊婦を対象に、すべての染色体の数の変化と部分的な欠失・重複を調べる臨床研究が、兵庫医科大学病院を中心とする複数の大学病院で始まりました。調べられる大きさはG分染法と同じ程度とされています[21]。学会の推奨の詳細と、検査の前後に確認しておきたいことは全ゲノムNIPTを受ける前と結果が出たあとで扱います。
8. まとめ：全ゲノムNIPTのCNVは「大きな変化を粗く拾う」検査
全ゲノムNIPTは、すべての染色体を対象に大きな部分欠失・重複を拾える検査ですが、小さな変化は見えにくく、陽性の結果も3〜5割程度しか赤ちゃんで確認されません。検出の網目の細かさは、欠失・重複の大きさ、胎児分画、読み取るDNAの量で決まります。偽陽性の多くは母体のCNVや胎盤だけの変化によるもので、その偏りがどこから来たのかを考えることが結果を読む鍵になります。陽性のときはマイクロアレイ検査で確かめ、陰性でも超音波検査で異常があれば確定検査を検討する。この2つを前提にしておけば、全ゲノムNIPTの情報を妊娠の判断に役立てることができます。
よくある質問（FAQ）
Q1. 全ゲノムNIPTでは、どのくらいの大きさの欠失・重複が分かりますか？
多くの検査は、おおむね5〜10Mb（500万〜1,000万塩基）以上の欠失・重複を対象にしています。検出できる大きさは、変化の大きさ、胎児分画、読み取るDNAの量で決まり、通常の読み取り量では6Mbより小さな変化の検出率は大きく下がると報告されています。病的なCNVの半数以上は7Mbより小さいとされ、全ゲノム型ですべてが分かるわけではありません。
Q2. 部分欠失・重複が陽性だった場合、赤ちゃんにある確率はどのくらいですか？
研究によって幅がありますが、複数の研究をまとめたメタ解析では陽性的中率は約37%でした。オランダの全国データでは32%、ベルギーでは47%と報告されています。母体自身のCNVや胎盤限局性モザイクでも陽性になるため、羊水検査や絨毛検査によるマイクロアレイ検査で確かめる必要があります。
Q3. 微小欠失検査と全ゲノム型の検査はどちらを選べばよいですか？
目的が異なります。微小欠失検査は22q11.2欠失症候群など特定の症候群の小さな欠失を狙う検査で、全ゲノム型は場所を選ばずに大きな欠失・重複を探す検査です。全ゲノム型だけでは多くの微小欠失症候群は見えず、微小欠失検査だけではパネル外の大きな変化は見えません。何を知りたいかによって選び方が変わります。
Q4. 母親自身のCNVが見つかることはありますか？
あります。母体血中のDNAの大部分は母親のものなので、母親が持つCNVも同時に測られます。オランダの全国データでは、追加所見の約4分の1が母体由来で、その中には母親の病的なCNVや腫瘍も含まれていました。母体由来の場合は、胎児分画から予想されるより大きな偏りとして現れることが手がかりになります。
Q5. 全ゲノムNIPTで陰性なら、マイクロアレイ検査は不要ですか？
不要とは言えません。全ゲノムNIPTは小さな欠失・重複を見逃すことがあり、大きな変化でも感度は8割前後と報告されています。超音波検査で赤ちゃんに形態異常が見つかった場合などは、NIPTが陰性でも羊水検査や絨毛検査によるマイクロアレイ検査を検討します。
🏥 すべての染色体の大きな欠失・重複まで調べたい方へ
ミネルバクリニックでは、すべての染色体を対象に5Mb以上の大きな欠失・重複を調べる5Mb全染色体スキャンを用意しており、常駐する臨床遺伝専門医が検査前と結果が出た後の遺伝カウンセリングを担当しています。陽性の場合の確定検査（羊水検査・絨毛検査）まで院内で対応しています。検査の内容は5Mb全染色体スキャンのページでご確認いただけます。
参考文献
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