NIPTは医療費控除の対象になる？国税庁の回答と、出生前診断で対象になる費用・ならない費用を臨床遺伝専門医が解説

• ➤ NIPTの費用は医療費控除の対象になりません（国税庁が個別に見解を示しています）
• ➤ 「陽性ならあとから対象になる」という説明は、その国税庁の見解と食い違います
• ➤ 一方で、妊婦健診・分娩費用・通院の交通費などは対象になります
• ➤ よく誤解される「10万円ルール」の正しい読み方と、所得別に戻る金額の目安
• ➤ 確定申告の手順と、過去の年でも5年さかのぼって申告できること

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医療費控除…1年間（1月1日〜12月31日）に自分や生計を一にするご家族のために支払った医療費が一定額を超えたとき、その分だけ課税される所得を減らせる制度です[2]。税金が直接その額だけ戻るわけではなく、所得が減った結果として税額が下がるしくみです。

対象になるのは、原則として医師による診療または治療の対価です[3]。逆にいえば、健康診断のように治療を伴わないものは、たとえ医療機関で受けたものであっても対象になりません。この「治療かどうか」という一本の線が、この記事の全体を貫いています。

⚠️ よく見かける説明にご注意ください：「陽性だったあと確定検査や処置に進めば、NIPTの費用もさかのぼって対象になる」という解説を見かけることがあります。次の章でくわしく説明しますが、この説明は国税庁の見解と食い違います。そのまま申告に使うことはおすすめできません。

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所得税基本通達73-4…税務署が実際の判断に使う内部の取扱い基準のひとつで、「健康診断で重大な疾病が見つかり、その治療を行った場合には、健診費用も医療費控除に含める」という考え方を示したものです。

つまり、この例外が使えるかどうかの分かれ目は「そのあと治療をしたか」にあります。検査を受けたかどうかではありません。ここを取り違えると、結論が正反対になってしまいます。

💡 整理すると：NIPTが対象外なのは「高額だから」でも「自費だから」でもありません。結果が治療に直結しない検査だからです。逆にいえば、治療につながる医療費であれば、自費であっても対象になり得ます。

🩺 院長コラム【制度が冷たく見えるとき、私が思うこと】

「治療に結びつかないから対象外」という言葉は、当事者にとっては、ずいぶん冷たく響くだろうと思います。妊娠中に受ける検査は、その結果によってご家族のこれからが変わっていく、とても重たいものです。それを「治療ではない」と言い切られると、自分たちの決断まで軽く扱われたように感じてしまうかもしれません。

ただ、税の制度は医療の価値を評価するためのものではありません。線を引かなければ運用できないから、どこかで引いている、というだけのことです。ですから私は、この結論をお伝えするときには必ず「では、実際に使える制度は何か」まで一緒に確認するようにしています。使えないものを嘆くより、使えるものを取りこぼさないほうが、ずっと現実的だからです。

妊娠と診断されてからの定期健診・検査の費用…自治体の補助券を使ってなお自己負担が出た分が対象になります[4]。

通院のための交通費…電車やバスなど公共交通機関の運賃です。領収書が出ないことが多いので、家計簿などに記録を残しておいてください[4]。

出産で入院するときのタクシー代…陣痛が始まったときなど、電車やバスでは困難な状況で利用した場合は対象になります[4]。

分娩・入院の費用、医師の処方による薬代…治療・診療の対価にあたるものは対象です[3]。ご家族の分も、生計を一にしていれば合算できます。

入院中の食事代…病院に対して支払う入院中の食事代は、入院費用の一部として一般的に対象になります。出前を取ったり外食したりした分は対象になりません[4]。

母体保護法に基づいて医師が行う人工妊娠中絶の費用…国税庁は、母体保護法の規定に基づいて医師が行うものに係る費用は医療費控除の対象になる、と示しています[11]。

NIPTの費用…国税庁が個別に見解を示しています[1]。

人間ドック・健康診断…健康診断の費用は原則として含まれません[3]。重大な病気が見つかり、引き続き治療を行った場合だけが例外です[1]。

里帰り出産のための帰省交通費…実家に帰るための費用は対象になりません[4]。

入院中の身の回り品…寝巻きや洗面具などの購入費は対象外です[4]。

自家用車のガソリン代・駐車場代…国税庁は、自家用車で通院する場合のガソリン代や駐車場の料金は対象に含まれないと明記しています[3]。あわせて、公共交通機関が利用できる状況で使ったタクシー代も対象になりません[3]。

⚠️ この記事の位置づけ：ここでご説明しているのは、公表されている資料にもとづく一般的な整理です。最終的な判断は個別の事情によって変わることがありますので、具体的な申告にあたっては税務署または税理士にご確認ください。

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医療費控除額 ＝（1年間に支払った医療費の合計）－（保険金などで補てんされる金額）－（10万円）

最後の10万円のところが大切です。その年の総所得金額等が200万円未満の方は、10万円ではなく「総所得金額等の5％」を差し引きます。たとえば総所得金額等が150万円の方なら、差し引くのは7万5,000円です。

つまり、医療費が10万円未満でも控除を受けられる方がいらっしゃいます。控除額の上限は200万円です。

総所得金額等…年収そのものではありません。会社員の方であれば、給与収入から給与所得控除を差し引いたあとの金額がもとになります。源泉徴収票の「給与所得控除後の金額」がおおよその目安になります。

保険金などで補てんされる金額…生命保険の入院給付金、健康保険の高額療養費、そして出産育児一時金などが該当します[2]。これらは医療費から差し引いて計算します。差し引くのは、その給付の対象となった医療費の範囲までで、引ききれない分をほかの医療費から差し引く必要はありません。なお、産休中に支給される出産手当金は医療費を補てんする性格のものではないため、差し引く必要はありません[4]。

⚠️ いちばん間違えやすいところ：出産育児一時金を受け取っている場合、それを差し引かずに分娩費用を全額計上してしまうと、控除額を多く申告することになります。あとから修正が必要になりますので、必ず差し引いてください。

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1年間に支払った医療費から、出産育児一時金などの補てん金を差し引いた残りが40万円だったとします。ここから10万円を引くと、医療費控除額は30万円です。

この30万円に対して、所得税は還付（お金が戻る）、住民税は翌年度分が軽くなるという形で効いてきます。住民税の税率はおおむね10％です。所得税の税率は課税される所得金額によって5％〜45％の7段階に分かれています[5]。

💰 医療費控除額30万円のときに軽くなる税額の目安

💡 「所得税率20％」は年収ではありません：税率は年収ではなく課税される所得金額（年収から給与所得控除や各種の所得控除を引いたあとの金額）で決まります。ここを年収で当てはめてしまうと、実際より多い金額を見込んでしまいます。ご自身の税率は、源泉徴収票をもとに確認してください。

🩺 院長コラム【お金の話を、飲み込まないでください】

診察室で「費用はいくらですか」と聞くことに、うしろめたさを感じてしまう方がいらっしゃいます。命に関わる話をしているときに、お金のことを口に出すのははしたない——そんなふうに思ってしまうのかもしれません。けれど、費用は検査を選ぶうえで当然の判断材料です。聞いてくださって困ることは、私たちには一つもありません。

むしろ心配なのは、金額を確かめないまま契約してしまい、あとで「こんなはずではなかった」と後悔されることです。何にいくらかかるのか、結果が出たあと追加で何が必要になるのか。そこまで含めて納得したうえで決めていただくことが、結果的にいちばん心の負担が少ないと感じています。

① 領収書を1年分そろえる…医療機関ごと、受診した方ごとに分けておくと、あとの入力が楽になります。通院の交通費は、日付・区間・目的をメモに残してください。

② 補てんされた金額を確認する…出産育児一時金や保険の給付金があれば、対応する医療費から差し引きます。

③「医療費控除の明細書」を作成する…医療機関名・支払額・補てん額を記入します[8]。健康保険から届く医療費通知を添付すれば、記載を簡略にできます[2]。

④ 確定申告書を提出する…国税庁の確定申告書等作成コーナーを使えば、画面の案内に沿って入力するだけで作成・提出まで自宅から進められます[7]。

⚠️ 領収書は捨てないでください：明細書を提出する場合、領収書の添付は不要です。ただし記載内容の確認のため、申告期限等から5年を経過する日までの間、提示や提出を求められることがあります[2]。

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• • 結論：NIPTの費用は医療費控除の対象になりません。国税庁が個別に見解を示しています
• • 理由：結果が治療に結びつかない検査とされているため、「健診で病気が見つかれば対象」という例外も適用されません
• • それでも使えます：妊婦健診・分娩費用・通院の交通費などは対象。出産のあった年は控除を使える方が多くいらっしゃいます
• • 10万円ルール：総所得金額等が200万円未満なら、差し引くのは10万円ではなく5％。医療費が10万円未満でも使えることがあります
• • 忘れずに差し引く：出産育児一時金などの補てん金は、対応する医療費から差し引いて計算します
• • 5年さかのぼれます：還付のための申告は翌年1月1日から5年間。過ぎた年の分もあきらめないでください

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