目次
羊水検査の費用は、健康保険が使えない自費診療のため、施設と解析の内容によって大きく変わります。公立病院や大学病院が公開している価格の例では、G分染法のみで約8万円、FISH法を加えて約10.2万円、約20万円という幅があります[2][3]。この記事では、費用の内訳と、解析の内容で金額が変わる理由、保険・高額療養費・医療費控除の扱い、絨毛検査との違いを、臨床遺伝専門医の立場から整理します。
⏱️ 30秒でわかる要約
💰 Q. 羊水検査の費用はいくら？
自費診療で、施設によって大きく違います。公開されている例ではG分染法のみで約8万円、FISH法を加えて約10.2万円、約20万円などです。マイクロアレイ検査を加えると、さらに費用がかかります。
🏥 Q. 保険や医療費控除は使える？
健康保険は使えません。医療費控除は原則として対象外ですが、検査で重大な病気が見つかり、引き続き治療を受けた場合は対象になると国税庁は説明しています。
🔬 Q. なぜ施設によって金額が違うの？
費用は「針を刺して羊水を採る費用」と「採った細胞を調べる解析の費用」などを合わせたもので、どの解析まで行うか（G分染法・FISH法・マイクロアレイ検査）と、入院の有無で変わります。
🧩 Q. NIPTでは、自閉症や発達障害の原因もわかる？
一部はわかります。当院のNIPTは、自閉症・発達障害・知的障害の原因になる染色体や遺伝子の変化の一部を調べられます。陽性になったときは、羊水検査などの確定検査で確かめます。
🤝 Q. NIPTで陽性になったら、羊水検査の費用は？
当院でNIPTを受ける方は全員、羊水検査互助会（カトレア会）に加入し、陽性時の確定検査の費用が補助されます（上限なし）。確定検査は院内で受けられます。
🧬 羊水検査の前に、NIPTで調べられる範囲を確かめませんか
当院でNIPTを受ける方は、陽性になっても確定検査（羊水検査・絨毛検査）まで院内で受けられ、その費用は羊水検査互助会（カトレア会）で補助されます（上限なし）。主要な検査項目は3日以内に結果が出ます。
まだプランを決めていない方は、プラン別の料金と含まれるものからご覧ください。
羊水検査の費用はいくら？公開されている価格でみる相場
【結論】羊水検査の費用は、施設が公開している価格の例で約8万〜20万円です。羊水検査を含む出生前検査は自費診療で、出生前検査認証制度等運営委員会は、検査料は検査や施設によって大きな幅があり、数万円から20万円ほどだと説明しています[1]。
実際に公開されている価格をみると、ある公立病院の資料では、羊水検査はG分染法のみで約8.0万円、G分染法とFISH法を合わせると約10.2万円です[2]。ある大学病院の資料では、羊水染色体検査は約20万円（2025年6月現在）と示されています[3]。同じ「羊水検査」でも、倍以上の差が出るのは、次の内訳と解析の内容が違うためです。
費用の内訳｜何にお金がかかるのか
羊水検査の費用は、大きく分けて次の3〜4つを合わせたものです。施設によって、まとめて1つの料金で示すところと、項目ごとに分けて示すところがあります[2][4]。
- ➤穿刺（せんし）の費用：超音波で赤ちゃんの位置を見ながら、お腹から細い針を刺して羊水を採る手技の費用
- ➤解析の費用：採った羊水の細胞の染色体を調べる費用。G分染法・FISH法・マイクロアレイ検査のどれを行うかで変わる（次の章）
- ➤遺伝カウンセリングの費用：検査の前後の説明。料金に含める施設と、別に請求する施設がある
- ➤入院の費用：日帰りで行う施設が多い一方、日帰り入院の手続きをとる施設もある
たとえば先の公立病院では、検査費用に遺伝カウンセリング料が原則として含まれ、検査は日帰りです[2]。大学病院の例では、日帰り入院の手続きが必要とされています[3]。料金を比べるときは、金額そのものより「何が含まれている金額か」を確かめることが大切です。
検査当日の前に受ける超音波検査や診察、遠方の施設に通う交通費、結果の説明のための再診料などは、羊水検査の料金とは別にかかることがあります。何回来院が必要かも、施設によって違います。
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解析の内容で費用が変わる理由｜G分染法・FISH法・マイクロアレイ検査
【結論】羊水検査の費用の差は、主に「採った細胞をどこまで詳しく調べるか」で生まれます。基本はG分染法で、結果を早く知るためのFISH法・QF-PCR法や、より小さな変化を調べるマイクロアレイ検査を加えるほど、費用は上がります。
🔬 羊水検査で行う主な解析と、費用・結果までの目安
※FISH法の費用の差は、公立病院の公開価格（G分染法のみ約8.0万円、G分染法＋FISH法 約10.2万円）から計算したものです[2]。施設によって異なります。
G分染法｜すべての染色体を見る基本の検査
G分染法は、羊水に含まれる赤ちゃんの細胞を培養して増やし、染色体を染め分けて顕微鏡で数と形を見る方法です。ダウン症候群（21トリソミー）や18・13トリソミーなどの数の変化に加えて、大きな構造の変化も見つけられます。細胞を育てる時間が必要なため、結果までに2〜3週間ほどかかります[2][3]。
FISH法・QF-PCR法｜結果を早く知るための追加
FISH法やQF-PCR法は、細胞を育てずに、決められた染色体の数だけを2〜3日ほどで調べる迅速検査です[2]。G分染法の結果を待つ2〜3週間の不安を短くできる一方、調べられるのは決められた染色体に限られ、追加の料金がかかります。迅速検査の結果が出ても、多くの場合はG分染法の結果とあわせて確かめます。
迅速検査の仕組みは、羊水検査の迅速検査（FISH・QF-PCR）とはでくわしく説明しています。
マイクロアレイ検査｜小さな欠失・重複まで調べる
マイクロアレイ検査は、染色体のごく一部が欠けたり（欠失）、増えたり（重複）している変化を、顕微鏡では見えない大きさまで調べる方法です。22q11.2欠失症候群のような微小欠失症候群は、G分染法では見つからないことがあります。その一方で、意味がまだはっきりしない変化が見つかることや、染色体の位置が入れ替わっているだけの「均衡型転座」は見つけにくいこともあります。
マイクロアレイ検査は、G分染法とは別に料金がかかるのが一般的で、金額は施設によって違います。当院では、マイクロアレイ検査は2週間ほどで結果が出ます。くわしくはマイクロアレイ染色体検査（CMA）をご覧ください。
「染色体検査」という言葉は、目的の違う別の検査を指すこともあります。この記事で扱っているのは、妊娠中に羊水検査で行う赤ちゃんの染色体の検査です。流産したあとに流産組織を調べる検査や、不育症などでご夫婦の血液を調べる染色体検査は、目的も費用の決まり方も違う別の検査です。血液で行う染色体検査は、染色体検査（Gバンド法）で説明しています。
🩺 院長コラム【どこまで解析を足すかは「何を知りたいか」で決める】
羊水検査の費用を抑えたいと考えるのは自然なことです。ただ、解析を減らせば費用は下がりますが、そのぶん見えない変化も増えます。私は、解析の範囲は値段ではなく、「この妊娠で何を確かめたいのか」から決めるものだと考えています。
NIPTで陽性になった病気を確かめたいのか、超音波で赤ちゃんの形の変化が見つかって原因を広く調べたいのかで、必要な解析は変わります。たとえば、NIPTで微小欠失が陽性になった場合は、G分染法だけでは確かめられないことがあり、マイクロアレイ検査が必要になります。検査の前の遺伝カウンセリングで、目的に合った解析を選ぶことが、結果として無駄のない費用につながると考えています。
羊水検査の保険適用・高額療養費・医療費控除・生命保険
【結論】羊水検査に健康保険は使えず、費用は全額自己負担です。高額療養費制度も通常は対象外で、医療費控除は原則として対象外ですが、例外があります。ここでは、制度ごとに整理します。
健康保険は使える？
羊水検査を含む出生前検査は自費診療で、検査料は自己負担です[1]。病気の治療ではなく、ご本人が希望して受けるの検査という位置づけのためです。妊婦健診の公費補助も、出生前検査には使えません[1]。
ただし、検査のあとに破水や出血などで治療が必要になった場合、その治療は健康保険の診療として扱われることがあります。どこまでが自費で、どこからが保険診療かは、受ける施設に事前に確かめておくと安心です。
高額療養費制度は使える？
高額療養費制度は、医療機関や薬局の窓口で支払った医療費が上限額を超えたときに、超えた額が支給される制度です[7]。この「医療費」は健康保険で受けた医療の自己負担分のことなので、自費診療の羊水検査そのものは、通常この計算に入りません。検査のあとの治療を健康保険で受けた場合は、その分が対象になることがあります。くわしくは加入している健康保険に確認してください。
医療費控除の扱い｜原則と例外
国税庁は、人間ドックや健康診断などの費用は、病気の治療ではないため原則として医療費控除の対象にならないとしています。ただし、検査の結果、重大な病気が見つかり、引き続きその病気の治療を受けた場合は、検査の費用も対象になると説明しています[6]。
羊水検査がこれに当てはまるかは、検査の目的とその後の経過による個別の判断になります。対象になるかもしれない場合に備えて、領収書は必ず保管しておきましょう。
医療費控除の金額は、「1年間に実際に支払った医療費の合計」から「保険金などで補てんされる金額」を引き、さらに10万円を引いて計算します。その年の総所得金額等が200万円未満の方は、10万円ではなく総所得金額等の5%を引きます。控除額の上限は200万円です[5]。家族の医療費は合算できるので、出産の年は家族全員の領収書をまとめて確かめるとよいでしょう。
NIPTを含む出生前検査と医療費控除の関係は、NIPTの医療費控除の対象と条件でも説明しています。
生命保険・医療保険で給付は出る？
民間の生命保険・医療保険で給付が出るかは、保険会社と契約の内容によって扱いが異なり、一律には言えません。入院や手術の給付の条件に当てはまるかは約款で決まるので、検査の前に、加入している保険会社に「羊水検査」という検査名と、入院の有無を伝えて確かめると確実です。施設から診断書や領収書が必要になることもあります。
絨毛検査との費用・時期の違い
【結論】絨毛検査も羊水検査と同じく自費診療の確定検査で、費用は施設によって異なります。大きな違いは、検査を受けられる時期です。羊水検査は妊娠15〜18週ごろ（施設によっては16週以降）に行うのに対し[2][3][4]、絨毛検査は羊水検査より早い時期に、胎盤のもとになる絨毛という組織を採って調べます。
費用の内訳の考え方は羊水検査と同じで、採取の費用＋解析の費用＋遺伝カウンセリングなどで金額が決まります。羊水検査と絨毛検査のどちらを選ぶかは、費用だけでなく、受けられる時期・調べたい内容・NIPTでどの項目が陽性になったかで変わります。
くわしい違いは絨毛検査と羊水検査の違い、絨毛検査そのものについては絨毛検査についてで説明しています。
なお、羊水検査は、針を刺して羊水を採る検査なので、ごくまれに流産などの合併症が起こることも知っておく必要があります。リスクの大きさについては羊水検査のリスクをご覧ください。
NIPTを先に受けると、確定検査の費用はどうなる？
【結論】NIPTで先に調べると、確定検査を考えるのは陽性になった一部の方になります。そして当院でNIPTを受ける方は、陽性になったときの確定検査の費用が互助会で補助されます。
NIPTは「確定検査が必要かどうか」を判断するための検査
NIPT（新型出生前診断）は、お母さんの血液を採るだけで行う検査で、流産のリスクはありません。ただし確定検査ではないため、陽性になったときは羊水検査などの確定検査で確かめます。出生前検査認証制度等運営委員会によると、国内でNIPTを受けた約10万件のうち、陽性だったのは1.8%（1,827件）でした[1]。つまり、NIPTを先に受けることで、全員が羊水検査を受ける必要はなくなります。
陽性という結果が、本当に赤ちゃんの病気を意味するかどうかは、病気やプランによって違います。陽性的中率の考え方はNIPTの精度と陽性的中率でくわしく説明しています。
当院では、陽性でも確定検査まで院内で・費用は互助会で補助
当院は2025年6月に産婦人科を併設し、NIPTで陽性になった場合も、確定検査（羊水検査・絨毛検査）まで院内で受けられます。主要な検査項目は3日以内に、マイクロアレイ検査は2週間ほどで結果が出ます。陽性になったあとの遺伝カウンセリングは、何度でも無料で受けられます。
費用の面では、当院でNIPTを受ける方は全員、2つの互助会に加入します。
- ➤羊水検査互助会（カトレア会）：1回のNIPTにつき8,000円。陽性になったときの確定検査の費用を補助し、補助に上限はありません
- ➤安心検査結果保障制度：1回のNIPTにつき6,000円。再検査が必要になったのに、流産して再検査ができず結果が出なかったときに、検査代金（諸費用を除く）を返金します
互助会の会費は、収益を目的としない事業のため消費税の対象外です。補助の内容や条件は羊水検査互助会（カトレア会）で、陽性時の確定検査の費用の補助についてはNIPT陽性時の羊水検査の費用の補助で説明しています。
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当院のNIPTで調べられる範囲｜一部の自閉症・発達障害の原因も
羊水検査で見つけられる変化の一部は、NIPTで先に調べられます。当院のNIPTは、スタンダードプランから13・18・21トリソミーに加えて、22q11.2欠失症候群やアンジェルマン症候群、プラダー・ウィリー症候群などの微小欠失を調べられます。ダイヤモンドプラン・インペリアルプランでは、レット症候群やコルネリア・デ・ランゲ症候群などの単一遺伝子疾患まで対象になります。
これらの病気には、自閉症・発達障害・知的障害を伴うことがあるものが含まれるため、一部の自閉症・発達障害・知的障害の原因は、当院のNIPTで調べられます。ただし、陰性でも、自閉症や発達障害がないとは言えません。陽性のときは確定検査で確かめることが前提で、微小欠失は数の異常より陽性的中率が低めです。
プランごとの範囲は、スタンダードプラン・プレミアムプラン・ダイヤモンドプラン・双子マックスプラン・インペリアルプランの各ページで比べられます。自閉症とNIPTの関係は自閉症はNIPTでわかりますか？でくわしく説明しています。
🩺 院長コラム【陽性のあとに費用で迷わないための仕組み】
NIPTで陽性と言われたとき、ご家族はできるだけ早く、本当にそうなのかを確かめたいと考えます。そのときに「確定検査の費用はいくらかかるのか」「どこで受けられるのか」を一から探すことになれば、それだけで大切な時間と気持ちが削られてしまいます。
NIPTはスクリーニング検査なので、陽性になったら確定検査で確かめることが前提です。私は、確定検査を受けるかどうかが費用で左右されることは避けたいと考えています。だから当院では、陽性になったときの確定検査を院内で受けられるようにし、その費用を互助会で補助する仕組みにしています。
🧬 NIPTの検査結果から確定検査まで、同じ施設で
当院のNIPTは、ダウン症候群などの数の異常に加えて、微小欠失症候群や、一部の自閉症・発達障害・知的障害の原因まで調べられます。陽性でも、確定検査（羊水検査・絨毛検査）まで院内で受けられます。
どのプランにするか迷っている方は、NIPTの施設選びで確かめたいことからご覧ください。
羊水検査の施設を選ぶときに確かめたいこと
【結論】料金を比べるときは、金額だけでなく「料金に何が含まれるか」をそろえて比べることが大切です。次の点を、受ける前に施設に確かめておくと、あとから追加の費用に驚くことが減ります。
- ➤解析の内容：G分染法だけか、FISH法・QF-PCR法やマイクロアレイ検査も含むか
- ➤結果までの日数：迅速検査の結果と、すべての結果がそろうまでの日数
- ➤遺伝カウンセリング：検査の前後の説明が料金に含まれるか、結果の説明に別の料金がかかるか
- ➤入院の有無：日帰りか、日帰り入院の手続きが必要か
- ➤検査を受けられる時期：何週から何週まで受けられるか、予約から検査までどのくらい待つか
- ➤NIPTで陽性だった場合の補助：NIPTを受けた施設に、確定検査の費用を補助する仕組みがあるか
とくに最後の点は、NIPTを受ける前に施設を選ぶ段階で確かめておくと、確定検査の費用の負担が大きく変わります。羊水検査を受けられる時期は限られているので、費用を比べている間に受けられる時期を過ぎないよう、早めに動くことが大切です。
東京で羊水検査・絨毛検査を受けられる施設は東京で羊水検査・絨毛検査を受けられる病院に、受けられる時期は羊水検査はいつまで受けられるかにまとめています。羊水検査で何がわかるかは羊水検査でわかることをご覧ください。
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よくある質問（FAQ）
Q1. 羊水検査の費用はいくらですか？
羊水検査は自費診療で、費用は施設と解析の内容によって大きく変わります。公立病院が公開している例では、G分染法のみで約8万円、G分染法にFISH法を加えると約10.2万円、大学病院の例では約20万円です。出生前検査全体では数万円から20万円ほどの幅があります。受ける施設で、穿刺・解析・遺伝カウンセリングのどこまでが料金に含まれるかを確かめてください。
Q2. 羊水検査に健康保険は使えますか？
使えません。羊水検査を含む出生前検査は自費診療で、費用は全額自己負担です。妊婦健診の公費補助の対象でもありません。ただし、検査のあとに合併症などで治療が必要になった場合、その治療は健康保険の診療として扱われることがあります。
Q3. 羊水検査の費用は医療費控除の対象になりますか？
国税庁は、健康診断などの費用は原則として医療費控除の対象にならないとしています。ただし、検査の結果重大な病気が見つかり、引き続きその病気の治療を受けた場合は、検査の費用も対象になると説明しています。出生前検査に当てはまるかは個別の判断になるので、領収書を保管し、税務署に確認してください。
Q4. 羊水検査に高額療養費制度は使えますか？
高額療養費制度は、健康保険で受けた医療の窓口負担が月の上限額を超えたときに、超えた分が支給される制度です。羊水検査そのものは自費診療なので、通常はこの計算に入りません。検査のあとの治療を健康保険で受けた場合は、その分が対象になることがあります。くわしくは加入している健康保険に確認してください。
Q5. 羊水検査の費用は生命保険や医療保険で給付されますか？
保険会社と契約の内容によって扱いが異なり、一律には言えません。入院や手術の給付の条件に当てはまるかどうかは約款で決まるため、検査を受ける前に、加入している保険会社に検査名と入院の有無を伝えて確認すると確実です。
Q6. マイクロアレイ検査を追加すると費用は変わりますか？
変わります。マイクロアレイ検査は、顕微鏡では見えない小さな欠失や重複まで調べる追加の解析で、G分染法とは別に料金がかかるのが一般的です。金額は施設によって違うため、受ける施設で確かめてください。当院では、マイクロアレイ検査の結果は2週間ほどで出ます。
Q7. NIPTで陽性になったときの羊水検査の費用はどうなりますか？
当院でNIPTを受ける方は全員、羊水検査互助会（カトレア会）に加入します。会費は1回のNIPTにつき8,000円で、陽性になったときの確定検査（羊水検査・絨毛検査）の費用を補助し、補助に上限はありません。確定検査は院内で受けられ、主要な検査項目は3日以内に結果が出ます。
🏥 羊水検査を考える前に、NIPTという選択肢を
当院のNIPTは妊娠9週から受けられ、90分の受診枠の中で、常駐する臨床遺伝専門医が遺伝カウンセリングを行います。陽性でも、確定検査まで院内で受けられ、その費用は互助会で補助されます（上限なし）。
来院が難しい方は、オンラインNIPT（Zoomでのカウンセリング＋全国110か所の提携施設で採血）もご利用いただけます。
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参考文献
- 出生前検査認証制度等運営委員会. お腹の赤ちゃんの検査の種類. https://jams-prenatal.jp/testing/（2026年10月12日閲覧）
- あいち小児保健医療総合センター. あいち小児センターで実施可能な出生前検査一覧（第8版, 2024年1月）. https://achmc.pref.aichi.jp/assets/sanka/kensa_ver.8.pdf（2026年10月12日閲覧）
- 帝京大学医学部附属病院 遺伝カウンセリング. 当院で出生前検査をご希望の方へ（検査費用は2025年6月現在）. https://teikyo-hospital.jp/medical/especial/geneticcounseling/pdf/2025_prenatal_reservation_6.pdf（2026年10月12日閲覧）
- 胎児クリニック東京ベイ幕張. 羊水検査. https://www.taiji.clinic/amniocentesis/（2026年10月12日閲覧）
- 国税庁. No.1120 医療費を支払ったとき（医療費控除）［令和8年4月1日現在法令等］. https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shotoku/1120.htm
- 国税庁. No.1122 医療費控除の対象となる医療費 Q&A（Q1 人間ドック・健康診断等の費用）［令和8年4月1日現在法令等］. https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shotoku/1122_qa.htm
- 厚生労働省. 高額療養費制度を利用される皆さまへ. https://www.mhlw.go.jp/stf/seisakunitsuite/bunya/kenkou_iryou/iryouhoken/juuyou/kougakuiryou/index.html（2026年10月12日閲覧）
