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SMARCC2遺伝子とは|コフィン・シリス症候群8型・自閉スペクトラム症との関わりを遺伝専門医が解説

仲田洋美 医師

この記事の監修:仲田洋美(臨床遺伝専門医)

のべ10万人以上の意思決定に伴走。国際医療誌『Medical Care Review APAC』『Global Woman Leader』の2誌で表紙を飾り、「Top Prenatal Testing Service in APAC 2025」に選出されるなど、世界基準の遺伝医療を提供。

私たちの体をつくる設計図であるDNAは、ただ引き伸ばされているのではなく、必要なときに必要な場所だけが「開いたり閉じたり」しています。この開け閉めを担う装置の中心部品をつくるのがSMARCC2遺伝子(別名BAF170)です。この部品がうまく働かないと、脳の発達に影響が出てコフィン・シリス症候群8型(CSS8)という病気が起こります。また、SMARCC2は自閉スペクトラム症(ASD)との関連についても研究が進められている神経発達関連遺伝子です。SMARCC2は世界でもまだ報告例が限られる希少な原因遺伝子ですが、その働きを知ることは「クロマチンの調節(遺伝子の開け閉めのしくみ)が乱れると発達にどう影響するのか」という、BAF複合体異常症(BAFopathies)に共通するしくみを理解することにつながります。本記事では、この遺伝子が脳・心臓・がんという一見かけ離れた場所で果たす役割を、遺伝専門医がやさしく解説します。

この記事でわかること
📖 読了時間:約18分
🧬 BAF複合体・神経発達・CSS8・ASD
臨床遺伝専門医監修

Q. SMARCC2遺伝子とは何をする遺伝子ですか?まず結論だけ知りたいです

A. SMARCC2は「BAF170」というタンパク質の設計図で、DNAの巻き取り方(クロマチン)を変えて遺伝子のスイッチを切り替える大きな装置「BAF複合体」の“土台(足場)”をつくります。脳の発達では、神経のもとになる細胞をいつ・どれだけ増やすかを決める「時間のスイッチ」として働きます。この遺伝子の働きが低下すると、知的障害や発達の遅れを主症状とするコフィン・シリス症候群8型(CSS8)が起こります。また、自閉スペクトラム症(ASD)との関連についても研究されています。タンパク質を失わせるタイプの変異では「片方が働かない(ハプロ不全)」状態が想定されますが、原因となる変化には複数のタイプがあります。SMARCC2はBAF複合体の構造・機能を支えるサブユニットとして、細胞増殖や腫瘍抑制にも関わります。

  • 複合体での役割 → BAF複合体の中心で「足場」として全体を組み立て、DNAの開け閉めを支える
  • 脳の発達での役割 → 神経のもとになる細胞の増やしすぎにブレーキをかけ、大脳の大きさを調整する
  • コフィン・シリス症候群8型(CSS8) → 多くは新生突然変異(de novo)が原因。知的障害・発達遅滞・言語の遅れなどを示す
  • 自閉スペクトラム症(ASD) → 関連が報告されている神経発達関連遺伝子の一つ。シナプスの働きの低下が関わる
  • 研究段階の知見 → マウスではHDAC阻害剤により一部の分子・シナプス・認知機能の異常が改善し、病態修飾の可能性が示された

🧬 SMARCC2遺伝子の基本情報

項目 内容
遺伝子名 SMARCC2(SWI/SNF related, matrix associated, actin dependent regulator of chromatin, subfamily c, member 2)/別名 BAF170
タンパク質 BAF170/BAF(SWI/SNF)複合体の中核となる足場タンパク質
染色体上の位置 12番染色体長腕 12q13.2
遺伝子のOMIM番号 601734
主なはたらき BAF複合体の中核的な足場(スキャフォールド)サブユニットとして複合体の組み立てを支え、SMARCA4(BRG1)またはSMARCA2(BRM)などのATPaseサブユニットによるクロマチン(DNAの巻き取り構造)リモデリングを構造的に支える
主な発現部位 中枢神経系(大脳皮質・小脳・海馬・網膜)、卵巣・子宮、内耳、甲状腺など広範
生殖細胞系列変異と関連疾患 コフィン・シリス症候群8型(CSS8、OMIM 618362)。多くは新生突然変異(de novo)。ミスセンス変異・フレームシフト変異・微小欠失・逆位などが報告
体細胞変異 一部のがんでSMARCC2の発現低下や体細胞変異が報告されており、その意義はがん種によって異なります(本文では神経膠芽腫での知見を紹介)
検査上の注意 点変異だけでなく、検査法によっては検出が難しい構造変異(特に逆位や複雑構造変異)が原因となる例があり、長鎖シークエンスが有用な場合があります

各項目の根拠と詳しい解説は、本文の該当セクションをご覧ください。

1. SMARCC2遺伝子とBAF複合体 ─ DNAを「開け閉め」する装置の中心部品

SMARCC2は、DNAの巻き取り方を組み替える巨大な装置「BAF複合体」の中心にある足場タンパク質BAF170をつくる遺伝子です。この装置が正しく組み立てられるからこそ、脳や心臓の細胞は適切なタイミングで正しい遺伝子を働かせることができます。まずは、この「開け閉めの装置」がどんなものかを見ていきましょう。

私たちの細胞の中では、約2メートルにもなるDNAが「ヒストン」というタンパク質に巻きついて、コンパクトに折りたたまれています。この巻き取られた状態をクロマチンと呼びます。遺伝子を使うためには、必要な部分だけDNAをほどいて、読み取る機械(RNAポリメラーゼ)が近づけるようにしなければなりません。この「ほどく/閉じる」作業を、ATPというエネルギーを使って行うのがBAF複合体(BRG1-associated factor複合体、哺乳類のSWI/SNF複合体です。

💡 用語解説:クロマチンとクロマチンリモデリング

クロマチンとは、DNAがヒストンに巻きついて折りたたまれた状態のことです。糸巻き(ヒストン)に糸(DNA)が巻かれている様子を思い浮かべてください。糸が固く巻かれていると、その部分の遺伝子は読めません。そこで、糸の巻き方をゆるめたりずらしたりして、読みたい遺伝子を「開く」作業が必要になります。これがクロマチンリモデリング(クロマチンの再構築)です。SMARCC2がつくるBAF170は、この作業を行う装置の土台になっています。

BAF複合体は、約15種類のタンパク質(サブユニット)が集まってできた巨大な分子機械です。SMARCC2はこの中で、装置全体を組み立てるための「足場(スキャフォールド)」として働きます[1]。ビルを建てるときの鉄骨のように、SMARCC2という足場があるからこそ、ほかの部品が正しい位置に組み上がり、装置全体が正しく機能できるのです。ここが読者の方に知っておいていただきたい大切な点です。SMARCC2は、それ自体が直接DNAを切ったり動かしたりする「作業員」ではなく、作業員たちを正しく配置するための「土台」であり、土台が傾けば装置全体が傾いてしまう、という関係にあります。

SMARCC2は中枢神経系(大脳皮質、小脳、海馬、網膜)をはじめ、卵巣・子宮、内耳、甲状腺など、さまざまな組織で発現しています[1]。このように発現は広範ですが、神経発生における重要な役割が実験的に示されており、このことが、SMARCC2の変化で神経発達の症状が目立つ理由を理解する手がかりになります。

「BAFopathies(BAF複合体異常症)」という考え方

BAF複合体をつくる部品のどれかに変化が起きると、複合体全体の働きが乱れ、特徴的な発達の病気が起こります。こうした一群の病気は「BAFopathies(BAF複合体異常症)」と総称されます。コフィン・シリス症候群やニコライデス・バライツァー症候群などが含まれ、SMARCC2による病気(CSS8)もそのひとつです。つまり、SMARCC2の病気は「たった1つの珍しい遺伝子の話」ではなく、同じ装置を共有する仲間の遺伝子たちと地続きの病気なのです。この視点は、ご家族が診断名を受け取ったときに「似た仕組みの病気について調べれば、理解の助けになる」という安心にもつながります。

遺伝子 タンパク質 主に関連するコフィン・シリス症候群の型
SMARCC2 BAF170 8型(CSS8)
ARID1B BAF250B 1型(CSS1)
ARID1A BAF250A 2型(CSS2)
SMARCB1 BAF47(INI1) 3型(CSS3)
SMARCA4 BRG1 4型(CSS4)
SMARCE1 BAF57 5型(CSS5)

2. 複合体の中でSMARCC2が担う「足場」の役割

SMARCC2は、複合体を組み立てるうえで欠かせない「土台」です。同じ足場仲間のSMARCC1(BAF155)や、SMARCB1と強く結びついてまず小さなユニットをつくり、それが装置全体の骨組みになります。この土台がしっかりしていることが、装置がヌクレオソーム(DNAの巻き取り単位)を正しくつかんで働くための前提になります。

SMARCC2には、進化の中で長く保たれてきた重要な部品(ドメイン)がいくつもあります。とくに、DNAやほかのタンパク質と結びつくSANTドメインと、クロマチンと動的にやりとりするSWIRMドメインが中心的です。これらの機能的に重要な領域にも、後で説明するコフィン・シリス症候群8型の病的バリアントが報告されています[2]。一部では変異の位置と臨床像との関連が示唆されていますが、症例数が限られており、現時点で明確な遺伝子型-表現型相関が確立しているわけではありません。それでも「どこが変化するか」が病態と関わりうるという視点は、ご家族が結果を理解するうえでの手がかりになります。

💡 用語解説:ミスセンス変異・フレームシフト変異とは

遺伝子は、A・T・G・Cという4種類の文字の並びでできています。ミスセンス変異は、そのうち1文字が別の文字に置き換わり、できるタンパク質のアミノ酸が1つ変わってしまう変化です。一方、フレームシフト変異は、文字が数個抜けたり増えたりして、そこから先の「読み枠」が丸ごとずれてしまう変化です。読み枠がずれると、それ以降のアミノ酸が全部変わり、多くの場合タンパク質が途中で途切れてしまいます。

SMARCC2がどのように働くのかは、近年の構造解析で細部まで見えてきました。X線を使った結晶構造解析では、SMARCC2がSMARCB1・SMARCC1と非常に強く結びついて、安定した三者のユニット(ヘテロ三量体サブコンプレックス)をつくることが明らかになっています[3]。このユニットは、巨大なBAF複合体全体の組み立てを導く「起点」であり、後で述べるがん抑制の働きを発揮するための前提条件にもなっています。

さらに、クライオ電子顕微鏡という技術による高解像度の解析(分解能3.7オングストローム)で、ヒトのBAF複合体がヌクレオソームをどのようにつかむかが立体的に捉えられました[4]。この構造では、複合体が「ATPaseモジュール」「ARPモジュール」「ベースモジュール」の3つに分かれ、SMARCC2はベースモジュールの中核として配置されていました。複合体はヌクレオソームを上下から挟み込む「サンドイッチ」のような形でつかみ、モーターにあたる部品がDNAを送り出します。SMARCC2は、この一連の動きを根底で支える土台になっているのです。

BAF複合体の3つのモジュールとSMARCC2の位置

ATPaseモジュール
DNAを動かすモーター
ARPモジュール
上下をつなぐ橋渡し
ベースモジュール
★SMARCC2はここが中核

SMARCC2はSMARCC1・SMARCB1とともにベースモジュール(土台)を形づくり、ヌクレオソームをつかむための構造的な基盤を提供します。土台が安定しているからこそ、上のモーターがきちんと動けます。

3. 脳をつくる「時間のスイッチ」─ 大脳の大きさを決めるSMARCC2

SMARCC2は、脳の発達において「神経のもとになる細胞をいつ・どれだけ増やすか」を決める時間のスイッチのような役割を担うと考えられています。マウスの大脳皮質の発生モデルでは、SMARCC2の量を操作すると神経前駆細胞の増え方や皮質の大きさが変わることが示されています。これはあくまで動物実験の結果であり、ヒトの脳の大きさをそのまま予測するものではありません。

胎児の脳では、神経のもとになる細胞(神経前駆細胞)が2つのやり方でニューロンを生み出します。ひとつは直接ニューロンをつくる「直接的神経発生」、もうひとつは中間の細胞を一度経由してニューロンを一気に増やす「間接的神経発生」です。この間接的なやり方が活発になることが、霊長類の大きくシワの多い脳をつくる基盤になっています。だからこそ、この増やし方の調整がとても重要になるのです。

SMARCC2(BAF170)は、脳の発達の初期に、よく似た仲間のSMARCC1(BAF155)と席を争うようにして複合体に組み込まれます。SMARCC2を含むBAF複合体は、脳づくりの司令塔である転写因子Pax6と協力し、強力な抑制役であるREST共抑制複合体を標的遺伝子の入り口(プロモーター)に呼び込みます。これによって、中間の細胞をつくる遺伝子群の働きが抑えられ、神経細胞の増やしすぎに一時的なブレーキがかかります[5]

マウス大脳皮質の発生モデルでSMARCC2量を変えると

SMARCC2を失うと

ブレーキが外れ、中間の細胞が増えすぎる → 大脳が大きくなる(マウスでは皮質が厚くなり、脳全体の体積も増える)

SMARCC2を増やすと

ブレーキが強くかかり、中間の細胞が減る → 大脳が小さくなる

これは特定の発生段階・組織で行われたマウス実験の結果であり、そのままヒトのCSS8の脳の大きさを予測するものではありません。

マウスの大脳皮質の発生過程を用いた実験では、皮質だけでSMARCC2を働かなくすると、複合体の中でSMARCC2がSMARCC1に置き換わります。SMARCC1は抑制役のRESTを呼び込めないため、ブレーキが外れて中間の細胞が異常に増え、皮質が厚くなり脳が大きくなることが報告されました。逆にSMARCC2を人工的に増やすと、中間の細胞が減って皮質が小さくなりました[5]。このように、マウスの発生過程ではSMARCC2の量の操作によって神経前駆細胞の分化や皮質サイズが変化します。ただし、この実験結果がヒトのCSS8の脳の大きさをそのまま予測するものではありません。それでも「SMARCC2の量やタイミングが神経発生の調整に関わる」という視点は、SMARCC2の機能低下(ハプロ不全が想定される状態)がなぜ発達に影響しうるのかを理解する手がかりになります。

💡 用語解説:ハプロ不全とは

私たちは、ほとんどの遺伝子を父由来・母由来の2本セットで持っています。ハプロ不全とは、この2本のうち片方が働かなくなり、遺伝子の産物(タンパク質)が「半分」になることで症状が出る状態です。多くの遺伝子は半分でも足りますが、SMARCC2のように「量そのものが重要」な遺伝子では、半分になっただけで発達に影響が出ることがあります。SMARCC2の機能喪失型(タンパク質を失わせる)変異では、このハプロ不全が重要な病態機序と考えられています。一方、ミスセンス変異のようにタンパク質は作られるものの働きが変わるタイプでは、単純な量の半減だけでは説明できず、複合体の働きへの影響がより複雑な場合があります。

仲田洋美院長

🩺 院長コラム【「大きすぎる」も「小さすぎる」も、同じ一本の物差しの上にあります】

脳の発達というと「足りない・少ない」ばかりが心配されがちですが、SMARCC2の研究が教えてくれるのは、多すぎることもまた問題になる、ということです。細胞の増やし方には「ちょうどよい量」があり、その微妙な調整を担っているのが、こうした足場の遺伝子です。私は臨床遺伝専門医として、遺伝子の変化を「あるかないか」だけでなく「量とタイミングのバランス」という視点で捉えることが大切だと考えています。

そしてもうひとつ。マウスで起きたことが、そのままヒトに当てはまるとは限りません。動物実験は仕組みを教えてくれる強力な手がかりですが、ヒトの脳はもっと複雑です。研究結果をお伝えするときには、「分かっていること」と「まだ分からないこと」の線を、きちんと引いてお話しすることを心がけています。

4. コフィン・シリス症候群8型(CSS8)─ SMARCC2の変異が起こす発達の病気

SMARCC2の機能が低下すると、知的障害や発達の遅れを主症状とするコフィン・シリス症候群8型(CSS8)が起こります。SMARCC2の機能低下はCSS8の主要な病態機序と考えられており、多くは親から受け継いだものではなく、お子さんに新しく生じた変化(新生突然変異)が原因です。ここでは、その症状と遺伝のしくみを整理します。

長らくSMARCC2は知的障害の「候補」遺伝子と考えられてきましたが、2019年に世界各地の患者を集めた網羅的なゲノム解析によって、SMARCC2のヘテロ接合性の変異(ミスセンス変異・フレームシフト変異・微小欠失など)が、新しく定義されたコフィン・シリス症候群8型(CSS8、OMIM 618362)の原因であることが確立しました[2]。この研究では15人の患者から13種類の変異が見つかり、その多くが新生突然変異であることが証明されました。

💡 用語解説:新生突然変異(de novo変異)と常染色体顕性遺伝

新生突然変異(de novo変異)とは、両親のどちらも持っていないのに、お子さんに新しく生じた遺伝子の変化のことです。CSS8の多くはこのタイプで、両親の育て方や妊娠中の過ごし方が原因ではありません。また、CSS8は常染色体顕性(優性)遺伝の形をとります。これは「2本ある遺伝子のうち片方が変化しただけで症状が出る」という意味で、ハプロ不全とつながる考え方です。多くは孤発例(ご家族に同じ人がいない)ですが、遺伝形式については臨床遺伝専門医とご確認いただくことをおすすめします。

CSS8の主な症状

CSS8は、古典的なコフィン・シリス症候群と重なる部分を持ちながら、固有の症状のまとまりを示します。症状には幅があり、すべての方に同じように現れるわけではありません。以下は報告されている主な特徴です[2]

カテゴリ 主な特徴
神経・発達 軽度〜重度の知的障害、全般的な発達の遅れ、言語の遅れ(発語がほとんどない例も)、筋緊張の低下、脳梁が薄いなどの脳の所見
行動 多動、睡眠の問題、こだわりなどの行動特徴。とても穏やかで快活な気質を示す例も報告されています
顔つき・体つき 体毛が濃い(多毛)または頭髪が薄い、濃い眉、長いまつ毛、薄い上唇、上向きの鼻など
哺乳・その他 乳児期の哺乳・摂食の困難、停留精巣、鼠径ヘルニアなど

症状の幅が広いということは、ご家族にとって「この診断名なら将来はこうなる」と一律には言えない、ということでもあります。裏を返せば、お子さん一人ひとりの状態を丁寧に見ていくことが、何より大切だという意味です。診断は「終わり」ではなく、その子に合った療育や支援を組み立てるための「出発点」になります。

5. 心臓の病気・構造変異まで ─ 広がるCSS8の姿

CSS8は、脳だけの病気ではないことが分かってきました。心臓の生まれつきの病気(先天性心疾患)を伴う例や、従来のシークエンスでは捉えにくい大きな構造の変化が原因となる例が報告され、この病気の「幅」は年々広がっています。新しい検査技術が、これまで見えなかった原因を明らかにしています。

近年、SMARCC2関連疾患で先天性心疾患を伴う症例も報告されており、心臓血管の異常がCSS8の表現型の一部となる可能性が示唆されています。具体的な例として、胎児期の超音波検査でファロー四徴症(心臓の複数の異常が組み合わさった病気)と診断された胎児から、SMARCC2の新生フレームシフト変異(c.3561del, p.Leu1188fs)が見つかった症例が報告されています[6]。BAF複合体は心臓の筋肉の細胞が育つのにも欠かせないため、SMARCC2の変異が心臓の発達プログラムに影響しうると考えられています。

💡 用語解説:構造変異(逆位)とは

遺伝子の変化には、文字が1つ変わる小さなものだけでなく、DNAの一部がごっそりひっくり返る(逆位)、抜ける、入れ替わる、といった大きな変化もあります。これらを構造変異と呼びます。構造変異は、遺伝子の中身を1文字ずつ読むタイプの検査では見つけにくく、見逃されやすいのが難点です。そのため、原因不明の発達の病気では、大きな構造の変化を捉えられる新しい検査が力を発揮することがあります。

さらに、DNAを長くつなげて読む「長鎖シークエンス」という技術の導入により、12番染色体上の約233キロベースにおよぶ複雑な新生の逆位が特定されました。この大きな逆位はSMARCC2のエクソン16と17のあいだを分断し、遺伝子の機能喪失(ハプロ不全が想定される状態)を引き起こすと考えられ、自閉スペクトラム症・強迫性障害・注意欠如多動症を伴う重いCSS8を呈した12歳男児の症例が報告されています[7]。これは、原因がなかなか分からなかった重い発達障害において、全ゲノムレベルで構造の変化を調べることの重要性を示す例です。

こうした報告は、ご家族にとって重要な意味を持ちます。「原因不明」と言われても、それは検査の方法が原因を捉えきれていないだけかもしれないということです。検査技術は年々進歩しており、以前は分からなかった原因が新しい方法で見つかることがあります。診断がつかないときこそ、どんな検査が適しているかを臨床遺伝専門医と相談する価値があります。

SMARCC2の「壊れ方」いろいろ

ミスセンス変異

1文字が置き換わる

フレームシフト変異

読み枠がずれる

微小欠失

一部が抜ける

逆位(構造変異)

一部がひっくり返る

右側の2つ(微小欠失・逆位)は、遺伝子の塩基配列を1文字ずつ読むタイプの検査(従来のシークエンスなど)では見つけにくく、検出には適した検査手法が必要になるタイプです。

6. 自閉スペクトラム症(ASD)との深い関わり

SMARCC2は、自閉スペクトラム症(ASD)との関連が報告されている神経発達関連遺伝子の一つです。その働きが低下すると、脳の中で神経どうしのつなぎ目(シナプス)の働きが下がり、記憶や情報処理に影響が出ることが、ヒト由来細胞やマウスモデルを用いた研究で示されています。ここには、なぜこの遺伝子がASDと結びつきうるのかという分子レベルのしくみが見えてきています。

SMARCC2は、ゲノム規模の研究でASDとの関連が報告されている神経発達関連遺伝子の一つです。実際に、特発性ASDの患者から作られたiPS細胞由来のニューロンでは、SMARCC2の発現が健常者と比べて有意に低下していることが報告されています[8]。つまり、SMARCC2が「足りない」状態がASDの一部に関わっている可能性が示唆されています。

この関わりのしくみを調べるため、思春期マウスの前頭前皮質でSMARCC2を減らす実験が行われました。すると、社会性や不安に関する行動は比較的保たれた一方で、ワーキングメモリ(作業記憶)の明らかな低下が見られました。さらに詳しい解析で、SMARCC2はほかの多くのASDリスク遺伝子の働きを調節するネットワークの中心にあり、SMARCC2が足りなくなるとシナプス(神経のつなぎ目)に必要な遺伝子群が広く低下することが分かりました[8]。電気生理学的な記録でも、神経細胞のシナプス電流が障害され、ASDの中核とされる興奮と抑制のバランス(E/Iバランス)の乱れが確認されました。

💡 用語解説:シナプスとE/Iバランス

シナプスとは、神経細胞どうしが情報を受け渡す「つなぎ目」です。脳の中では、活動を強める「興奮」の信号と、活動を抑える「抑制」の信号がやりとりされ、そのバランス(E/Iバランス)が保たれることで、脳は正しく働きます。このバランスが崩れると、情報処理がうまくいかなくなると考えられており、ASDの中核的な仕組みのひとつと目されています。SMARCC2が足りなくなると、このバランスを保つ遺伝子の働きが下がってしまうのです。

HDAC2との「二人三脚」が崩れると何が起きるか

マウスモデルを用いた研究では、SMARCC2の機能低下に伴う認知・シナプス機能障害の機序の一つとして、ヒストンを調節する酵素HDAC2を介したヒストン脱アセチル化の亢進が示されています。正常な状態では、SMARCC2はHDAC2と結びついて、その働きが過剰にならないように「抑え役」を務めています。ところがSMARCC2が足りなくなると、HDAC2の働きが相対的に高まり(比喩的にいえば「解放されて暴走」し)、HDAC2を介する脱アセチル化が増加して、ヒストン(特にH3)が必要以上に脱アセチル化されます[8]

その結果、シナプスの働きに欠かせない遺伝子(Slc1a3、Slc6a1、Slc32a1など、いずれも神経伝達物質の運び役をつくる遺伝子)の入り口で、遺伝子を「オン」にする目印(ヒストンのアセチル化=H3K9ac)が大きく減り、これらの遺伝子が黙り込んでしまいます[8]。このマウスモデルでは、こうした「黙らせ」の連鎖が、シナプスの機能低下と記憶の低下の分子的な背景の一つと考えられています。読者の方に知っておいていただきたいのは、これが「SMARCC2そのものは直せなくても、下流でHDAC2を介して起きている変化を抑えれば症状が和らぐ可能性がある」という、次の研究につながる発見だという点です。

SMARCC2が足りないとシナプス遺伝子が「黙る」しくみ

正常な状態

SMARCC2がHDAC2を抑える → シナプス遺伝子の入り口にH3K9ac(オンの目印)が保たれる → 正常な神経伝達

SMARCC2が足りない状態

HDAC2を介した脱アセチル化が相対的に亢進 → H3K9acが低下 → シナプス関連遺伝子の発現低下 → 記憶・神経伝達機能の低下

マウスモデルでは、HDAC2を介した脱アセチル化の亢進が病態の一部に関わることが示され、HDAC阻害による病態修飾の可能性が研究されています。

7. HDAC阻害という新しい研究の方向 ─ マウスで示された病態修飾の可能性

SMARCC2が不足するマウスにHDAC阻害剤を投与したところ、低下していたシナプス関連遺伝子の発現や記憶機能の一部が改善しました。この結果は、SMARCC2の機能低下によって生じる一部の異常が、少なくとも実験モデルでは薬理学的に修飾可能であることを示す重要な知見です。ただし、ヒトのCSS8やASDで同様の効果が得られるかは分かっていません。

前のセクションのしくみに基づき、SMARCC2が足りないマウスにクラスI HDAC阻害剤である「ロミデプシン」を投与する実験が行われました。ロミデプシンによって、暴走していたHDACの働きが抑えられ、失われていたH3K9ac(オンの目印)が回復しました。その結果、低下していたシナプス関連遺伝子の発現が正常化し、それに伴ってワーキングメモリの低下といった認知・行動の異常も有意に改善したのです[8]

この研究が示すのは、少なくとも実験モデルでは、SMARCC2の機能低下に伴う一部の分子・シナプスの異常が、薬による介入によって修飾できる可能性があるということです。ただし、ヒトのCSS8やASDで同じ効果が得られるかは不明であり、臨床応用の可能性については今後の検証が必要です。それでも、遺伝子の変化そのものは変えられなくても、その下流で起きている状態には手を届かせられるかもしれない、という考え方の手がかりを与えてくれる点で、意義のある研究です。

⚠️ ここは慎重に:研究段階の知見です

この結果はマウスでの研究段階の成果であり、ヒトのCSS8やASDに対する治療として確立したものではありません。ロミデプシンは現在、特定の血液のがんなどに使われる薬で、神経発達障害の治療薬として承認されているわけではありません。「近い将来すぐに治療できる」という意味ではないことを、どうか誤解なさらないでください。それでも、こうした基礎研究の積み重ねが、いつかエピジェネティクス治療という新しい選択肢につながる可能性がある、という「見通し」を持っていただくことには意味があると考えています。

仲田洋美院長

🩺 院長コラム【「変えられないもの」と「変えられるかもしれないもの」を分けて考える】

遺伝子の変化そのものは、今の医療では書き換えられません。けれども、その変化が「下流で引き起こしている状態」には、手を届かせられる可能性があります。SMARCC2の研究は、まさにその境界線を教えてくれます。遺伝子は変えられなくても、遺伝子の開け閉めの乱れは薬で戻せるかもしれない――これは、遺伝性の病気に向き合う私たちにとって、大きな考え方の転換です。

ただし、希望をお伝えするときこそ、慎重でなければなりません。マウスの実験結果を「治る」と言い換えることは、私はしません。今わかっているのは「可逆的である可能性が示された」というところまでです。過度な期待でも、あきらめでもなく、事実に基づいて将来の見通しを持っていただくこと。それが臨床遺伝専門医の役割だと考えています。

8. がんとの関わり ─ BAF複合体を介したSMARCC2の役割

SMARCC2は、脳の発達を支えるだけでなく、BAF複合体の構造・機能を支えるサブユニットとして、細胞増殖や腫瘍抑制に関わることが実験的に示されています。BAF(SWI/SNF)複合体全体の異常は多くのヒトのがんに関わると見積もられており、その一部にSMARCC2の関与も報告されています。ここでは、脳腫瘍や消化器がんとの関わりを見ていきます。

神経膠芽腫(グリオブラストーマ)の実験モデルでは、悪性度の低いグリオーマと比べてSMARCC2の発現が低下していることが報告されています。実験的にSMARCC2の発現を高めると、がん細胞の遊走・浸潤・増殖の能力が低下することが示されました[9]。この研究では、SMARCC2が転写因子EGR1と協調してDKK1という遺伝子の発現を調節し、クロマチンの構造を変えることで、腫瘍細胞の増殖能などに影響することが報告されています[9]。ただし、DKK1の作用は腫瘍の種類や細胞の環境によって異なりうるため、この経路がすべてのがんに同じように当てはまるわけではありません。

このように、SMARCC2の発現低下や体細胞変異が一部のがんで報告されていますが、その意義はがんの種類によって異なります。SMARCC2という一つの遺伝子が、脳の発達と、細胞増殖や腫瘍抑制という異なる場面で役割を担っていることが見えてきます。

ここで大切なのは、CSS8の原因となる生殖細胞系列変異と、腫瘍組織で後天的に生じる体細胞変異は、存在する細胞の範囲や臨床的な意味を区別して考える必要があるという点です。違うのは変異そのものというより、その変化が体のすべての細胞にあるのか、腫瘍の細胞だけにあるのか、という成立の時期や分布です。そして現時点で、SMARCC2関連CSS8そのものに明確ながん素因が確立しているわけではありません。CSS8のお子さんが、そのまま高い確率でがんになる、という意味ではないのです。この区別は、ご家族が不必要な不安を抱えないためにとても重要です。

9. 検査と遺伝カウンセリング ─ 何がわかり、どう向き合うか

SMARCC2に関わる病気を調べるには、点変異だけでなく大きな構造の変化まで捉えられる検査を選ぶことが大切です。そして検査は「受けて終わり」ではなく、結果をどう受け止め、ご家族の今後にどう生かすかまでを含めて考えるものです。ここでは検査の考え方と、遺伝カウンセリングの役割を整理します。

CSS8を含むコフィン・シリス症候群のように、複数の原因遺伝子が関わる病気では、関連する遺伝子をまとめて調べるNGS(次世代シークエンス)パネル検査が有力な選択肢になります。ただし、これまで見てきたように、SMARCC2の病気には構造変異(逆位や微小欠失)が原因となる例があり、これらは塩基配列を1文字ずつ読むタイプの検査(従来のシークエンス)では検出されにくいことがあります。どの検査で何を捉えられるかは検査手法によって異なるため、点変異を調べる検査で異常が見つからなくても、それだけで否定はできません。どの検査をどの順で行うのが適切かは、症状やご家族歴によって変わります。

検査結果は、ご家族にとって「原因が分かる」だけでなく、今後の見通しや、きょうだい・次のお子さんへの影響を考えるうえでの大切な情報になります。CSS8の多くは新生突然変異ですが、まれに親が変異を持っている場合もあり、その場合はきょうだいへの再発の可能性の考え方が変わります。こうした一つひとつを、事実に基づいて整理していくのが遺伝カウンセリングです。当院では、臨床遺伝専門医がこの役割を担っています。

💡 用語解説:意義不明変異(VUS)とは

遺伝子検査では、変化が見つかっても「それが病気の原因かどうか、今の知識では判断できない」ことがあります。これを意義不明変異(VUS:Variant of Uncertain Significance)と呼びます。VUSは「病気の原因」でも「問題なし」でもなく、その中間のグレーゾーンです。SMARCC2のような希少な遺伝子では、報告例が少ないぶんVUSと判定されることもあります。VUSが出たときにどう考えればよいかも、遺伝カウンセリングで整理できる大切なテーマです。

💭 このページを読んだあなたへ

このページには、いくつかの状況の方がたどり着かれていると思います。お子さんがSMARCC2やCSS8と診断された方発達の遅れの原因を調べようとしている方検査結果にSMARCC2の変化が出て意味を知りたい方——それぞれに、次に確認するとよいことが少しずつ違います。

診断を受け取った方は、まず「症状には幅があり、一律の見通しではない」ことを知っておくと、少し肩の力が抜けるかもしれません。原因を調べている方は、通常の検査で見つからなくても構造変異という可能性が残ること、そして新しい検査技術があることが手がかりになります。検査結果を受け取った方は、その変化が病気の原因なのか、それともVUS(意義不明)なのかを、専門家と一緒に整理することが次の一歩です。

確認しておくとよい観点は、①遺伝形式(多くは新生突然変異か)②きょうだい・次子への影響③どの検査が適しているか④VUSだった場合の考え方の4つです。これらは、遺伝カウンセリングで一つずつ整理していけます。

よくある質問(FAQ)

Q1. SMARCC2遺伝子はどこにあって、何をする遺伝子ですか?

SMARCC2は12番染色体の長腕(12q13.2)にある遺伝子で、BAF170というタンパク質をつくります。BAF170は、DNAの巻き取り方(クロマチン)を組み替えて遺伝子のスイッチを切り替える大きな装置「BAF複合体(SWI/SNF複合体)」の中心で、装置全体を組み立てる「足場」として働きます。脳の発達では、神経のもとになる細胞をいつ・どれだけ増やすかを決める時間のスイッチとして重要な役割を果たします。

Q2. コフィン・シリス症候群8型(CSS8)は遺伝しますか?親のせいですか?

CSS8の多くは、両親のどちらも持っていないのにお子さんに新しく生じた変化(新生突然変異、de novo変異)が原因です。ですから、両親の育て方や妊娠中の過ごし方が原因ではありません。遺伝の形式は常染色体顕性(優性)で、片方の遺伝子が変化しただけで症状が出ますが、多くは孤発例です。まれに親が変異を持っている場合もあり、その場合はきょうだいへの再発の考え方が変わりますので、遺伝カウンセリングでご家族歴を含めて整理することをおすすめします。

Q3. CSS8にはどんな症状がありますか?

主な症状は、軽度から重度の知的障害、全般的な発達の遅れ、言語の遅れ(発語がほとんどない例もあります)、筋緊張の低下などです。多動や睡眠の問題などの行動特徴、体毛が濃い・頭髪が薄い・濃い眉・薄い上唇・上向きの鼻といった顔つきや体つきの特徴、乳児期の哺乳や摂食の困難を伴うこともあります。ただし症状には大きな幅があり、すべての方に同じように現れるわけではありません。とても穏やかで快活な気質を示す例も報告されています。

Q4. 遺伝子検査を受けたのに原因が見つかりませんでした。SMARCC2は関係ありますか?

可能性はあります。SMARCC2の病気には、検査法によっては検出が難しい構造変異が原因となる例があります。特に、DNAの一部が反転する逆位や複雑な構造変異は、短鎖リードを用いた通常のシークエンス解析では検出が難しい場合があります。実際に、約233キロベースにおよぶ逆位がSMARCC2を分断してCSS8を起こした症例が、長鎖シークエンスによって特定されています。点変異を調べる検査で異常がなくても否定はできませんので、どの検査が適しているかを臨床遺伝専門医とご相談ください。

Q5. SMARCC2は自閉スペクトラム症(ASD)とどう関係していますか?

SMARCC2はASDとの関連が研究されている神経発達関連遺伝子の一つです。ASD患者から作られたiPS細胞由来のニューロンでは、SMARCC2の発現が低下していることが報告されています。マウスの研究では、SMARCC2が足りなくなるとHDAC2を介したヒストン脱アセチル化が相対的に亢進し、シナプス(神経のつなぎ目)に必要な遺伝子が働きにくくなって、ワーキングメモリの低下や神経伝達の障害が起きることが示されました。ただし、SMARCC2に変化があれば必ずASDになる、という単純な関係ではありません。

Q6. HDAC阻害剤で治療できると聞きましたが、本当ですか?

現時点では、マウスでの研究段階の成果です。SMARCC2が足りないマウスにHDAC阻害剤ロミデプシンを投与すると、失われていた遺伝子のオンの目印が回復し、シナプス遺伝子の働きや記憶の一部が改善したことが報告されました。これは、SMARCC2の機能低下によって生じる一部の異常が、少なくとも実験モデルでは薬理学的に修飾できる可能性を示す重要な手がかりですが、ヒトのCSS8やASDの治療として確立したものではありません。ロミデプシンは神経発達障害の治療薬として承認されているわけではなく、「すぐに治療できる」という意味ではない点にご注意ください。

Q7. CSS8の子どもは、将来がんになりやすいのですか?

CSS8の原因となる生殖細胞系列変異と、腫瘍組織で後天的に生じる体細胞変異は、存在する細胞の範囲や臨床的な意味を区別して考える必要があります。違うのは変異そのものというより、その変化が体のすべての細胞にあるのか腫瘍の細胞だけにあるのか、という成立の時期や分布です。SMARCC2はBAF複合体を支えるサブユニットとしてがん抑制にも関わりますが、現時点でSMARCC2関連CSS8そのものに明確ながん素因が確立しているわけではなく、CSS8のお子さんがそのまま高い確率でがんになるという意味ではありません。個別のがんリスクについてご心配があれば、臨床遺伝専門医にご相談ください。

Q8. SMARCC2はほかのコフィン・シリス症候群の遺伝子と何が違うのですか?

コフィン・シリス症候群は、BAF複合体という同じ装置の部品の遺伝子が原因で起こる一群の病気です。SMARCC2(BAF170)は8型(CSS8)に対応し、ARID1B(1型)、ARID1A(2型)、SMARCB1(3型)、SMARCA4(4型)、SMARCE1(5型)などが仲間です。SMARCC2は装置の「足場」を担う点が特徴で、量のバランスが脳の大きさを決めることが分かっています。症状は各型で重なりつつも、原因遺伝子ごとに少しずつ特徴が異なります。

🏥 発達の遅れ・コフィン・シリス症候群の遺伝子診断のご相談

発達の遅れや知的障害の原因遺伝子の検査、
コフィン・シリス症候群を含む先天異常症候群の遺伝子診断と遺伝カウンセリングは
臨床遺伝専門医が在籍するミネルバクリニックにご相談ください。

参考文献

  • [1] OMIM #601734. SWI/SNF-RELATED, MATRIX-ASSOCIATED, ACTIN-DEPENDENT REGULATOR OF CHROMATIN, SUBFAMILY C, MEMBER 2; SMARCC2. Johns Hopkins University. [OMIM 601734]
  • [2] Expanding the Spectrum of BAF-Related Disorders: De Novo Variants in SMARCC2 Cause a Syndrome with Intellectual Disability and Developmental Delay. Am J Hum Genet. 2019. [PMC6323608]
  • [3] A heterotrimeric SMARCB1–SMARCC2 subcomplex is required for the assembly and tumor suppression function of the BAF chromatin-remodeling complex. Cell Discov. 2020. [PMC7506551]
  • [4] Structure of nucleosome-bound human BAF complex. Science. 2020. [PubMed 32001526]
  • [5] Chromatin regulation by BAF170 controls cerebral cortical size and thickness. Dev Cell. 2013. [PubMed 23643363]
  • [6] Expanding the phenotype associated with SMARCC2 variants: a fetus with tetralogy of Fallot. BMC Med Genomics. 2022. [PMC8895577]
  • [7] Long-read sequencing identifies a novel de novo inversion in SMARCC2 in a pediatric patient with Coffin-Siris syndrome 8: a case report. BMC Med Genomics. 2025. [BMC Med Genomics 2025]
  • [8] Cognitive and Synaptic Impairment Induced by Deficiency of Autism Risk Gene Smarcc2 and its Rescue by Histone Deacetylase Inhibition. [PubMed 40492195]
  • [9] SMARCC2 mediates the regulation of DKK1 by the transcription factor EGR1 through chromatin remodeling to reduce the proliferative capacity of glioblastoma. Cell Death Dis. 2022. [PMC9684443]

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仲田洋美 医師(臨床遺伝専門医)

この記事の監修・執筆者:仲田 洋美

(臨床遺伝専門医/がん薬物療法専門医/総合内科専門医)

ミネルバクリニック院長。1995年に医師免許を取得後、 臨床遺伝学・内科学・腫瘍学を軸に診療を続けてきました。 のべ10万人以上のご家族の意思決定と向き合ってきた臨床遺伝専門医です。

出生前診断(NIPT・確定検査・遺伝カウンセリング)においては、 検査結果の数値そのものだけでなく、 「結果をどう受け止め、どう生きるか」までを医療の責任と捉え、 一貫した遺伝カウンセリングと医学的支援を行っています。

ハイティーンの時期にベルギーで過ごし、 日本人として異文化の中で生活した経験があります。 価値観や宗教観、医療への向き合い方が国や文化によって異なることを体感しました。 この経験は現在の診療においても、 「医学的に正しいこと」と「その人にとって受け止められること」の両立を考える姿勢の基盤となっています。

また、初めての妊娠・出産で一卵性双生児を妊娠し、 36週6日で一人を死産した経験があります。 その出来事は、妊娠・出産が女性の心身に与える影響の大きさ、 そして「トラウマ」となり得る体験の重みを深く考える契機となりました。 現在は、女性を妊娠・出産のトラウマから守る医療を使命の一つとし、 出生前診断や遺伝カウンセリングに取り組んでいます。

出生前診断は単なる検査ではなく、 家族の未来に関わる重要な意思決定です。 年齢や統計だけで判断するのではなく、 医学的根拠と心理的支援の両面から、 ご家族が後悔の少ない選択をできるよう伴走することを大切にしています。

日本人類遺伝学会認定 臨床遺伝専門医/日本内科学会認定 総合内科専門医/ 日本臨床腫瘍学会認定 がん薬物療法専門医。 2025年には APAC地域における出生前検査分野のリーダーとして国際的評価を受け、 複数の海外メディア・専門誌で特集掲載されました。

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