出生前全エクソーム(WES)検査｜20,000遺伝子を臨床遺伝専門医が解説｜ミネルバクリニック

出生前全エクソーム(WES)検査は、次世代シーケンス（NGS）による全エクソームシーケンスで、20,000以上の遺伝子のコード領域とスプライシング部位、およびミトコンドリアゲノムを解析する検査です。超音波検査などで胎児に所見が認められた場合に、その原因となる遺伝子の変化を探索します。

ミネルバクリニックでは、オンライン診療（ビデオ通話での遺伝カウンセリング）にも対応しており、全国どこからでもご相談いただけます。検査の開始にあたっては、臨床遺伝専門医が臨床情報を確認し、検査が適切かどうかを判断したうえで進めます。

一般的な遺伝子検査のメリットとデメリットについてはこちらのページをご覧ください。

染色体検査（核型分析）やマイクロアレイ検査は、染色体の数の異常や一定サイズ以上のコピー数変化をとらえるのに有用ですが、遺伝子1つひとつのレベルの小さな変化まではわかりません。本検査は遺伝子のコード領域をシーケンスで解析するため、一塩基変異やエクソンレベルのコピー数変異など、遺伝子レベルの変化を調べられるのが特徴です。病気の原因となる変化の多くはコード領域に集中しているため、効率よく原因を探せます。

本検査は、超音波所見などの臨床情報をふまえて解析を行うタイプの検査です。多くの遺伝子情報の中から、胎児の所見と関連しうる変化に焦点をあてて評価するため、より意味のある結果につなげやすくなります。だからこそ、検査の際にはできるだけ詳しい臨床情報が重要になります。

胎児検体だけでなく、ご両親などご家族の検体を同時に解析することで、胎児に見つかった変化がご家族から受け継いだものか、胎児に新しく生じたもの（de novo）かなどを判断しやすくなり、変化の意味づけの精度が高まります。ご家族の検体を提出される場合は、胎児検体と同時にご提出いただくことで、解析の遅れを防げます。

「NIPTでは母体の採血だけで、いろいろな染色体の状態を広く調べられるのに、どうして羊水・絨毛の検査では、超音波などの所見がないと全エクソームや全ゲノムを調べてもらえないの？」——外来でよくいただくご質問です。最初から羊水や絨毛で網羅的に調べたいというお気持ちも、よくわかります。ここでは、その理由をていねいにご説明します。

結論を先に言うと、「所見があるからこそ、全エクソームや全ゲノムのような網羅的な検査は正しく読み解け、利益が検査のリスクを上回る」——これが本質です。倫理的な配慮も関わりますが、根っこにあるのは診断の精度と結果の解釈、そして検査の侵襲性（体への負担）の問題です。

1.NIPTと確定検査は、そもそも役割が違う

NIPT（非侵襲的出生前検査）は、母体の採血だけで行える、体への負担のない「スクリーニング（ふるい分け）」検査です。外れてももう一度採血すればよいだけなので、広く網を張って調べるという設計が成り立ちます。

一方、羊水検査・絨毛検査は、お腹に針を刺して検体を採取する侵襲的な「確定検査」で、わずかながら流産のリスクを伴います。ここに全エクソームや全ゲノムのような網羅的検査を載せて、所見のない胎児を広く調べると、①流産のリスクを冒したうえに、②原因が見つかる確率（診断率）は低く、③意味のはっきりしない結果ばかりが残る——という、リスクばかりで利益の乏しい構図になってしまいます。「非侵襲だから広く張れるNIPT」と「侵襲的だからこそ絞り込む確定検査」という、役割の違いがまずあります。

2.所見は、膨大な結果を読み解く「手がかり」になる

ゲノムのコード領域だけでも、一人あたり数万か所の配列の違いが見つかります（全ゲノムならさらに桁違いに多くなります）。その大半は、病気とは関係のない個人差です。この検査は表現型（超音波所見などの臨床情報）に基づいて解析する設計で、「この所見に関連する遺伝子はどれか」という手がかりがあって初めて、膨大な変化の中から意味のあるものを絞り込めるのです。

もし手がかりとなる所見がないまま調べると、見つかった変化が病気の原因なのか、無害な個人差なのか判断できず、「意義不明（VUS）」の結果ばかりが大量に残ってしまいます。これは、はっきりした答えが出ないまま、ご両親に不安と難しい判断だけを残すことになりかねません。

3.所見のある胎児では、診断率が実用的な水準に上がる

先天的な体の異常は、生まれてくる赤ちゃんの3〜4%に見られます。超音波検査で構造的な所見（ソフトマーカーを含む所見など）が認められた胎児では、全ゲノム／エクソーム検査で原因となる遺伝子の変化が見つかる確率が、実用に足る水準に達します。一方、所見のない胎児では診断率が大きく下がり、検査による利益が、費用や侵襲的検査のリスクに見合わなくなります。どの所見のときに検査を行うか——診断率が、その判断の中心的な基準になっています（出生前診断でわかることもあわせてご覧ください）。

4.「調べすぎ」がもたらす重い偶発的所見

もう一つ、倫理的にも大切な問題があります。所見と関係なくゲノム全体を調べると、胎児の所見とは無関係な遺伝子に、知的発達症や代謝疾患などの重い病気に関わる変化が偶発的に見つかることがあります。こうした疾患の多くは胎児の画像（超音波）では確認できません。所見がないまま網羅的に調べると、こうした「産むかどうか」にも関わる重い偶発的所見が数多く出てしまい、ご両親に過大な負担と、非常に難しい選択を強いることになりかねません。

出生前全エクソーム(WES)検査では、次世代シーケンス（NGS）により、20,000以上の遺伝子のコード領域とスプライシング部位を対象に、シークエンスバリアント（配列の変化）および欠失・重複（del/dup）の評価を行います。あわせて、ミトコンドリアゲノムの変化についても解析します。臨床情報と合致しない遺伝子の変化は、通常は報告されません。

欠失・重複（del/dup）はエクソンレベルで評価し、2エクソン以上の連続した領域の変化を特定できます（単一エクソンの欠失・重複は日常的には検出されません）。確認のための補助的な解析として、必要に応じてサンガーシーケンス、qPCR、RP-PCR、MLPAなどが用いられることがあります。

【超音波検査などで胎児に所見が認められ、その原因を幅広く調べたい方】に、出生前全エクソーム(WES)検査をご検討いただけます。

この検査は以下のような方に適しています：
・超音波検査で胎児に構造異常などの所見が見つかった方
・染色体検査やマイクロアレイ検査では原因がはっきりしなかった方
・あらかじめ疾患を1つにしぼらず、幅広い遺伝子を調べたい方
・ご家族(Duo/Trio)での解析を含めて、より精度の高い評価を希望される方

検査の開始には、臨床遺伝専門医による臨床情報の確認と承認が必要です。

遺伝子検査により原因が判明すると、胎児の状態の理解や、今後の妊娠・出産の管理、生まれてからの医療的な備えに役立つことがあります。

遺伝子検査により以下の利益が期待できます：
・胎児の所見の原因の特定または確認
・今後の経過や必要な管理の見通しを立てるための情報
・「診断の迷路」による負担の軽減
・関連リソースやサポートへの接続
・ご家族の危険因子に関する情報提供
・将来の家族計画のための着床前診断などのオプション提供

胎児で見つかった変化の中には、ご両親のいずれかから受け継いだものもあります。その場合、ご家族を検査することでリスクを明らかにすることが重要になることがあります。

本検査は、20,000以上の遺伝子のコード領域を対象としています。このうち、検査手法の特性上、検出に一定の制限がある遺伝子を以下にまとめます。

以下の遺伝子については、検査手法の特性上、検出に一定の制限があります。