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新型コロナ|オミクロン株

2021年12月、南アフリカから広まったオミクロン株は1か月でアメリカ、イギリスにおける流行の主要株となりました。非常に感染力が強いのが特徴です。また、新型コロナウイルスに感染したことがある人も再感染のリスクが高いことも特徴ですので既感染でもワクチンをお受けください。

新型コロナオミクロン株(オミクロン・バリアント)とは何ですか?

COVID-19の原因ウイルスであるSARS-cov-2のオミクロン変異(バリアント)株は、その挙動に影響を与える可能性のあるいくつかの変異があるという証拠に基づき、WHOによって懸念される変異体と呼ばれています。オミクロン・バリアントについては、まだかなりの不確実性があり、その伝達性、重症度、再感染リスクを評価するために多くの研究が行われています。

2021年12月31日現在のWHOの注意すべき変異株のリストは以下のようになっています。新しい情報はこちらのページで更新するのでそちらをご覧ください。

 

WHO名称 PANGO系統
Sタンパク変異 発見次期 感染性への影響 免疫への影響 重症度への影響
ベータ B.1.351 K417N, E484K, N501Y, D614G, A701V 2020.9 あり あり あり
ガンマ P.1 K417T, E484K, N501Y, D614G, H655Y 2020.12 あり あり あり
デルタ B.1.617.2 L452R, T478K, D614G, P681R 2020.12 あり あり あり
オミクロン B.1.1.529 A67V, Δ69-70, T95I, G142D,
Δ143-145, N211I, Δ212, ins215EPE,
G339D, S371L, S373P, S375F, K417N,
N440K, G446S, S477N, T478K, E484A,
Q493R, G496S, Q498R, N501Y, Y505H,
T547K, D614G, H655Y, N679K, P681H,
N764K, D796Y, N856K, Q954H, N969K,
L981F
2021.12 あり あり 2021.12.31
現在不明

オミクロン株の新型コロナ感染症COVID-19診断への影響

  • ・国立感染症研究所の病原体検出マニュアルに記載の PCR 検査法のプライマー部分に変異は無く、検出感度の低下はないと想定される。このため、オミクロン株は日本国内で現在使用される SARS-CoV-2PCR 診断キットでは検出可能と考えられています。
  • ・オミクロン株はThermo Fisher社 TaqPath が採用しているプライマーでは、ORF1, N, S 遺伝子のPCRでS遺伝子が検出されない(S gene target failure; SGTF と呼ばれる)特徴をもちます。一方で、これまで多くの国で流行の主体となっているデルタ株ではS遺伝子が検出されることから、この特徴を利用し、オミクロン株であることを示すためのサロゲート(代理)マーカーとして、SGTF が利用できる(WHO:Classification of Omicron (B.1.1.529) )とされています。SGTF はアルファ株でもみられ、代理マーカーとして使用されました。
  • ・抗原定性検査キットについては、ヌクレオカプシドタンパク質の変異の分析で診断の影響はないとされています。

オミクロン株はどのようにして生まれたのですか?

ウイルスが広く流通し、多くの感染症を引き起こすと、ウイルスが変異する可能性が高くなります。ウイルスが拡散する機会が多ければ多いほど、ウイルスが変化する機会も多くなります。コピーするときに塩基配列の誤りが起こりやすく、高等生物ではその誤りを修復する酵素があるのですがウイルス自体は修復酵素を持たないため、変異(バリアント)がより起こりやすくなります。

オミクロン株はどこで検出されていますか?

現在、オミクロン・バリアントは世界の多くの国で検出されています。まだ検出されているという報告がなくても、オミクロンはほとんどの国に存在すると思われます。

オミクロン株は、他のCOVID-19バリアントよりも重症あるいは軽症ですか?

初期の調査結果では、オミクロンはデルタバリアントよりも重症度が低い可能性が示唆されていますが、さらなるデータが必要であり、WHOは「軽症」と片付けてはいけないと警告しています。研究は進行中で、この情報は入手可能になり次第更新されます。

COVID-19のすべての変異型は、現在も世界的に主流となっているデルタ株を含めて、重篤な疾患や死亡を引き起こす可能性があることを覚えておくことが重要です。また、ワクチンだけではなく、ウイルスの拡散を防ぎ、ウイルスにさらされるリスクを低減する、つまりマスクや手洗いの励行、感染リスクが高まる場所や行動を避けることが重要なのです。

イギリスからの報告

2.21.12.31に発表されたイギリスの報告によると以下のようになっています。

オミクロン株による入院のリスク

(UKHSA/MRC Biostatistics Unit, University of Cambridge)
先週発表された解析結果のアップデートでは、オミクロンによる救急搬送や入院のリスクはデルタの約半分であることが判明しました。または入院のリスクは、オミクロンがデルタの約半分であることがわかりました(ハザード比0.53。95%CI:0.50~0.57)。オミクロンによる救急外来からの入院のリスクは オミクロンはデルタの約3分の1であった(ハザード比0.33、95%CI:0.30~0.37)。0.37). これらの分析は、検体の採取日と居住地域で層別化し、さらに 年齢、性別、民族性、地域の貧困度、海外旅行、ワクチン接種の有無で調整した。
また、現在の感染が既知の再感染であるかどうかについても調整されています。しかし、再感染の有無は十分に把握されていないため、この調整では再感染の影響を十分に考慮していない可能性がある。再感染の影響を十分に考慮していない可能性があります。今回の分析では、オミクロンの場合、ワクチンを2回および3回接種した場合に入院のリスクが低くなります。ワクチンを接種していないオミクロン症例と比較して、3回接種後の入院リスクは81%(77~85%)減少しました。

オミクロン・バリアントの方が感染力が強いのですか?

オミクロン・バリアントは、他のバリアントよりも急速に広がっています。地域社会でCOVID-19の感染がある場合、オミクロンがデルタバリアントを上回る可能性が高いと専門家は考えています。

イギリスの報告を以下にご紹介します。

流行の初期指数関数的な成長率は、手元のデータから直接導かれる重要な指標であり、基本再生産数を推測するためによく使われるものです。検査済みのCOVID-19陽性例の成長率λ(t)は負の数値が病気の伝播減速の代用となります。ロックダウンの解除は、しばしばR0と呼ばれる瞬間的な再生産数r(t)の挙動と関連します。

オミクロン株の成長率は、S遺伝子陽性の症例数に対する相対値で計算されました。
サンプルの組み入れ基準は以下の通りです。
1) 各症例を乗客ロケータフォームおよび管理検疫サービスの検査コードと照合して決定した非旅行者
2) Pillar 2 検査で採取したもの
3) ウイルス量が少ない患者の偽陽性を減らすために、S 遺伝子以外の標的のサイクル閾値(Ct)が 30 未満であること


Pillar 1は、イングランド公衆衛生局(PHE)の研究所やNHS病院で行われる、臨床上の必要性がある人や医療・介護従事者を対象とした綿棒検査です。
Pillar 2は、より多くの人々を対象とした綿棒検査です。これには、全国のドライブスルーやウォークスルーの検査会場での対面検査や、自宅に届けられる検査キットが含まれます。

デルタ症例でも時折SGTFが出るため、オミクロン変異体の検出に対するSGTFの特異性は変動します。オミクロン株が検出される前は、SGTFの大部分は 11月前半にオミクロン以外の症例から発生していた。SGTFがオミクロン・ケースから発生する確率は一般化された加法モデルを用いて推定されました。11月20日から2021年12月5日の間に配列データとペアになった112件のSGTF症例のうち、80例がオミクロンでした。SGTFをオミクロンのマーカーとして使用した場合の真陽性率は、11月20日の20%から、2021年12月5日には99%を超えました。その前に 成長率を推定する前に、真の陽性率に比例して陰性から陽性にケースを再分配することで、SGTF数を調整しました。

成長率は、サンプル採取時のSGTFの数をロジスティック回帰することで推定されました。成長率が0であれば、S遺伝子陽性例と同等であることを示しています。信頼区間はパラメトリックブートストラップ法で算出されました。
再生産係数は更新式を用いて推定し、1)Deltaの繁殖数が1に近い、2)世代時間はガンマ分布で、平均5.2日および、変動係数は2/3であると仮定しました。
Omicronが現在の速度で成長し続けた場合、OmicronはDeltaとパリティに達すると予測される (12月中旬にOmicronとDeltaがパリティ(同率)になると予測されました。
成長率は0.35/日、再生産係数は3.7(3.3-4.2)と推定されました。

イギリスにおけるオミクロン株の成長率と再生産係数

以下のグラフはイギリスにおけるトータルの新型コロナウイルス陽性検出例(緑)と、その中でオミクロン株の代理マーカーであるSGTFをしました例(紫)を示していますが、12月終盤になるとオミクロン株が席巻しているのがわかると思います。
イギリスにおけるオミクロン株の推移

このように、オミクロン株は非常に感染力が強いのが特徴です。

ワクチンを接種し、人混みを避け、他人との距離を保ち、マスクを着用するなどの予防措置をとることは、COVID-19の感染拡大を防ぐために非常に重要であり、これらの行動は他の亜種に対しても有効であることがわかっています。

オミクロン株では症状が異なるのですか?

オミクロンが他のCOVID-19亜種と異なるCOVID-19の症状を引き起こすことを示唆する情報はありません。

COVID-19ワクチンはオミクロン株に対して有効ですか?

研究者たちは、オミクロン変異体がCOVID-19ワクチンの効果に影響を与える可能性を調べています。情報はまだ限られていますが、重症化や死亡に対するワクチンの効果が少し低下したり、軽症化や感染症の予防効果が低下したりする可能性があります。しかし、WHOの報告によると、これまでのところ、現在入手可能なワクチンは重症の病気や死亡に対して大きな予防効果があるようです。

また、デルタ型のように広く流通している他の亜種から守るためにも、ワクチンを接種することが重要です。最大限の保護を受けるために2回とも接種することが大切です。

イギリスからの報告

2.21.12.31に発表されたイギリスの報告によると以下のようになっています。

症候性感染症および入院に対するワクチンの有効性(UKHSA)

症候性感染症に対するワクチンの有効性(VE)は、オミクロンがデルタよりも低く、3回目の投与から10週間後までに低下することが、先週発表された調査結果で確認された。症状のある症例は、入院データとリンクしていました。ワクチンを3回接種した後、地域の検査でオミクロンが確認された症候性患者が入院するリスクは、ワクチンを接種していない同様の患者と比較して68%(42~82%)減少すると推定されました(年齢、性別、過去の陽性反応、地域、民族、臨床的に極めて脆弱な状態、リスクグループの状態、期間を調整後)。症状のある患者になるのを防ぐ効果と合わせると、入院に対するワクチンの有効性は 入院に対するワクチン効果は、オミクロンの場合、3回接種で88%(78~93%)となります。症状のある病気に対する効果には減衰が見られますが、入院に対する予防効果の持続期間を評価するには十分なデータがありません。より長く続くと予想される入院に対する予防効果の持続時間を評価するには十分なデータがありません。

COVID-19に過去に感染したことがある場合、オミクロン株に対して有効ですか?

WHOの報告によると、初期のエビデンスでは、デルタなど懸念されている他の亜種と比較して、オミクロンに対する過去感染の予防効果は低いと考えられています。オミクロン株は過去に感染した個体の免疫をすり抜けることがプレプリント論文で報告されています。しかし、情報はまだ限られています。

過去にCOVID-19に感染したことがあっても、ワクチンを接種すべきです。COVID-19から回復した人は、ウイルスに対する自然免疫を獲得する可能性がありますが、それがどのくらい持続するのか、どの程度保護されるのかはまだ分かっていません。ワクチンの方がより確実に予防できます。

オミクロン株に対して今までの治療薬は有効ですか?

米国では、12歳以上の一部の人を対象にSARS-CoV-2感染を予防するために、モノクローナル抗体カシリビマブ-イムデビマブおよびバムラニビマブ-エテセビマブを使用する緊急使用許可(EUA)が食品医薬品局(FDA)からでました。しかし、これらの組み合わせではオミクロン株に対する活性を維持できないと予想されるため、オミクロン・バリアントの有病率が80%を超える州または地域への配布は一時停止されています。モノクローナル抗体ソトロビマブは、オミクロンに対する活性を維持していると報告されていますが、曝露後の予防を目的とした研究は行われていないため、この目的で使用すべきではありません。

中和抗体(モノクローナル抗体)療法とは

新型コロナウイルスが増殖力をおさえるために、感染が確認された患者さんにモノクローナル抗体を注入する治療法です。2022年1月8日現在、日本において厚生労働省の特例承認を受けている中和抗体薬は、「ロナプリーブ(一般名:カシリビマブ+イムデビマブ)」と「ゼビュディ(一般名:ソトロビマブ)」の2つの薬になります。
どちらの抗体も新型コロナウイルスの表面にあるSタンパク(スパイクタンパク)に結合し、人の細胞に侵入する足がかりとなるACE-2受容体とSARS-CoV-2の結合を邪魔することで感染を防ぐことを意図しています。
ロナプリーブは、2種類(カシリビマブとイムデビマブ)の抗体を混合して使用するため、抗体カクテル療法といいます。
ゼビュディ(ソトロビマブ)は、抗体がウイルスの変異が起きにくい領域に結合することから、設計上は変異株にも効果を発揮すると期待されています。
どちらの薬も発症から7日以内の軽症から中等症に投与しますが、肺炎のない初期の患者さんに投与することで、重症化を防ぐ効果があります。
オミクロン株に関しては残念ながらロナプリーブ(カシリビマブ+イムデビマブ)は効果がないことがわかったため、オミクロン株が優勢な状況で使用できる中和抗体薬はソトロビマブのみという事になります。

現在のCOVID-19検査でオミクロン株は検出されますか?

多くの核酸増幅法PCRは、S遺伝子を標的としているが、他の遺伝子も標的としています。したがって、ある遺伝子の標的に変異が生じても、他の遺伝子の標的は依然として機能しており、検査ではオミクロン変異体を含むウイルスを検出することができます。

注目すべきは、オミクロン・バリアントには、いくつかのアッセイにおいてS遺伝子が検出できないという突然変異が含まれていることです。S遺伝子の変異によるS gene target failure; SGTFは、オミクロン変異体のマーカーとして使用できますが、非特異的であり、Alphaなどの他の変異体でも発生する可能性があります。

ほとんどの抗原検査はヌクレオカプシドタンパクを標的としているため、スパイクタンパクの変異がこれらの検査の精度に影響を与えることはありません。オミクロン・バリアントにはヌクレオカプシドをコードする遺伝子に変異がありますが、抗原検査には影響がないと考えられています。

以上より、広く使用されているPCRおよび抗原ベースの迅速診断テストは、オミクロンを含むCOVID-19の感染を引き続き検出します。

オミクロン・バリアントから自分や家族を守るにはどうしたらいいですか?

最も重要なことは、ウイルスにさらされるリスクを減らすことです。自分や大切な人を守るために、以下のことを心がけてください。

  • 鼻と口を覆うマスクを着用する。マスクを着脱する際には、手を清潔にする。
  • 他の人から1メートル以上の距離をとる。
  • 風通しの悪い場所や人混みを避ける。
  • 室内では窓を開けて換気を良くする。
  • 定期に手を洗いましょう。
  • 予防接種を受けましょう。WHOが承認したCOVID-19ワクチンは効果的です。

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この記事の筆者:仲田洋美(医師)

医師・仲田洋美の保有資格

医籍登録番号 第371210号 麻酔科標榜医 厚生労働省医政発第1017001号 麻 第26287号 日本内科学会 認定内科医 第19362号 日本内科学会 総合内科専門医 第7900号 日本プライマリ・ケア連合学会 指導医 第2014-1243号 日本臨床腫瘍学会 がん薬物療法専門医 第1000001号 臨床遺伝専門医制度委員会認定 臨床遺伝専門医 第755号 日本感染症学会認定 インフェクションコントロールドクター ID3121号 日本化学療法学会 抗菌化学療法認定医 第J-535号 見ての通り、感染症専門医ではありませんが、感染症に関する二つの資格は一応持っているのと、「遺伝子検査」の専門医でもあります。 あと、この凝り性な性格でお勉強したので、通常の内科専門医よりは断然詳しいと思います。 間違っているところがあったらお知らせください。

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