この記事の筆者：仲田洋美（医師）
原因不明の症状・診断がつかないお子さんのための遺伝子検査（WES/WGS）｜ミネルバクリニック
- ホーム
- 東京・ミネルバクリニック取扱い遺伝子検査
- 原因不明の症状・診断がつかないお子さんのための遺伝子検査（WES/WGS）｜ミネルバクリニック
こんな症状でお困りではありませんか
お子さんに以下のような症状があり、複数の病院を受診したり、いろいろな検査を受けても「診断がつかない」「原因がわからない」とお困りのご家族へ。
- 生まれてからずっと哺乳力が弱い、授乳に時間がかかる
- 首すわり・寝返り・お座りなどの運動発達が遅い
- 言葉が出ない、言葉の遅れがある
- 筋緊張が弱い（ぐにゃぐにゃしている）、または異常に硬い
- 体重が増えない、成長が遅い
- 顔つきや身体に特徴がある
- けいれん発作がある
- 複数の症状が組み合わさっている
- 何度も検査を受けているのに「原因不明」と言われる
- 何科を受診すればいいのかわからない
このような「診断がつかない」状態は、医学の世界で「診断のオデッセイ（diagnostic odyssey）」と呼ばれています。診断を求めて病院を転々とする「終わりなき旅」を意味します。
ミネルバクリニックの全エクソーム解析（WES）・全ゲノム解析（WGS）は、「診断がつかない」お子さんの原因を特定し、診断確定へと導く包括的な遺伝子検査です。
診断がつかないことの問題
「症状はあるのに診断がつかない」状態が続くことは、お子さんとご家族にとって大きな負担となります。
診断がつかないことで起こる問題
- 適切な治療・療育が受けられない：診断名がないと、疾患特異的な治療やリハビリテーションの方針が立てられません
- 合併症のリスクがわからない：心臓、腎臓、内分泌など、疾患によって注意すべき合併症が異なります。診断がつかないと予防的な対応ができません
- 予後の見通しが立たない：今後どのように症状が進行するのか、将来どうなるのか、予測ができません
- 何度も検査を繰り返す：診断がつかないため、同じような検査を何度も受けることになります
- 経済的負担：診断を求めて複数の病院を受診し、さまざまな検査を繰り返すことで、医療費がかさみます
- 精神的負担：「何の病気かわからない」という不安を抱え続けることは、ご家族にとって大きなストレスです
- 次子の計画が立てられない：原因がわからないため、次のお子さんへの遺伝リスクも評価できません
- 同じ疾患のコミュニティとつながれない：診断名がないと、同じ病気のお子さんを持つご家族や患者会と情報交換ができません
全国に約3万人以上の「診断がつかない」患者さんがいると言われています。診断を求めて平均8年間も病院を転々とする方もいます。しかし、近年の遺伝子解析技術の進歩により、これまで診断がつかなかった多くの患者さんで原因が特定できるようになってきました。
遺伝子検査で診断がつく可能性
「診断がつかない」お子さんの症状の原因として、遺伝的要因が関与している可能性が高いことがわかっています。全エクソーム解析（WES）や全ゲノム解析（WGS）を用いることで、これまで診断がつかなかった多くの症例で原因を特定できるようになりました。
実際の診断確定率
国内外の大規模研究により、以下のような診断率が報告されています：
- トリオ解析（お子さん＋両親の3人同時検査）：約25〜37％で診断が確定
- シングルトン解析（お子さんのみ）：約15〜25％で診断が確定
- これまでの検査（染色体検査、マイクロアレイなど）：約15〜20％の診断率
つまり、従来の検査では診断がつかなかったお子さんの約4人に1人〜3人に1人が、WES/WGSにより診断が確定します。
診断がつきやすい症状パターン
以下のような特徴があるお子さんは、特に遺伝子検査により診断がつく可能性が高くなります：
- 複数の臓器・器官に症状がある（多臓器症状）
- 顔貌の特徴や身体奇形を伴う
- けいれん発作（てんかん）を伴う
- 発達の遅れと身体症状の両方がある
- 兄弟姉妹にも同様の症状がある
- 両親が血縁関係にある
診断がついた事例
慶應義塾大学の未診断疾患イニシアチブ（IRUD）では、診断がつかなかった約7,000名の患者さんのうち、約半数（約3,500名）で診断が確定しました。さらに、世界に先駆けて新しい疾患を複数発見し、「武内・小崎症候群」など日本人研究者の名前がついた疾患も誕生しています。
診断がつくことで、適切な治療が開始できた症例、合併症を予防できた症例、同じ疾患のコミュニティとつながり支援を受けられるようになった症例など、多くのご家族の人生が変わりました。
ミネルバクリニックの原因不明症状の遺伝子検査の特徴
ミネルバクリニックでは、「診断がつかない」お子さんの原因を特定するために、全エクソーム解析（WES：Whole Exome Sequencing）および全ゲノム解析（WGS：Whole Genome Sequencing）を提供しています。
これらは次世代シーケンシング（NGS）技術を用いた包括的な遺伝子検査で、一度の検査で約20,000の遺伝子（WES）またはゲノム全体（WGS）を解析することができます。
アメリカ医学遺伝学会（ACMG）は、原因不明の症状を持つお子さんに対して、WES/WGSを第一選択の検査として推奨しています。
一般的な遺伝子検査のメリットとデメリットについてはこちらのページをご覧ください。
1.圧倒的に早い結果報告：6〜8週間
大学病院の研究検査（IRUD）：約2年待ち＋紹介状必要 → ミネルバクリニック：6〜8週間＋紹介状不要
慶應義塾大学などの大学病院が実施する未診断疾患イニシアチブ（IRUD）は、研究として無料でWES/WGS検査を実施していますが、結果が出るまで約2年かかります。また、紹介状が必要で、研究枠が埋まっている場合は検査を受けられないこともあります。
当院では、紹介状不要で直接ご予約いただけます。6〜8週間（WES）または8〜12週間（WGS）で結果をお届けします。診断がつけば、すぐに適切な治療・療育を始めることができます。
なぜスピードが重要なのか？
- お子さんの発達は待ったなし。早期診断で適切な療育・治療をすぐに始められる
- 合併症リスクの早期発見・予防ができる
- 「原因不明」の不安を抱えながら2年待つ精神的負担を大幅に軽減
- 次のお子さんを考える際の計画が立てやすい
- 至急オプション利用でさらに約7日短縮も可能
2.包括的な遺伝子解析
「診断がつかない」お子さんの場合、どの遺伝子に原因があるのか予測が困難です。単一遺伝子検査では、疑われる遺伝子を一つずつ調べる必要があり、時間と費用がかかります。
WESでは約20,000の遺伝子、WGSではゲノム全体を一度に解析することで、既知・未知を問わず遺伝的原因を包括的に検索できます。これにより、診断までの時間と費用を大幅に削減できます。
3.将来的な再解析が可能
遺伝子研究は日々進歩しており、新たな疾患原因遺伝子が次々と発見されています。WES/WGSで得られたデータは保存され、将来新しい遺伝子が発見された際に再解析することが可能です。
初回の検査で診断がつかなかった場合でも、数年後の再解析により診断が確定する可能性があります。実際に、国内の研究では再解析により約10〜20％で新たに診断が確定したと報告されています。
4.臨床遺伝専門医による丁寧なカウンセリング
当院の院長は、日本人類遺伝学会認定臨床遺伝専門医です。検査前のカウンセリングでは、お子さんの症状を詳しく伺い、検査の意義やリスクについて丁寧にご説明します。検査後は、結果の意味、今後の対応、ご家族への影響について、専門的な観点からわかりやすくお伝えします。
オプション
塩基配列 （料金に含まれる）
欠失・挿入 （料金に含まれる）
コピー数変異（CNV）解析 （料金に含まれる）
至急：結果が出るまでの期間が約7日短くなります。 55,000円
VUS除外 *VUS（variant of unknown significance）とは病的意義がよく分かっていない変異の事を指します。（無料）
偶発的所見の報告 *ACMG推奨81遺伝子における病的変異を報告（ご希望により）（無料）
検査内容
原因不明の症状を持つお子さんの遺伝子検査では、全エクソーム解析（WES）または全ゲノム解析（WGS）を行います。これらの検査により、お子さんの症状の遺伝的原因を包括的に検索し、診断確定や適切な治療・管理方針の決定に役立てることができます。
どんな人が受けたらいいの？
以下のようなお子さん・ご家族に検査をお勧めします：
【診断がつかないお子さん】
・生まれてからずっと何かおかしい
・哺乳力が弱い、発達が遅い、筋緊張の異常がある
・複数の症状が組み合わさっている
・顔貌の特徴や身体奇形を伴う
・けいれん発作を伴う
・複数の病院を受診したが診断がつかない
・いろいろな検査を受けても「原因不明」と言われる
・これまでの検査（染色体検査、マイクロアレイなど）で原因が特定できなかった
・何科を受診すればいいかわからない
【ご家族】
・同様の症状を持つ兄弟姉妹がいる
・将来子どもを持つことを考えており、遺伝リスクを知りたい
・次子の妊娠を考えており、再発リスクを評価したい
このパネル検査は、血液、抽出DNA、頬粘膜スワブ、または唾液検体で実施可能です。モザイク現象の検出は目的としておらず、腫瘍組織での検査は適応外です。
検査で得られる患者さんの潜在的利益は？
遺伝子検査により原因が判明すると、「診断がつかない」状態から脱却し、多くのメリットが得られます。
遺伝子検査により以下の利益が期待できます：
・正確な診断の確定（「診断のオデッセイ」の終結）
・疾患名がつくことで、疾患特異的な治療の開始が可能に
・合併症（てんかん、心疾患、内分泌異常など）のリスク評価と早期発見
・適切な療育・リハビリテーションプログラムの立案
・教育支援・福祉サービスの最適化
・疾患の予後予測（今後どうなるかの見通し）
・不必要な検査・治療の回避（医療費の削減）
・同じ疾患の患者会や支援団体へのアクセス
・家族の心理的負担の軽減（「原因不明」の不安からの解放）
・ご家族の遺伝リスク評価
・次子の遺伝カウンセリング
・出生前診断・着床前診断の選択肢提供
・将来的な再解析の可能性（新規遺伝子発見時）
お子さんで病原性変異が同定された場合、遺伝形式に応じて家族の発症リスクが異なります。常染色体優性遺伝の場合は次子が発症するリスクは50％（新生突然変異の場合を除く）、常染色体劣性遺伝の場合は次子が発症するリスクは25％です。家族を検査することでそのリスクを明らかにし、適切な家族計画を立てることが重要です。
WES（全エクソーム解析）とWGS（全ゲノム解析）の違い
WES（全エクソーム解析）- 推奨
全エクソーム解析（Whole Exome Sequencing: WES）は、約20,000個の遺伝子のタンパク質コード領域（エクソン）を解析する検査です。
特徴：
・ヒトゲノムの約1〜2％に相当するエクソン領域を解析
・既知の疾患原因変異の約85％はエクソン領域に存在
・コストパフォーマンスに優れる
・解析期間：6〜8週間
・診断率：トリオ解析で25〜37％、シングルトンで15〜25％
適応：
・ほとんどの「診断がつかない」症例
・複数の症状があるが診断がつかない
・他の検査（染色体検査、マイクロアレイなど）で原因がわからなかった
WGS（全ゲノム解析）
全ゲノム解析（Whole Genome Sequencing: WGS）は、ゲノム全体（約30億塩基対）を網羅的に解析する検査です。
特徴：
・エクソンだけでなくイントロン（非コード領域）や調節領域も解析
・構造異常（大きな欠失・重複・転座など）の検出に優れる
・非コード領域の変異も検出可能
・解析期間：8〜12週間
・WESよりも高い診断率が期待できる
適応：
・WESで原因がわからなかった症例
・より包括的な解析を希望される場合
・構造異常が疑われる場合
・非コード領域の変異が疑われる場合
多くの場合、まずWESから開始することをお勧めします。WESで診断がつかない場合、WGSへの移行を検討します。
カバレッジ
カバレッジとは、遺伝子検査においてDNA配列がどの程度正確に読み取られたかを示す指標です。読み取り回数が多いほど検査の精度が高くなります。
WES： ≥99% at 80-100x（読み取り深度平均80〜100回以上）
WGS： ≥95% at 30x（読み取り深度平均30回以上）
検体
血液（EDTAチューブ4ml×2本、紫色キャップ）、抽出DNA（EBバッファー中3μg）、頬粘膜スワブ、唾液（要請により採取キット提供）
※唾液・口腔粘膜擦過組織・血液いずれもオンライン診療が可能です。
ほとんどの検査は唾液・口腔粘膜擦過組織で実施できます。
血液検体の場合は、全国の提携医療機関で採血をお願いします。
オンライン診療（ビデオ通話での診療）で遺伝カウンセリングを行った後、検体を当院にお送りいただく流れとなります。
検体採取キットは検査料金をお支払いいただいた後にお送りいたします。ご自身で勝手に検体を採取しないでください。
検査の限界
- 詳しくはこちら
-
すべての配列決定技術には限界があります。この分析は次世代シーケンシング（NGS）により実施され、主にコード領域とスプライス接合部の検査を目的として設計されています。次世代シーケンシング技術と当院のバイオインフォマティクス分析により、偽遺伝子配列やその他の高度に相同な配列の寄与は大幅に減少しますが、これらは配列決定および欠失/重複分析の両方において病原性変異体対立遺伝子を同定するアッセイの技術的能力を時に妨げる可能性があります。
低品質スコアの変異確認および被覆標準を満たすためにサンガー配列決定が使用されます。欠失/重複分析は、１つの完全な遺伝子および複数の連続するエキソンサイズのゲノム領域の変化を同定できます。単一エキソンの欠失または重複が時に同定される場合がありますが、この検査では日常的に検出されません。同定された推定欠失または重複は、直交法（qPCRまたはMLPA）により確認されます。
この検査では、疾患を引き起こす可能性がある特定のタイプのゲノム変化は検出されません。これには、大きな構造異常（転座や逆位）、反復伸長（三塩基反復やヘキサ塩基反復：ハンチントン病、脆弱X症候群など）、ほとんどの調節領域（プロモーター領域）または深部イントロン領域（エキソンから20bp以上）の変化、ミトコンドリアDNA変異（WESの場合）が含まれますが、これらに限定されません。
この検査は体細胞モザイクまたは体細胞変異の検出を目的として設計または検証されていません。モザイクの程度が低い場合、検出されない可能性があります。
※WES/WGSでも、約60〜75％の「診断がつかない」症例では原因が特定できません。検査で病原性変異が検出されなくても、疾患を完全に否定することはできません。原因が特定できない理由として、未知の遺伝子の関与、複数の遺伝子の相互作用、環境要因、検査技術の限界などが考えられます。ただし、将来的な再解析により診断が確定する可能性があります。
結果が出るまでの期間
WES（全エクソーム解析）：6～8週間
WGS（全ゲノム解析）：8～12週間
※至急オプションを利用すると、結果が出るまでの期間が約7日短くなります。
料金
WES（全エクソーム解析）：税込み275,000円
WGS（全ゲノム解析）：税込み385,000円
遺伝カウンセリング料金は別途30分16,500円（税込）
※トリオ解析（お子さん＋ご両親3名）をご希望の場合は、別途お問い合わせください。
よくあるご質問
- どのような場合に検査を受けるべきですか？
- 生まれてからずっと何かおかしい、複数の病院を受診したが診断がつかない、いろいろな検査を受けても「原因不明」と言われる場合に、遺伝子検査をお勧めします。特に、複数の症状が組み合わさっている、顔貌の特徴や身体奇形を伴う、けいれん発作を伴う場合は、遺伝子検査により診断がつく可能性が高くなります。
- 検査はどのように行いますか？
- 血液採取（4ml×2本）または唾液・頬粘膜スワブで検査可能です。唾液や頬粘膜の場合はオンライン診療も可能で、遠方の方でもクリニックにお越しいただかずに検査を受けられます。
- トリオ解析とシングルトン解析の違いは何ですか？
- トリオ解析は、お子さんとご両親の3人同時に検査を行う方法です。ご両親のDNAと比較することで、新生突然変異（de novo変異）の検出が容易になり、診断率が大幅に向上します（25〜37％）。シングルトン解析は、お子さんのみの検査で、診断率は15〜25％程度です。診断率を高めるため、可能な限りトリオ解析をお勧めします。
- 大学病院のIRUD（未診断疾患イニシアチブ）との違いは何ですか？
- IRUDは研究として無料でWES/WGS検査を実施していますが、結果が出るまで約2年かかります。また、紹介状が必要で、研究枠が埋まっている場合は検査を受けられません。当院では、6〜8週間（WES）または8〜12週間（WGS）で結果をお届けします。「診断がつかない」期間を最小限に抑え、早期に適切な治療・療育につなげることができます。
- 検査で必ず診断がつきますか？
- WES/WGSでも、約60〜75％の症例では原因が特定できません。これは、未知の遺伝子の関与、複数の遺伝子の相互作用、環境要因、検査技術の限界などが理由です。ただし、遺伝子研究は日々進歩しており、将来的な再解析により診断が確定する可能性があります。また、診断がつかない場合でも、臨床症状に基づいた適切な療育・支援を受けることが重要です。
- WESとWGSのどちらを選べばいいですか？
- 多くの場合、まずWESから開始することをお勧めします。WESはコストパフォーマンスに優れ、既知の疾患原因変異の約85％を検出できます。WESで診断がつかない場合、より包括的なWGSへの移行を検討します。医師と相談の上、お子さんの症状や検査歴に応じて最適な検査を選択します。
- 保険は適用されますか？
- 当検査は自費診療となり、保険適用外です。費用はWESが税込み275,000円、WGSが税込み385,000円、別途遺伝カウンセリング料金（30分16,500円）が必要です。
- 結果はどのように説明されますか？
- 検査結果は臨床遺伝専門医による遺伝カウンセリングにて詳しくご説明いたします。結果の意味、今後の対応、ご家族への影響、治療・管理の選択肢などについて、専門的な観点から分かりやすくお伝えします。診断がついた場合は、疾患特異的な情報提供や患者会へのご紹介も行います。
- 診断がついた場合、治療できますか？
- 原因遺伝子によっては、特異的な治療が可能な場合があります。例えば、先天性代謝異常症では食事療法や薬物療法により症状をコントロールできます。根本的な治療が難しい場合でも、診断確定により、合併症の早期発見・予防、適切な療育プログラムの立案、教育支援の最適化、患者会へのアクセスなど、多くのメリットが得られます。
- 次の子どもへの影響はありますか？
- 遺伝形式によって次子への影響が異なります。常染色体優性遺伝の場合は次子が発症する確率は50％（新生突然変異の場合を除く）、常染色体劣性遺伝の場合は保因者同士のカップルで次子が発症する確率は25％です。X連鎖遺伝の場合は、男児が発症するリスクが高くなります。検査結果により、出生前診断や着床前診断など、将来の家族計画についてもご相談いただけます。
- 診断がつかなかった場合、将来再検査できますか？
- はい、可能です。WES/WGSで得られたデータは保存されます。将来新しい疾患原因遺伝子が発見された際に、保存されたデータを再解析することで、診断が確定する可能性があります。実際に、国内の研究では再解析により約10〜20％で新たに診断が確定したと報告されています。
- 検査を受けるべきか迷っています
- 遺伝子検査を受けるかどうかは、ご家族にとって大きな決断です。当院では、まず遺伝カウンセリングにて、検査のメリット・デメリット、結果の解釈、ご家族への影響などを十分にご説明いたします。その上で、検査を受けるかどうかをゆっくりご検討いただけます。無理に検査を勧めることはありませんので、ご安心ください。
