重症複合免疫不全症（SCID）NGS遺伝子検査パネル｜ミネルバクリニック

ACD, ADA, AK2, ATM, B2M, BCL11B, BLM, CARD11, CD247, CD27, CD3D, CD3E, CD3G, CD40, CD40LG, CD8A, CHD7, CIITA, CORO1A, CTC1, CTPS1, DCLRE1C, DKC1, DNMT3B, DOCK2, DOCK8, EPG5, FOXN1, ICOS, IFNGR1, IKBKB, IL12RB1, IL21R, IL2RA, IL2RG, IL7R, IRF8, ITGB2, ITK, JAK3, LAT, LCK, LIG4, LRBA, MAGT1, MALT1, MAP3K14, MSN, NBN, NFKBIA, NHEJ1, NHP2, ORAI1, PARN, PGM3, PIK3CD, PIK3R1, PMS2, PNP, POLE, PRKDC, PTPRC, RAC2, RAG1, RAG2, RFX5, RFXANK, RFXAP, RMRP, RTEL1, SH2D1A, SMARCAL1, SP110, SPINK5, STAT1, STAT3, STAT5B, STIM1, STK4, TAP1, TAP2, TBX1, TCN2, TERC, TERT, TINF2, TTC7A, TYK2, WAS, ZAP70, ZBTB24 ( 91遺伝子 )

各遺伝子の詳細：

【主要なSCID原因遺伝子】

・IL2RG遺伝子：
インターロイキン2受容体の共通γ鎖をコードする遺伝子。X連鎖型SCIDの原因で、全SCIDの約半数を占める最も頻度の高い病型です。少なくとも6種類のサイトカイン受容体の成分であり、T細胞とNK細胞が欠損します（T- B+ NK-）。

・ADA遺伝子：
アデノシンデアミナーゼをコードする遺伝子。2番目に頻度が高い病型で、B細胞、T細胞、NK細胞の前駆細胞にアポトーシスをもたらします（T- B- NK-）。骨異常を伴うことがあり、酵素補充療法が可能です。

・JAK3遺伝子：
Janus kinase 3をコードする遺伝子。IL-2受容体シグナル伝達に関与し、常染色体劣性遺伝形式をとります。

・RAG1/RAG2遺伝子：
V(D)J組換えに関与する遺伝子。オーメン症候群（atypical SCIDまたはleaky SCID）の原因となることがあります（T- B- NK+）。

・DCLRE1C遺伝子：
Artemisをコードする遺伝子。Artemis欠損SCIDの原因で、主にアパッチ族またはナバホの子孫の小児に発生します。

・IL7R遺伝子：
インターロイキン7受容体をコードする遺伝子。T細胞の発生に重要です。

・PTPRC（CD45）遺伝子：
protein tyrosine phosphatase, receptor type, Cをコードする遺伝子。リンパ球の活性化に関与します。

・AK2遺伝子：
アデニル酸キナーゼ2をコードする遺伝子。ミトコンドリアの機能に関与します。

【T細胞受容体シグナル伝達関連遺伝子】

・CD3D/CD3E/CD3G遺伝子：
T細胞受容体複合体のCD3分子をコードする遺伝子群。T細胞の活性化に必須です。

・CD247遺伝子：
CD3ζ鎖をコードする遺伝子。T細胞受容体シグナル伝達に関与します。

・LCK遺伝子：
リンパ球特異的チロシンキナーゼをコードする遺伝子。T細胞受容体シグナル伝達の初期段階に重要です。

・ZAP70遺伝子：
ζ鎖結合タンパク質チロシンキナーゼをコードする遺伝子。T細胞受容体シグナル伝達に重要です。

・LAT遺伝子：
リンカー・フォー・アクティベーション・オブ・T細胞をコードする遺伝子。T細胞活性化のアダプター分子です。

【その他の免疫関連遺伝子】

・FOXN1遺伝子：
胸腺上皮細胞の分化に重要な転写因子をコードする遺伝子。胸腺低形成を引き起こします。

・PNP遺伝子：
プリンヌクレオシドホスホリラーゼをコードする遺伝子。T細胞に毒性のある代謝産物の蓄積を引き起こします。

・PRKDC遺伝子：
DNA依存性プロテインキナーゼをコードする遺伝子。V(D)J組換えに関与します。

・LIG4遺伝子：
DNAリガーゼIVをコードする遺伝子。V(D)J組換えに必要です。

・NHEJ1遺伝子：
非相同末端結合因子1をコードする遺伝子。DNA修復に関与します。

・その他の遺伝子：
ATM, B2M, BCL11B, BLM, CARD11, CD27, CD40, CD40LG, CD8A, CHD7, CIITA, CORO1A, CTC1, CTPS1, DKC1, DNMT3B, DOCK2, DOCK8, EPG5, ICOS, IFNGR1, IKBKB, IL12RB1, IL21R, IL2RA, IRF8, ITGB2, ITK, LRBA, MAGT1, MALT1, MAP3K14, MSN, NBN, NFKBIA, NHP2, ORAI1, PARN, PGM3, PIK3CD, PIK3R1, PMS2, POLE, RAC2, RFX5, RFXANK, RFXAP, RMRP, RTEL1, SH2D1A, SMARCAL1, SP110, SPINK5, STAT1, STAT3, STAT5B, STIM1, STK4, TAP1, TAP2, TBX1, TCN2, TERC, TERT, TINF2, TTC7A, TYK2, WAS, ZBTB24など、免疫系の発生、機能、調節に関与する多数の遺伝子が含まれます。

すべての配列決定技術には限界があります。この分析は次世代シーケンシング（NGS）により実施され、コード領域とスプライス接合部の検査を目的として設計されています。次世代シーケンシング技術と当院のバイオインフォマティクス分析により、偽遺伝子配列やその他の高度に相同な配列の寄与は大幅に減少しますが、これらは配列決定および欠失/重複分析の両方において病原性変異体対立遺伝子を同定するアッセイの技術的能力を時に妨げる可能性があります。

低品質スコアの変異確認および被覆標準を満たすためにサンガー配列決定が使用されます。注文された場合、欠失/重複分析は、１つの完全な遺伝子（頬粘膜スワブ検体および全血検体）および2つ以上の連続するエキソンサイズ（全血検体のみ）のゲノム領域の変化を同定できます。単一エキソンの欠失または重複が時に同定される場合がありますが、この検査では日常的に検出されません。同定された推定欠失または重複は、直交法（qPCRまたはMLPA）により確認されます。

この検査では、疾患を引き起こす可能性がある特定のタイプのゲノム変化は検出されません。これには、転座や逆位、反復伸長（例：三塩基またはヘキサ塩基）、ほとんどの調節領域（プロモーター領域）または深部イントロン領域（エキソンから20bp以上）の変化が含まれますが、これらに限定されません。この検査は体細胞モザイクまたは体細胞変異の検出を目的として設計または検証されていません。

※CD40LG遺伝子の現在の検査方法では、三塩基反復伸長は評価しません。

※この検査パネルでは、91の原因遺伝子を対象としています。検査で病原性変異が検出されなくても、疾患を完全に否定することはできません。また、今後新たな原因遺伝子が同定される可能性があります。