網膜症・視神経萎縮遺伝子パネル検査｜ミネルバクリニック

ABCA4, ABCC6, ABHD12, ACBD5, ACO2, ADAM9, ADAMTS18, ADGRV1, AFG3L2, AGBL5, AHR, AIPL1, ALMS1, ALPK1, AMACR, ARHGEF18, ARL2BP, ARL3, ARL6, ATF6, ATOH7, BBIP1, BBS1, BBS10, BBS12, BBS2, BBS4, BBS5, BBS7, BBS9, BCOR, BEST1, BTK, C12orf65, C1QTNF5, C21orf2, C2orf71, C8orf37, CA2, CA4, CABP4, CACNA1F, CACNA2D4, CAPN5, CDH23, CDH3, CDHR1, CEP250, CEP290, CERKL, CFH, CHM, CIB2, CISD2, CLCC1, CLN3, CLN5, CLN6, CLN8, CLRN1, CNGA1, CNGA3, CNGB1, CNGB3, CNNM4, COL11A1, COL18A1, COL2A1, COL9A1, COL9A2, CRB1, CRX, CTC1, CTNNA1, CTNNB1, CTSD, CTSF, CWC27, CYP1B1, CYP4V2, DGKQ, DHDDS, DHX38, DNAJC30, DNAJC5, DNM1L, DRAM2, DTHD1, EFEMP1, ELOVL4, EMC1, EXOSC2, EYS, FAM161A, FDX2, FDXR, FLVCR1, FOXC1, FSCN2, FZD4, GDF6, GNAT1, GNAT2, GNB3, GPR179, GRK1, GRM6, GRN, GUCA1A, GUCA1B, GUCY2D, HARS, HCN1, HGSNAT, HK1, HMCN1, HMX1, IDH3A, IDH3B, IFT140, IFT172, IFT27, IFT43, IFT81, IMPDH1, IMPG1, IMPG2, INPP5E, IQCB1, ISPD, ITM2B, KCNJ13, KCNV2, KCTD7, KIAA1549, KIF11, KIZ, KLC2, KLHL7, LAMA1, LCA5, LRAT, LRIT3, LRP5, LZTFL1, MAK, MECR, MERTK, MFN2, MFRP, MFSD8, MKKS, MKS1, MMACHC, MYO7A, MYOC, NDP, NEK2, NEUROD1, NMNAT1, NPHP1, NPHP4, NR2E3, NR2F1, NRL, NYX, OAT, OFD1, OPA1, OPA3, OPTN, OR2W3, OTX2, P3H2, PANK2, PAX2, PAX6, PCDH15, PDE6A, PDE6B, PDE6C, PDE6G, PDE6H, PDSS1, PDZD7, PEX7, PGK1, PHYH, PITPNM3, PITX2, PLA2G5, PLK4, PNPLA6, POC1B, POMGNT1, PPT1, PRCD, PROM1, PRPF3, PRPF31, PRPF4, PRPF6, PRPF8, PRPH2, PRPS1, RAB28, RAX2, RB1, RBP3, RBP4, RCBTB1, RD3, RDH11, RDH12, RDH5, REEP6, RGR, RGS9, RGS9BP, RHO, RIMS1, RLBP1, ROM1, RP1, RP1L1, RP2, RP9, RPE65, RPGR, RPGRIP1, RS1, RTN4IP1, SAG, SCAPER, SDCCAG8, SEMA4A, SIX6, SLC24A1, SLC25A46, SLC4A7, SLC7A14, SNF8, SNRNP200, SOX2, SPATA7, SPP2, SSBP1, TCTN3, TEAD1, TIMM8A, TIMP3, TMEM126A, TMEM216, TOPORS, TPP1, TRIM32, TRNT1, TRPM1, TSPAN12, TTC21B, TTC8, TTLL5, TTPA, TUB, TUBGCP4, TUBGCP6, TULP1, UNC119, USH1C, USH1G, USH2A, VCAN, VSX2, WDPCP, WDR19, WHRN, ZNF408, ZNF513 ( 278 遺伝子 )

主要遺伝子の詳細：

網膜色素変性症関連遺伝子

・EYS遺伝子：
日本人患者で最も頻度が高い常染色体劣性遺伝の原因遺伝子。光受容体の構造維持に関与するタンパク質をコードします。

・RHO遺伝子：
ロドプシンをコードする遺伝子。常染色体優性遺伝形式で、欧米では最も頻度が高い原因遺伝子です。杆体細胞の光受容体タンパク質として機能します。

・RPGR遺伝子：
網膜色素変性症GTPase調節因子をコードする遺伝子。X連鎖遺伝形式で、X連鎖型網膜色素変性症の約70％を占めます。ORF15領域の変異が多いことが知られています。

・RP2遺伝子：
X連鎖型網膜色素変性症の約20％を占める遺伝子。小胞輸送に関与するタンパク質をコードします。

・PDE6A、PDE6B遺伝子：
杆体cGMP-フォスフォジエステラーゼのαサブユニットとβサブユニットをコードする遺伝子。常染色体劣性遺伝形式で、視覚サイクルにおいて重要な役割を果たします。

・GUCY2D遺伝子：
網膜グアニルシクラーゼをコードする遺伝子。常染色体劣性遺伝または優性遺伝形式で、レーベル先天黒内障の原因遺伝子でもあります。

・RPE65遺伝子：
網膜色素上皮特異的65kDaタンパク質をコードする遺伝子。常染色体劣性遺伝形式で、視覚サイクルに必須の酵素です。この遺伝子変異が確認された場合、遺伝子治療（ボレチゲン ネパルボベク）の適応となる可能性があります。

・PRPH2（RDS）遺伝子：
ペリフェリンをコードする遺伝子。常染色体優性遺伝形式で、光受容体外節の構造維持に関与します。

・USH2A遺伝子：
アッシャリンをコードする遺伝子。常染色体劣性遺伝形式で、アッシャー症候群2型（網膜色素変性症+難聴）の原因遺伝子です。

視神経萎縮関連遺伝子

・OPA1遺伝子：
優性遺伝性視神経萎縮の最も頻度が高い原因遺伝子。ミトコンドリアのダイナミクス（融合と分裂）に関与するGTPaseをコードします。小児期から緩徐に進行する両眼性視力低下を特徴とします。

・OPA3遺伝子：
ミトコンドリア内膜タンパク質をコードする遺伝子。優性遺伝性視神経萎縮の原因となります。

その他の重要遺伝子

・ABCA4遺伝子：
ATP結合カセットトランスポーターA4をコードする遺伝子。スターガルト病（若年黄斑変性）の主要原因遺伝子であり、錐体杆体ジストロフィの原因にもなります。

・CEP290遺伝子：
レーベル先天黒内障の主要原因遺伝子の一つ。セントロソームタンパク質290をコードし、繊毛の機能に関与します。

・CHM遺伝子：
脈絡膜欠損症（choroideremia）の原因遺伝子。X連鎖遺伝形式で、進行性の脈絡膜・網膜色素上皮・光受容体の変性を引き起こします。

・RS1遺伝子：
X連鎖若年網膜分離症の原因遺伝子。レチノスキシンをコードし、網膜の層構造維持に関与します。

・BBS1～BBS12遺伝子：
バルデー・ビードル症候群の原因遺伝子群。網膜色素変性症に多指症、肥満、腎臓異常などを伴います。

・BEST1遺伝子：
ベスト病（卵黄様黄斑ジストロフィ）の原因遺伝子。ベストロフィン1をコードし、網膜色素上皮の塩化物イオンチャネルとして機能します。

※RPGRのORF15領域について：本検査はRPGR遺伝子の重要なORF15領域の大部分を検出可能ですが、この領域の複雑性により、一部の領域（chrX(GRCh37):38144792-38146498）では変異を完全に検出できない場合があります。

すべての配列決定技術には限界があります。この分析は次世代シーケンシング（NGS）により実施され、コード領域とスプライス接合部の検査を目的として設計されています。次世代シーケンシング技術と当院のバイオインフォマティクス分析により、偽遺伝子配列やその他の高度に相同な配列の寄与は大幅に減少しますが、これらは配列決定および欠失/重複分析の両方において病原性変異体対立遺伝子を同定するアッセイの技術的能力を時に妨げる可能性があります。

低品質スコアの変異確認および被覆標準を満たすためにサンガー配列決定が使用されます。注文された場合、欠失/重複分析は、１つの完全な遺伝子（頬粘膜スワブ検体および全血検体）および2つ以上の連続するエキソンサイズ（全血検体のみ）のゲノム領域の変化を同定できます。単一エキソンの欠失または重複が時に同定される場合がありますが、この検査では日常的に検出されません。同定された推定欠失または重複は、直交法（qPCRまたはMLPA）により確認されます。

この検査では、疾患を引き起こす可能性がある特定のタイプのゲノム変化は検出されません。これには、転座や逆位、反復伸長（例：三塩基またはヘキサ塩基）、ほとんどの調節領域（プロモーター領域）または深部イントロン領域（エキソンから20bp以上）の変化が含まれますが、これらに限定されません。この検査は体細胞モザイクまたは体細胞変異の検出を目的として設計または検証されていません。

RPGR遺伝子に関する特記事項：本検査はRPGR遺伝子の重要な「ORF15」領域の大部分の病的変異を検出可能です（NM_001034853.1）。しかし、この領域の複雑性により、現在利用可能な検査技術では、この領域の一部（chrX(GRCh37):38144792-38146498）における変異を完全に検出できません。

※レーベル遺伝性視神経症のミトコンドリアDNA変異（11778、14484、3460など）の検出には、通常のNGSパネル検査とは別の専用検査が推奨される場合があります。ミトコンドリア遺伝子の詳細な検査をご希望の場合は、遺伝カウンセリング時にご相談ください。

※この検査パネルでは、278の原因遺伝子を対象としていますが、すべての遺伝性網膜症・視神経萎縮症の原因遺伝子を網羅しているわけではありません。検査で病原性変異が検出されなくても、疾患を完全に否定することはできません。