原発性低身長症NGS遺伝子パネル検査｜ミネルバクリニック

ATR, CCDC8, CDC45, CDC6, CDT1, CENPJ, CEP152, CEP63, CUL7, DNA2, DNMT3A, GMNN, LARP7, LIG4, NIN, OBSL1, ORC1, ORC4, ORC6, PCNT, PLK4, POC1A, RBBP8, RNU4ATAC, TRAIP, TRIM37 ( 26遺伝子 )

各遺伝子の詳細：
・ATR遺伝子：
ATR（ataxia telangiectasia and Rad3-related）セリン/トレオニンキナーゼをコードする遺伝子。DNA損傷応答とチェックポイント制御に重要な役割を果たします。セッケル症候群1型の原因遺伝子です。

・CCDC8遺伝子：
Coiled-coilドメイン含有タンパク質8をコードする遺伝子。3-M症候群の原因遺伝子の一つで、均整のとれた重度の低身長を呈します。

・CDC45遺伝子：
細胞分裂周期45（cell division cycle 45）タンパク質をコードする遺伝子。DNA複製の開始に必須です。マイヤー・ゴーリン症候群7型の原因遺伝子で、頭蓋骨縫合早期癒合症を伴うことがあります。

・CDC6遺伝子：
細胞分裂周期6タンパク質をコードする遺伝子。DNA複製ライセンシングの複製前複合体の構成要素です。マイヤー・ゴーリン症候群5型の原因遺伝子です。

・CDT1遺伝子：
クロマチンライセンシングおよびDNA複製因子1をコードする遺伝子。DNA複製ライセンシングに重要です。マイヤー・ゴーリン症候群4型の原因遺伝子です。

・CENPJ遺伝子：
中心体タンパク質Jをコードする遺伝子。中心体の形成と機能に関与します。セッケル症候群4型および原発性小頭症の原因遺伝子です。

・CEP152遺伝子：
中心体タンパク質152をコードする遺伝子。中心体の複製に重要な役割を果たします。セッケル症候群5型の原因遺伝子です。

・CEP63遺伝子：
中心体タンパク質63をコードする遺伝子。中心体の形成に関与します。セッケル症候群6型の原因遺伝子です。

・CUL7遺伝子：
カリン7をコードする遺伝子。ユビキチンリガーゼ複合体の構成要素です。3-M症候群の最も一般的な原因遺伝子で、均整のとれた重度の低身長を呈します。

・DNA2遺伝子：
DNA複製ヘリカーゼ/ヌクレアーゼ2をコードする遺伝子。DNA複製と修復に関与します。セッケル症候群8型の原因遺伝子です。

・DNMT3A遺伝子：
DNAメチルトランスフェラーゼ3αをコードする遺伝子。DNAメチル化に関与し、成長と発達に影響を与えます。低身長と関連しています。

・GMNN遺伝子：
ゲミニン（geminin）をコードする遺伝子。DNA複製ライセンシングの負の制御因子です。マイヤー・ゴーリン症候群6型の原因遺伝子で、常染色体優性遺伝形式をとります（他のマイヤー・ゴーリン症候群は劣性遺伝）。

・LARP7遺伝子：
La-related protein 7をコードする遺伝子。転写制御に関与します。原発性低身長症と関連しています。

・LIG4遺伝子：
DNAリガーゼIVをコードする遺伝子。DNA二重鎖切断の修復に必須です。LIG4症候群（低身長、小頭症、免疫不全、悪性腫瘍感受性を特徴とする）の原因遺伝子です。

・NIN遺伝子：
ニニン（ninein）をコードする遺伝子。中心体の機能に関与します。セッケル症候群7型の原因遺伝子です。

・OBSL1遺伝子：
オブスキュリン様タンパク質1をコードする遺伝子。3-M症候群の原因遺伝子の一つです。

・ORC1遺伝子：
起点認識複合体（origin recognition complex）サブユニット1をコードする遺伝子。DNA複製の起点認識に重要です。マイヤー・ゴーリン症候群1型の原因遺伝子です。

・ORC4遺伝子：
起点認識複合体サブユニット4をコードする遺伝子。DNA複製ライセンシングに関与します。マイヤー・ゴーリン症候群2型の原因遺伝子です。

・ORC6遺伝子：
起点認識複合体サブユニット6をコードする遺伝子。DNA複製の開始に関与します。マイヤー・ゴーリン症候群3型の原因遺伝子です。

・PCNT遺伝子：
ペリセントリン（pericentrin）をコードする遺伝子。中心体の構造タンパク質で、細胞分裂、染色体分離、細胞周期制御に重要な役割を果たします。小頭性骨異形成性原発性低身長症II型（MOPD II型）のほぼすべての症例の原因遺伝子です。一部のセッケル症候群の原因にもなります。

・PLK4遺伝子：
ポロ様キナーゼ4をコードする遺伝子。中心体の複製を制御します。MOPD II型の稀な原因遺伝子です。

・POC1A遺伝子：
POC1中心体タンパク質Aをコードする遺伝子。中心体の構造維持に関与します。MOPD II型の稀な原因遺伝子です。

・RBBP8遺伝子：
RB結合タンパク質8（CtIP）をコードする遺伝子。DNA二重鎖切断の修復に関与します。セッケル症候群2型の原因遺伝子です。

・RNU4ATAC遺伝子：
U4atac小核RNA遺伝子。マイナースプライシング機構の構成要素です。小頭性骨異形成性原発性低身長症I型/III型（MOPD I/III型、Taybi-Linder症候群）のほとんどの症例の原因遺伝子です。

・TRAIP遺伝子：
TRAF相互作用タンパク質をコードする遺伝子。DNA損傷応答とDNA複製ストレス応答に関与します。セッケル症候群9型の原因遺伝子です。

・TRIM37遺伝子：
トリパルタイトモチーフ含有タンパク質37をコードする遺伝子。ユビキチンリガーゼ活性を持ちます。マルフォクシ型低身長症（Mulibrey nanism）の原因遺伝子で、低身長、心膜の線維化、特徴的な顔貌を呈します。

すべての配列決定技術には限界があります。この分析は次世代シーケンシング（NGS）により実施され、コード領域とスプライス接合部の検査を目的として設計されています。次世代シーケンシング技術と当院のバイオインフォマティクス分析により、偽遺伝子配列やその他の高度に相同な配列の寄与は大幅に減少しますが、これらは配列決定および欠失/重複分析の両方において病原性変異体対立遺伝子を同定するアッセイの技術的能力を時に妨げる可能性があります。

低品質スコアの変異確認および被覆標準を満たすためにサンガー配列決定が使用されます。注文された場合、欠失/重複分析は、１つの完全な遺伝子（頬粘膜スワブ検体および全血検体）および2つ以上の連続するエキソンサイズ（全血検体のみ）のゲノム領域の変化を同定できます。単一エキソンの欠失または重複が時に同定される場合がありますが、この検査では日常的に検出されません。同定された推定欠失または重複は、直交法（qPCRまたはMLPA）により確認されます。

この検査では、疾患を引き起こす可能性がある特定のタイプのゲノム変化は検出されません。これには、転座や逆位、反復伸長（例：三塩基またはヘキサ塩基）、ほとんどの調節領域（プロモーター領域）または深部イントロン領域（エキソンから20bp以上）の変化が含まれますが、これらに限定されません。この検査は体細胞モザイクまたは体細胞変異の検出を目的として設計または検証されていません。

※この検査パネルでは、26の原因遺伝子のみを対象としています。原発性低身長症は遺伝学的に非常に多様で、まだ同定されていない原因遺伝子も存在する可能性があります。検査で病原性変異が検出されなくても、疾患を完全に否定することはできません。