原発性線毛機能不全症候群（PCD）NGS遺伝子パネル検査｜ミネルバクリニック

ARMC4, CCDC103, CCDC114, CCDC151, CCDC39, CCDC40, CCDC65, CCNO, CENPF, CFAP221, CFAP298, CFAP300, CFTR, DNAAF1, DNAAF2, DNAAF3, DNAAF4, DNAAF5, DNAH1, DNAH11, DNAH5, DNAH8, DNAH9, DNAI1, DNAI2, DNAJB13, DNAL1, DRC1, FOXJ1, GAS2L2, GAS8, HYDIN, INVS, LRRC56, LRRC6, MCIDAS, NME8, OFD1, PIH1D3, RPGR, RSPH1, RSPH3, RSPH4A, RSPH9, SPAG1, SPEF2, STK36, TTC25, ZMYND10 ( 49遺伝子 )

主要遺伝子の詳細：

・DNAH5遺伝子：
外側ダイニン腕の重鎖をコードする遺伝子。PCD患者さんの約15～20％で変異が認められる最も頻度の高い原因遺伝子の一つです。常染色体劣性遺伝形式をとり、外側ダイニン腕の完全欠損を引き起こします。

・DNAI1遺伝子：
外側ダイニン腕の中間鎖をコードする遺伝子。DNAH5に次いで頻度の高い原因遺伝子で、常染色体劣性遺伝形式をとります。外側ダイニン腕の欠損を引き起こします。

・DNAH11遺伝子：
内側ダイニン腕の重鎖をコードする遺伝子。常染色体劣性遺伝形式で、電子顕微鏡では正常に見える線毛構造を呈することが特徴的です。診断が困難な症例の原因となります。

・CCDC39、CCDC40遺伝子：
線毛軸索の構造維持に関与する遺伝子。常染色体劣性遺伝形式で、内側ダイニン腕と放射スポークの欠損を引き起こします。気道症状が重症化しやすいことが知られています。

・RSPH9、RSPH4A、RSPH1遺伝子：
放射スポーク頭部をコードする遺伝子。常染色体劣性遺伝形式で、中心装置の異常を引き起こします。内臓逆位の頻度が低いことが特徴です。

・DNAAF1（LRRC50）、DNAAF2（KTU）、DNAAF3、DNAAF4、DNAAF5遺伝子：
線毛の組立や輸送に関与する遺伝子群。常染色体劣性遺伝形式で、外側・内側ダイニン腕の両方の欠損を引き起こします。

・CCNO遺伝子：
サイクリンO（Cyclin O）をコードし、線毛形成の初期段階に重要な役割を果たします。常染色体劣性遺伝形式で、線毛の数が著しく減少します。

・MCIDAS遺伝子：
多線毛細胞の分化に必須の転写因子をコードします。常染色体劣性遺伝形式で、線毛の減少または欠如を引き起こします。

・RPGR遺伝子：
X連鎖遺伝形式をとる遺伝子。網膜色素変性症とPCDの合併症の原因となります。主に男性が発症します。

・CFTR遺伝子：
嚢胞性線維症の原因遺伝子としても知られていますが、特定の変異ではPCD様の症状を呈することがあります。

・その他の遺伝子：
ARMC4、CCDC103、CCDC114、CCDC151、CCDC65、CENPF、CFAP221、CFAP298、CFAP300、DNAH1、DNAH8、DNAH9、DNAI2、DNAJB13、DNAL1、DRC1、FOXJ1、GAS2L2、GAS8、HYDIN、INVS、LRRC56、LRRC6、NME8、OFD1、PIH1D3、RSPH3、SPAG1、SPEF2、STK36、TTC25、ZMYND10など、線毛の様々な構造や機能に関与する遺伝子が含まれます。

※RPGR遺伝子については、ORF15領域と呼ばれる複雑な構造を持つ部分の病的変異の大部分を検出可能ですが、一部の領域（chrX(GRCh37):38144792-38146498）については完全に除外することはできません。

すべての配列決定技術には限界があります。この分析は次世代シーケンシング（NGS）により実施され、コード領域とスプライス接合部の検査を目的として設計されています。次世代シーケンシング技術と当院のバイオインフォマティクス分析により、偽遺伝子配列やその他の高度に相同な配列の寄与は大幅に減少しますが、これらは配列決定および欠失/重複分析の両方において病原性変異体対立遺伝子を同定するアッセイの技術的能力を時に妨げる可能性があります。

低品質スコアの変異確認および被覆標準を満たすためにサンガー配列決定が使用されます。注文された場合、欠失/重複分析は、１つの完全な遺伝子（頬粘膜スワブ検体および全血検体）および2つ以上の連続するエキソンサイズ（全血検体のみ）のゲノム領域の変化を同定できます。単一エキソンの欠失または重複が時に同定される場合がありますが、この検査では日常的に検出されません。同定された推定欠失または重複は、直交法（qPCRまたはMLPA）により確認されます。

この検査では、疾患を引き起こす可能性がある特定のタイプのゲノム変化は検出されません。これには、転座や逆位、反復伸長（例：三塩基またはヘキサ塩基）、ほとんどの調節領域（プロモーター領域）または深部イントロン領域（エキソンから20bp以上）の変化が含まれますが、これらに限定されません。この検査は体細胞モザイクまたは体細胞変異の検出を目的として設計または検証されていません。

遺伝子特異的な留意点：
RPGR遺伝子：この検査はRPGR遺伝子の重要な「ORF15」領域（NM_001034853.1）における大部分の病原性変異を検出することができます。しかし、この遺伝子座の複雑性により、現在利用可能な検査では、この領域の一部（chrX(GRCh37):38144792-38146498）における変異の存在を完全に除外することはできません。

※この検査パネルでは、49の原因遺伝子のみを対象としています。線毛を構成するタンパク質は約250種類あり、まだ同定されていない原因遺伝子も多数存在すると考えられています。検査で病原性変異が検出されなくても、疾患を完全に否定することはできません。臨床症状、鼻腔内一酸化窒素測定、線毛運動解析、電子顕微鏡検査などの総合的な評価が重要です。