橋小脳低形成症NGS遺伝子パネル検査｜ミネルバクリニック

CASK, EXOSC3, OPHN1, RARS2, SEPSECS, TSEN2, TSEN34, TSEN54, VRK1 ( 9遺伝子 )

各遺伝子の詳細：
・CASK遺伝子：
カルシウム/カルモジュリン依存性セリンプロテインキナーゼをコードするX連鎖遺伝子。シナプス形成とシグナル伝達に関与します。変異により、小頭症、橋小脳低形成、視神経萎縮を特徴とするX連鎖型MICPCH（microcephaly with pontocerebellar hypoplasia）を引き起こします。主に女性に発症します。

・EXOSC3遺伝子：
エキソソーム複合体構成要素3をコードする遺伝子。PCH1型の主要な原因遺伝子です。RNA代謝に関与し、特に3’→5’方向のRNA分解に重要な役割を果たします。変異により、脊髄前角細胞の変性を伴う橋小脳低形成症を引き起こします。

・OPHN1遺伝子：
オリゴフレニン-1をコードするX連鎖遺伝子。Rhoファミリー低分子量GTPアーゼ活性化タンパク質で、樹状突起のスパイン形態とシナプス機能に関与します。変異により、X連鎖知的障害と橋小脳低形成を引き起こします。

・RARS2遺伝子：
ミトコンドリアアルギニルtRNA合成酵素をコードする遺伝子。PCH6型の原因遺伝子で、常染色体劣性遺伝形式をとります。ミトコンドリアタンパク質合成に関与し、変異によりミトコンドリア機能障害を伴う橋小脳低形成症を引き起こします。浮腫、肝障害などの全身症状を呈することがあります。

・SEPSECS遺伝子：
Sep（O-ホスホセリル）tRNA:Sec（セレノシステイン）tRNA合成酵素をコードする遺伝子。セレノシステインtRNAの成熟に関与します。変異により、PCH2様の表現型を示す橋小脳低形成症を引き起こします。

・TSEN2遺伝子：
tRNAスプライシングエンドヌクレアーゼ複合体サブユニット2をコードする遺伝子。PCH2型およびPCH4型の原因遺伝子の一つです。常染色体劣性遺伝形式で、tRNA成熟に必須の酵素複合体の構成要素です。

・TSEN34遺伝子：
tRNAスプライシングエンドヌクレアーゼ複合体サブユニット34をコードする遺伝子。PCH2型およびPCH4型の原因遺伝子の一つです。TSEN2と同様に、tRNA成熟に必須の酵素複合体の構成要素で、常染色体劣性遺伝形式をとります。

・TSEN54遺伝子：
tRNAスプライシングエンドヌクレアーゼ複合体サブユニット54をコードする遺伝子。PCH2型およびPCH4型の最も頻度の高い原因遺伝子です。tRNA成熟に必須の酵素複合体の構成要素で、常染色体劣性遺伝形式をとります。PCH4型では大脳皮質形成異常を伴うことがあります。

・VRK1遺伝子：
ワクシニアウイルス関連キナーゼ1をコードする遺伝子。PCH1型の原因遺伝子の一つで、常染色体劣性遺伝形式をとります。細胞周期の調節、ヒストンの修飾、神経細胞の増殖に関与するセリン・スレオニンタンパク質キナーゼを生成します。変異により、脊髄前角細胞の変性を伴う橋小脳低形成症を引き起こし、脊髄性筋萎縮症と類似した臨床像を示します。

すべての配列決定技術には限界があります。この分析は次世代シーケンシング（NGS）により実施され、コード領域とスプライス接合部の検査を目的として設計されています。次世代シーケンシング技術と当院のバイオインフォマティクス分析により、偽遺伝子配列やその他の高度に相同な配列の寄与は大幅に減少しますが、これらは配列決定および欠失/重複分析の両方において病原性変異体対立遺伝子を同定するアッセイの技術的能力を時に妨げる可能性があります。

低品質スコアの変異確認および被覆標準を満たすためにサンガー配列決定が使用されます。注文された場合、欠失/重複分析は、１つの完全な遺伝子（頬粘膜スワブ検体および全血検体）および2つ以上の連続するエキソンサイズ（全血検体のみ）のゲノム領域の変化を同定できます。単一エキソンの欠失または重複が時に同定される場合がありますが、この検査では日常的に検出されません。同定された推定欠失または重複は、直交法（qPCRまたはMLPA）により確認されます。

この検査では、疾患を引き起こす可能性がある特定のタイプのゲノム変化は検出されません。これには、転座や逆位、反復伸長（例：三塩基またはヘキサ塩基）、ほとんどの調節領域（プロモーター領域）または深部イントロン領域（エキソンから20bp以上）の変化が含まれますが、これらに限定されません。この検査は体細胞モザイクまたは体細胞変異の検出を目的として設計または検証されていません。

※この検査パネルでは、9つの原因遺伝子のみを対象としています。橋小脳低形成症には17以上のサブタイプが報告されており、この検査パネルに含まれない遺伝子変異による症例も存在します。検査で病原性変異が検出されなくても、疾患を完全に否定することはできません。