非免疫性胎児水腫包括的NGS遺伝子検査｜ミネルバクリニック

AARS2, ABCC6, ACAD9, ACE, ACTA1, ACTB, ACTC1, ACTG1, ACTN2, ADAMTS3, ADAR, AGGF1, AGT, AGTR1, AHCY, AIFM1, AKAP9, ALAS2, ALG1, ALG11, ALG12, ALG13, ALG2, ALG3, ALG6, ALG8, ALG9, ALPK3, ANK2, AP3B1, ARSB, ASAH1, ASCC1, ATP11C, ATP1A2, ATP5F1A, ATP6AP2, ATP6V0A2, AUH, B4GALT1, B9D1, B9D2, BICD2, BRAF, BSND, C12orf65, C15orf41, CACNA1C, CALCRL, CALM1, CALM2, CALM3, CANT1, CARS2, CASP10, CAV3, CBL, CC2D2A, CCBE1, CDAN1, CDC42, CEP290, CFL2, CHD2, CHD7, CHRM3, CHRNA1, CHRNB1, CHRND, CHRNG, CLCNKA, CLCNKB, CLN8, CNBP, CNTN1, COG1, COG2, COG4, COG5, COG6, COG7, COG8, COL10A1, COL11A1, COL1A1, COL1A2, COL2A1, CSRP3, CTSA, CYBB, CYP11A1, CYP21A2, DDOST, DHCR24, DHCR7, DHDDS, DMPK, DNAH9, DNAJC19, DOK7, DOLK, DPAGT1, DPM1, DPM2, DPM3, DTNA, DYNC1H1, DYNC2H1, EARS2, EBP, ELAC2, ENPP1, EPB41, EPHB4, ERBB3, ERCC1, ERCC2, ERCC5, ERCC6, ESCO2, EVC, EVC2, FARS2, FAS, FASLG, FASTKD2, FAT4, FGD1, FGFR3, FH, FHL1, FIG4, FKTN, FLNA, FLNB, FLNC, FLT4, FLVCR2, FOXC2, FOXP3, FRAS1, FREM2, FZD6, G6PD, GAA, GALC, GALNS, GALNT14, GATA1, GATA2, GATA4, GATA5, GBA, GBE1, GFM1, GFM2, GJC2, GLA, GLB1, GLDN, GLE1, GLMN, GLUL, GNE, GNPTAB, GPC3, GPC4, GPI, GRIN2B, GRIP1, GTPBP3, GUSB, GYPC, HADH, HADHA, HADHB, HBA1, HBA2, HBB, HBD, HDAC8, HGSNAT, HK1, HNF1B, HRAS, HSD17B4, HSPD1, HTRA2, HYAL1, IDS, IDUA, IFIH1, IFNG, IFT122, IFT140, IFT172, IFT43, IFT80, IKZF1, INPPL1, INVS, ITGA9, ITPR1, JPH2, KAT6B, KBTBD13, KCNE1, KCNE2, KCNH2, KCNJ1, KCNJ2, KCNJ5, KCNQ1, KCTD1, KDM6A, KIAA0586, KIAA1109, KIF23, KLF1, KLHL40, KLHL41, KMT2D, KRAS, KRIT1, LAMB2, LAMP2, LARS2, LBR, LDB3, LIPA, LMOD3, LYST, LZTR1, MACROD2, MAGT1, MAP2K1, MAP2K2, MAP3K8, MARS2, MED12, MED13L, MGAT2, MIB1, MID1, MKKS, MKS1, MMACHC, MOGS, MPDU1, MPI, MRAS, MRPL3, MRPL44, MRPS16, MRPS22, MTFMT, MTO1, MUSK, MVK, MYBPC3, MYH3, MYH6, MYH7, MYL2, MYL3, MYLK2, MYOM1, MYOZ2, MYPN, MYSM1, NAGLU, NARS2, NDUFB10, NEB, NEK1, NEK9, NEU1, NEXN, NF1, NF2, NIPBL, NKX2-1, NPC1, NPC2, NPHP3, NPHS1, NPL, NRAS, NSUN2, OFD1, OPA3, P4HB, PDGFB, PEX1, PEX10, PEX11B, PEX12, PEX13, PEX14, PEX16, PEX19, PEX2, PEX26, PEX3, PEX5, PEX6, PEX7, PGM1, PHGDH, PIEZO1, PIGA, PIGN, PIK3CA, PKD1L1, PKHD1, PKLR, PKP2, PLD1, PLN, PMM2, PNPT1, PPP1CB, PPP3CA, PRDM16, PRF1, PRKAG2, PRKCD, PSAT1, PTCH1, PTH1R, PTPN11, RAB27A, RAD21, RAF1, RAPSN, RARS2, RASA1, RASA2, RASGRP1, REN, RFT1, RGMA, RIPK4, RIT1, RMND1, RNASEH2A, RNASEH2B, RNASEH2C, RPGRIP1L, RPL11, RPL15, RPL26, RPL27, RPL35A, RPL5, RPS10, RPS17, RPS19, RPS24, RPS26, RPS29, RPS7, RRAS, RRAS2, RYR1, SAMHD1, SCN4B, SCN5A, SEC23B, SERAC1, SERPINA11, SF3B4, SGPL1, SGSH, SH2D1A, SHOC2, SLC12A1, SLC17A5, SLC22A5, SLC25A26, SLC26A2, SLC35A1, SLC35A2, SLC35C1, SLC35D1, SLC4A1, SLC6A9, SMAD6, SMARCB1, SMC1A, SMC3, SMN1, SMPD1, SNTA1, SOS1, SOS2, SOX18, SPRED1, SPTA1, SPTB, SRD5A3, SSR4, STAMBP, STAT3, STRA6, STT3A, STT3B, STX11, STXBP2, SUMF1, SYNE1, SYNGAP1, TAB2, TALDO1, TAPT1, TARS2, TAZ, TCAP, TCTN2, THSD1, TIMM50, TMEM165, TMEM216, TMEM231, TMEM67, TNNC1, TNNI3, TNNT1, TNNT2, TP63, TPM1, TPM2, TPM3, TREX1, TRIP11, TRNT1, TSC1, TSC2, TSFM, TTC21B, TTN, TUFM, TXN2, UNC13D, UROS, VARS2, VCL, WDR19, WDR34, WDR35, WDR60, WDR81, WNT7A, WT1, XIAP, XYLT1, ZEB2 ( 457遺伝子 )

主な遺伝子カテゴリー：

■ RASopathy関連遺伝子：
BRAF, CBL, HRAS, KRAS, LZTR1, MAP2K1, MAP2K2, MRAS, NF1, NF2, NRAS, PTPN11, RAF1, RIT1, RRAS, RRAS2, SHOC2, SOS1, SOS2, SPRED1など
これらの遺伝子はRAS/MAPK細胞内シグナル伝達経路に関与し、ヌーナン症候群、コステロ症候群、心顔皮膚症候群などのRASopathyを引き起こします。非免疫性胎児水腫の遺伝学的原因の約30％を占める最も頻度の高い原因です。

■ 先天性代謝異常関連遺伝子：
GAA, GBA, GALC, GALNS, GLA, GLB1, GUSB, HYAL1, IDS, IDUA, NAGLU, NEU1, SGSH, SMPD1（ライソゾーム病）
G6PD, GBE1, MVK, MMACHC（代謝異常）
ライソゾーム病やその他の代謝異常により、細胞内に異常物質が蓄積し、胎児水腫を引き起こすことがあります。

■ 筋骨格系疾患関連遺伝子：
ACTA1, ACTC1, ACTG1, MYBPC3, MYH3, MYH6, MYH7, NEB, RYR1, TNNT2, TTN（筋疾患）
COL1A1, COL1A2, COL2A1, COL10A1, COL11A1, FGFR3（骨格疾患）
先天性筋ジストロフィー、先天性ミオパチー、骨系統疾患などが原因となります。

■ リンパ管疾患関連遺伝子：
CCBE1, FLT4, FOXC2, GATA2, PIEZO1, PTPN14, SOX18など
リンパ管の発達異常や機能障害により、リンパ液の循環が妨げられます。

■ 心血管疾患関連遺伝子：
ACTC1, GATA4, GATA5, KCNH2, KCNQ1, MYH6, MYH7, MYBPC3, NKX2-1, SCN5A, TNNT2など
先天性心疾患、心筋症、不整脈などが原因となります。

■ 血液疾患関連遺伝子：
HBA1, HBA2, HBB, HBD（α-サラセミア、β-サラセミア）
EPB41, SPTA1, SPTB（遺伝性球状赤血球症）
RPL5, RPL11, RPS19など（ダイアモンド・ブラックファン貧血）
重度の遺伝性貧血により胎児水腫を引き起こすことがあります。

■ その他の重要な遺伝子：
CHD7（CHARGE症候群）
TSC1, TSC2（結節性硬化症）
NF1（神経線維腫症1型）
など、多系統に影響を及ぼす疾患の原因遺伝子も含まれます。

遺伝子特異的注記：

・ALG1遺伝子：
高度に相同な領域の干渉により、ALG1遺伝子（NM_019109.4）のエキソン6-13における変異の検出感度が低下します。

・PIK3CA遺伝子：
PIK3CA病原性変異の大部分は接合後に生じモザイクであるため、複数の組織を検査する必要がある場合があります。PIK3CA病原性変異が検出されなくても、示唆的な特徴を持つ個人におけるPIK3CA関連分節性過成長障害の臨床診断を除外するものではありません。

すべての配列決定技術には限界があります。この分析は次世代シーケンシング（NGS）により実施され、コード領域とスプライス接合部の検査を目的として設計されています。次世代シーケンシング技術と当院のバイオインフォマティクス分析により、偽遺伝子配列やその他の高度に相同な配列の寄与は大幅に減少しますが、これらは配列決定および欠失/重複分析の両方において病原性変異体対立遺伝子を同定するアッセイの技術的能力を時に妨げる可能性があります。

低品質スコアの変異確認および被覆標準を満たすためにサンガー配列決定が使用されます。注文された場合、欠失/重複分析は、１つの完全な遺伝子（頬粘膜スワブ検体および全血検体）および2つ以上の連続するエキソンサイズ（全血検体のみ）のゲノム領域の変化を同定できます。単一エキソンの欠失または重複が時に同定される場合がありますが、この検査では日常的に検出されません。同定された推定欠失または重複は、直交法（qPCRまたはMLPA）により確認されます。

この検査では、疾患を引き起こす可能性がある特定のタイプのゲノム変化は検出されません。これには、転座や逆位、反復伸長（例：三塩基またはヘキサ塩基）、ほとんどの調節領域（プロモーター領域）または深部イントロン領域（エキソンから20bp以上）の変化が含まれますが、これらに限定されません。この検査は体細胞モザイクまたは体細胞変異の検出を目的として設計または検証されていません。

重要：この検査は赤血球同種免疫、感染症、または染色体異常に関連する原因は検出しません。非免疫性胎児水腫の原因は多岐にわたるため、この検査で病原性変異が検出されなくても、疾患を完全に否定することはできません。約60～70％の症例では、既知の遺伝子に変異が見つかりません。