ネフロン癆NGS遺伝子パネル検査｜ミネルバクリニック

AHI1, ANKS6, CC2D2A, CEP164, CEP290, CEP83, DCDC2, GLIS2, IFT172, INVS, IQCB1, MAPKBP1, NEK8, NPHP1, NPHP3, NPHP4, OFD1, PKHD1, RPGRIP1L, SDCCAG8, SLC41A1, TMEM138, TMEM216, TMEM237, TMEM67, TRAF3IP1, TTC21B, WDR19, WDR35, XPNPEP3, ZNF423 ( 31遺伝子 )

各遺伝子の詳細：
・AHI1遺伝子：
ジュベール症候群関連タンパク質をコードし、Joubert症候群の原因遺伝子の一つです。小脳虫部低形成、発達遅滞を伴うネフロン癆に関連します。

・ANKS6遺伝子：
アンキリンリピート含有タンパク質をコードし、一次繊毛の機能に関与します。ネフロン癆の原因遺伝子として最近同定されました。

・CC2D2A遺伝子：
一次繊毛の形成に関与するタンパク質をコードします。Joubert症候群やMeckel-Gruber症候群の原因遺伝子でもあります。

・CEP164遺伝子：
中心体タンパク質164をコードし、一次繊毛の形成に重要な役割を果たします。ネフロン癆の原因遺伝子として報告されています。

・CEP290遺伝子：
中心体タンパク質290（NPHP6）をコードします。Joubert症候群、Senior-Løken症候群の主要な原因遺伝子で、重症型のネフロン癆を引き起こします。

・CEP83遺伝子：
中心体タンパク質83をコードし、一次繊毛の形成に関与します。ネフロン癆関連遺伝子として報告されています。

・DCDC2遺伝子：
ダブルコルチンドメイン含有タンパク質2をコードします。ネフロン癆の原因遺伝子として同定されています。

・GLIS2遺伝子：
GLI様転写因子2をコードし、腎臓の発生と機能維持に重要な役割を果たします。ネフロン癆の原因遺伝子です。

・IFT172遺伝子：
鞭毛内輸送タンパク質172をコードし、一次繊毛内の物質輸送に関与します。ネフロン癆や網膜ジストロフィーの原因となります。

・INVS遺伝子：
インバージン（NPHP2）をコードします。乳児型ネフロン癆の原因遺伝子で、内臓逆位と関連します。

・IQCB1遺伝子：
IQカルモジュリン結合モチーフ含有タンパク質1（NPHP5）をコードします。Senior-Løken症候群の主要な原因遺伝子で、網膜色素変性症を伴います。

・MAPKBP1遺伝子：
MAPキナーゼ結合タンパク質1をコードし、細胞シグナル伝達に関与します。ネフロン癆関連遺伝子です。

・NEK8遺伝子：
NIMA関連キナーゼ8（NPHP9）をコードします。一次繊毛の機能に関与し、ネフロン癆の原因となります。

・NPHP1遺伝子：
ネフロシスチン-1をコードします。最も頻度の高い原因遺伝子で、ネフロン癆症例の約20％を占めます。若年性ネフロン癆の主な原因です。一次繊毛の移行帯に局在します。

・NPHP3遺伝子：
ネフロシスチン-3をコードします。思春期型ネフロン癆の原因で、網膜色素変性症や肝線維症を伴うことがあります。

・NPHP4遺伝子：
ネフロシスチン-4をコードします。若年性から思春期型のネフロン癆の原因で、重症例では網膜色素変性症を伴います。

・OFD1遺伝子：
口顔指症候群1型タンパク質をコードします。X連鎖遺伝形式をとり、口顔指症候群に伴うネフロン癆の原因となります。

・PKHD1遺伝子：
フィブロシスチンをコードします。常染色体劣性多発性嚢胞腎の主要な原因遺伝子ですが、ネフロン癆様の病態を示すこともあります。

・RPGRIP1L遺伝子：
RPGRIP1様タンパク質をコードします。Joubert症候群やMeckel-Gruber症候群の原因遺伝子で、ネフロン癆との関連も報告されています。

・SDCCAG8遺伝子：
血清素欠損、小脳失調、巨大軸索神経障害関連タンパク質8（NPHP10）をコードします。Senior-Løken症候群やBardet-Biedl症候群様の症状を伴うネフロン癆の原因です。

・SLC41A1遺伝子：
マグネシウム輸送体をコードします。ネフロン癆の原因遺伝子として報告されています。

・TMEM138遺伝子：
膜貫通タンパク質138をコードし、一次繊毛の形成に関与します。ネフロン癆関連遺伝子です。

・TMEM216遺伝子：
膜貫通タンパク質216（NPHP11）をコードします。Joubert症候群やMeckel-Gruber症候群の原因遺伝子です。

・TMEM237遺伝子：
膜貫通タンパク質237をコードし、一次繊毛に局在します。Joubert症候群関連疾患の原因遺伝子です。

・TMEM67遺伝子：
膜貫通タンパク質67（NPHP11）をコードします。Joubert症候群やMeckel-Gruber症候群の原因遺伝子で、肝線維症を伴うことがあります。

・TRAF3IP1遺伝子：
TRAF3相互作用タンパク質1をコードし、一次繊毛の機能に関与します。ネフロン癆関連遺伝子です。

・TTC21B遺伝子：
テトラトリコペプチドリピート含有タンパク質21Bをコードします。鞭毛内輸送に関与し、ネフロン癆や網膜ジストロフィーの原因となります。

・WDR19遺伝子：
WDリピート含有タンパク質19をコードします。鞭毛内輸送に関与し、Senior-Løken症候群やネフロン癆の原因となります。

・WDR35遺伝子：
WDリピート含有タンパク質35をコードし、鞭毛内輸送に関与します。短肋骨多指症候群やネフロン癆の原因遺伝子です。

・XPNPEP3遺伝子：
X-プロリルアミノペプチダーゼ3をコードします。ミトコンドリアに局在する酵素で、ネフロン癆様の腎症の原因となります。

・ZNF423遺伝子：
ジンクフィンガータンパク質423をコードします。Joubert症候群やネフロン癆の原因遺伝子として報告されています。

すべての配列決定技術には限界があります。この分析は次世代シーケンシング（NGS）により実施され、コード領域とスプライス接合部の検査を目的として設計されています。次世代シーケンシング技術と当院のバイオインフォマティクス分析により、偽遺伝子配列やその他の高度に相同な配列の寄与は大幅に減少しますが、これらは配列決定および欠失/重複分析の両方において病原性変異体対立遺伝子を同定するアッセイの技術的能力を時に妨げる可能性があります。

低品質スコアの変異確認および被覆標準を満たすためにサンガー配列決定が使用されます。注文された場合、欠失/重複分析は、１つの完全な遺伝子（頬粘膜スワブ検体および全血検体）および2つ以上の連続するエキソンサイズ（全血検体のみ）のゲノム領域の変化を同定できます。単一エキソンの欠失または重複が時に同定される場合がありますが、この検査では日常的に検出されません。同定された推定欠失または重複は、直交法（qPCRまたはMLPA）により確認されます。

この検査では、疾患を引き起こす可能性がある特定のタイプのゲノム変化は検出されません。これには、転座や逆位、反復伸長（例：三塩基またはヘキサ塩基）、ほとんどの調節領域（プロモーター領域）または深部イントロン領域（エキソンから20bp以上）の変化が含まれますが、これらに限定されません。この検査は体細胞モザイクまたは体細胞変異の検出を目的として設計または検証されていません。

※この検査パネルでは、31の原因遺伝子のみを対象としています。臨床的にネフロン癆と診断される症例のうち、遺伝子変異が同定される頻度は約30％程度です。検査で病原性変異が検出されなくても、疾患を完全に否定することはできません。未同定の原因遺伝子が存在する可能性や、検出困難な変異が存在する可能性があります。