新生児てんかんNGSパネル遺伝子検査｜ミネルバクリニック

ABAT, ABCC8, ACY1, ADAR, ADSL, AKT3, ALDH4A1, ALDH5A1, ALDH7A1, ALG1, ALG12, ALG13, ALG2, ALG3, ALG6, ALG8, ALG9, AMT, ARG1, ARHGEF9, ARL13B, ARSA, ARSB, ARX, ASAH1, ASNS, ASPA, ATIC, ATP1A2, ATP6AP2, ATP7A, ATRX, AUH, B4GALT1, BCKDK, BCS1L, BOLA3, BRAF, BRAT1, BTD, BUB1B, C12orf57, CACNA1A, CACNA1H, CASK, CASR, CC2D2A, CCDC88C, CDKL5, CENPJ, CEP290, CHD2, CHRNA2, CHRNA4, CHRNB2, CLCN4, CLN8, CNTNAP2, COG7, COG8, COL4A1, COQ2, COQ8A, COQ9, COX10, COX15, CPA6, CPT2, CTSD, CUX2, CYFIP2, DCX, DEPDC5, DHCR7, DHFR, DLD, DNM1, DOCK7, DOLK, DPAGT1, DPM1, DPM2, DPYD, DYRK1A, EEF1A2, EIF2B1, EIF2B2, EIF2B3, EIF2B4, EIF2B5, EMX2, FARS2, FGFR3, FH, FOXG1, FUCA1, GABRA1, GABRB3, GABRD, GABRG2, GALC, GAMT, GATM, GCDH, GCSH, GFAP, GLB1, GLDC, GLI2, GLI3, GLRA1, GLRB, GLUD1, GNAO1, GOSR2, GPHN, GRIA3, GRIN1, GRIN2A, GRIN2B, GRIN2D, HCN1, HECW2, HEXA, HEXB, HNRNPU, HRAS, HSD17B10, IDS, IQSEC2, IRF2BPL, KANSL1, KCNA1, KCNA2, KCNB1, KCNH5, KCNJ10, KCNJ11, KCNMA1, KCNQ2, KCNQ3, KCNT1, KCTD7, KDM6A, KMT2D, L2HGDH, LAMA2, LIAS, LRPPRC, MAP2K1, MBD5, MDH2, MECP2, MED12, MED17, MEF2C, MFSD8, MGAT2, MLC1, MOCS1, MOCS2, MOGS, MPDU1, MTOR, NDE1, NDUFA1, NDUFA2, NDUFS1, NDUFS3, NDUFS4, NDUFS7, NDUFS8, NDUFV1, NECAP1, NEDD4L, NEU1, NEXMIF, NF1, NGLY1, NPC1, NPC2, NRXN1, NSD1, OFD1, OPHN1, PAFAH1B1, PC, PCDH19, PDHA1, PDSS2, PEX1, PEX12, PEX14, PEX2, PEX26, PEX3, PEX5, PEX6, PHF6, PIGA, PIGO, PIGV, PLA2G6, PLCB1, PLP1, PLPBP, PMM2, PNKP, PNPO, POLG, POMGNT1, POMT1, POMT2, PPP3CA, PPT1, PRICKLE1, PRODH, PRRT2, PSAP, PURA, QARS, QDPR, RARS2, RFT1, RNASEH2A, RNASEH2B, RNASEH2C, ROGDI, SAMHD1, SCN1A, SCN1B, SCN2A, SCN3A, SCN8A, SCN9A, SCO2, SDHA, SETBP1, SHH, SIK1, SLC12A5, SLC13A5, SLC17A5, SLC19A3, SLC25A12, SLC25A15, SLC25A22, SLC2A1, SLC35A2, SLC6A1, SLC6A8, SLC9A6, SMARCA2, SMS, SNAP25, SPTAN1, ST3GAL5, STX1B, STXBP1, SUMF1, SUOX, SURF1, SYNGAP1, SZT2, TBC1D24, TBL1XR1, TBX1, TCF4, TMEM70, TPP1, TSC1, TSC2, TSEN2, TSEN34, TSEN54, TUBA1A, TUBA8, TUBB2A, TUBB2B, TWNK, UBE2A, UBE3A, UNC80, WWOX, ZEB2 ( 285遺伝子 )

主要遺伝子の詳細：

・イオンチャネル関連遺伝子：
KCNQ2、KCNQ3（カリウムチャネル、自然終息性家族性新生児てんかん）
SCN1A、SCN2A、SCN8A（ナトリウムチャネル、様々な重症度のてんかん）
KCNT1（ナトリウム依存性カリウムチャネル、遊走性焦点発作を伴う乳児てんかん）
CACNA1A、CACNA1H（カルシウムチャネル）

・シナプス機能関連遺伝子：
STXBP1（シナプス小胞融合、大田原症候群、点頭てんかん）
PCDH19（細胞接着分子、女性限定てんかん）
GABRA1、GABRB3、GABRG2（GABA受容体サブユニット）
GRIN1、GRIN2A、GRIN2B（グルタミン酸受容体サブユニット）

・代謝関連遺伝子：
ALDH7A1、PNPO（ビタミンB6依存性てんかん）
SLC2A1（グルコーストランスポーター1欠損症）
GLDC、AMT（非ケトン性高グリシン血症）
BCKDK、ALDH5A1（その他の代謝異常症）

・脳形成異常関連遺伝子：
ARX（脳発達転写因子、大田原症候群、点頭てんかん）
DCX、PAFAH1B1（神経細胞移動、滑脳症）
TSC1、TSC2（結節性硬化症）
FOXG1、MEF2C（脳発達制御因子）

・その他の重要遺伝子：
CDKL5（X連鎖性てんかん性脳症）
MECP2（レット症候群、てんかん性脳症）
DEPDC5、MTOR（mTOR経路、焦点性てんかん）

すべての配列決定技術には限界があります。この分析は次世代シーケンシング（NGS）により実施され、コード領域とスプライス接合部の検査を目的として設計されています。次世代シーケンシング技術と当院のバイオインフォマティクス分析により、偽遺伝子配列やその他の高度に相同な配列の寄与は大幅に減少しますが、これらは配列決定および欠失/重複分析の両方において病原性変異体対立遺伝子を同定するアッセイの技術的能力を時に妨げる可能性があります。

低品質スコアの変異確認および被覆標準を満たすためにサンガー配列決定が使用されます。注文された場合、欠失/重複分析は、１つの完全な遺伝子（頬粘膜スワブ検体および全血検体）および2つ以上の連続するエキソンサイズ（全血検体のみ）のゲノム領域の変化を同定できます。単一エキソンの欠失または重複が時に同定される場合がありますが、この検査では日常的に検出されません。同定された推定欠失または重複は、直交法（qPCRまたはMLPA）により確認されます。

この検査では、疾患を引き起こす可能性がある特定のタイプのゲノム変化は検出されません。これには、転座や逆位、反復伸長（例：三塩基またはヘキサ塩基）、ほとんどの調節領域（プロモーター領域）または深部イントロン領域（エキソンから20bp以上）の変化が含まれますが、これらに限定されません。この検査は体細胞モザイクまたは体細胞変異の検出を目的として設計または検証されていません。

遺伝子特異的な制限：
・ALG1遺伝子：高度に相同な領域の干渉により、エキソン6-13（NM_019109.4）の変異検出感度が低下します。
・MECP2遺伝子：現在利用可能な技術（NGSおよびqPCR）では、エキソン1の単一エキソン欠失/重複の検出は困難です。

※この検査パネルでは、285の原因遺伝子を対象としていますが、新生児てんかんに関連する遺伝子は現在も新たに発見され続けています。検査で病原性変異が検出されなくても、疾患を完全に否定することはできません。また、臨床症状や脳波所見、画像検査所見に基づいた総合的な診断が重要です。