肺疾患NGS遺伝子パネル検査｜ミネルバクリニック

ABCA3, ACVRL1, AP3B1, ASCL1, BDNF, BLOC1S3, BLOC1S6, BMPR2, CCDC39, CCDC40, CFTR, CSF2RA, CSF2RB, DKC1, DNAAF1, DNAAF2, DNAH11, DNAH5, DNAI1, DNAI2, DNAL1, DTNBP1, EDN3, EFEMP2, ELN, ENG, FAM111B, FBLN5, FLCN, FOXF1, GDNF, HPS1, HPS3, HPS4, HPS5, HPS6, ITGA3, LTBP4, MUC5B, NAF1, NF1, NKX2-1, NME8, PARN, PHOX2B, RET, RSPH4A, RSPH9, RTEL1, SCNN1A, SCNN1B, SCNN1G, SERPINA1, SFTPA1, SFTPA2, SFTPB, SFTPC, SLC34A2, SLC7A7, SMAD9, SMPD1, STAT3, STRA6, TERC, TERT, TINF2, TMEM173, TSC1, TSC2 ( 69遺伝子 )

各遺伝子カテゴリーの詳細：

【間質性肺疾患・肺線維症関連遺伝子】

・サーファクタント関連遺伝子：
SFTPA1、SFTPA2：サーファクタントプロテインAをコードする遺伝子。変異により家族性肺線維症を引き起こします。
SFTPB：サーファクタントプロテインBをコードする遺伝子。変異により新生児呼吸窮迫症候群や間質性肺疾患を引き起こします。
SFTPC：サーファクタントプロテインCをコードする遺伝子。変異により小児および成人の間質性肺疾患を引き起こします。
ABCA3：サーファクタント輸送に関与するATPase。変異により新生児呼吸窮迫症候群や小児間質性肺疾患を引き起こします。

・テロメア関連遺伝子：
TERC、TERT：テロメア維持に関与する遺伝子。変異により特発性肺線維症、骨髄異形成症候群などを引き起こします。
RTEL1、PARN、DKC1、TINF2、NAF1：テロメア長の維持に関与する遺伝子。変異により肺線維症を伴う先天性角化不全症候群などを引き起こします。

・その他の間質性肺疾患関連遺伝子：
NKX2-1：甲状腺転写因子をコードする遺伝子。変異により間質性肺疾患、甲状腺機能低下、神経発達障害を引き起こします。
MUC5B：ムチンをコードする遺伝子。プロモーター領域の多型が特発性肺線維症のリスク因子です。
FOXF1：転写因子をコードする遺伝子。変異により肺胞毛細血管形成不全を引き起こします。

【原発性線毛機能不全症関連遺伝子】

DNAI1、DNAH5：外側ダイニンアームをコードする遺伝子。最も頻度の高い原発性線毛機能不全症の原因遺伝子です。
DNAH11、DNAI2、DNAL1：ダイニンアームの構成要素をコードする遺伝子。
CCDC39、CCDC40：N-DRC（nexin-dynein regulatory complex）をコードする遺伝子。
RSPH4A、RSPH9：放射状スポークヘッドタンパク質をコードする遺伝子。
DNAAF1、DNAAF2、NME8：線毛組み立てに関与する遺伝子。

【嚢胞性線維症関連遺伝子】

CFTR：嚢胞性線維症膜貫通伝導調節因子をコードする遺伝子。塩化物イオンチャネルとして機能し、変異により嚢胞性線維症を引き起こします。2,000種類以上の変異が報告されており、日本人では欧米人とは異なる変異スペクトラムを示します。

【Hermansky-Pudlak症候群関連遺伝子】

HPS1、HPS3、HPS4、HPS5、HPS6：リソソーム関連小器官の形成と輸送に関与する遺伝子。変異により眼皮膚白皮症、血小板機能異常、肺線維症（特にHPS1、HPS4型）を引き起こします。
AP3B1、BLOC1S3、BLOC1S6、DTNBP1：BLOCコンプレックスを構成する遺伝子。

【結節性硬化症関連遺伝子】

TSC1、TSC2：mTORC1シグナル経路の抑制に関与する遺伝子。変異により結節性硬化症を引き起こし、肺リンパ脈管筋腫症(LAM)を合併することがあります。

【肺動脈性肺高血圧症関連遺伝子】

BMPR2：bone morphogenetic protein receptor type 2をコードする遺伝子。遺伝性肺動脈性肺高血圧症の約75%の原因遺伝子です。
ACVRL1、ENG、SMAD9：TGF-βシグナル経路に関与する遺伝子。変異により遺伝性出血性毛細血管拡張症(HHT)に伴う肺高血圧症を引き起こすことがあります。
ELN、FBLN5、LTBP4、EFEMP2：血管の構造や弾性に関与する遺伝子。

【α1-アンチトリプシン欠損症関連遺伝子】

SERPINA1：α1-アンチトリプシンをコードする遺伝子。変異により早期発症のCOPD、肺気腫、肝硬変を引き起こします。

【先天性肺胞蛋白症関連遺伝子】

CSF2RA、CSF2RB：顆粒球マクロファージコロニー刺激因子(GM-CSF)受容体をコードする遺伝子。変異により先天性肺胞蛋白症を引き起こします。
SMPD1：スフィンゴミエリナーゼをコードする遺伝子。ニーマン・ピック病の原因遺伝子で、肺病変を伴うことがあります。

【その他の肺疾患関連遺伝子】

FLCN：フォリキュリンをコードする遺伝子。バート・ホッグ・デューベ症候群の原因遺伝子で、気胸や肺嚢胞を引き起こします。
NF1：神経線維腫症1型の原因遺伝子。間質性肺疾患を合併することがあります。
STAT3：シグナル伝達転写活性化因子。変異によりHIES(高IgE症候群)を引き起こし、再発性肺感染症を引き起こします。
SLC34A2：リン酸トランスポーター。変異により肺胞微石症を引き起こします。
SLC7A7：アミノ酸トランスポーター。リジン尿性蛋白不耐症の原因遺伝子で、肺病変を伴うことがあります。
SCNN1A、SCNN1B、SCNN1G：上皮ナトリウムチャネル。変異により偽性低アルドステロン症を引き起こし、新生児呼吸窮迫を伴うことがあります。
ITGA3：インテグリンα3をコードする遺伝子。変異により間質性肺疾患を伴う先天性腎症候群を引き起こします。
PHOX2B、ASCL1、BDNF、GDNF、EDN3、RET：神経堤細胞の発達に関与する遺伝子。先天性中枢性低換気症候群やHirschsprung病に関連し、呼吸調節異常を引き起こします。
FAM111B：DNA修復に関与する遺伝子。変異により遺伝性線維性間質性肺疾患を引き起こします。
STRA6：レチノール輸送に関与する遺伝子。変異によりMatthew-Wood症候群を引き起こし、肺低形成を伴います。
TMEM173：インターフェロン遺伝子刺激因子(STING)をコードする遺伝子。変異によりSTING関連血管症を引き起こし、間質性肺疾患を伴います。

すべての配列決定技術には限界があります。この分析は次世代シーケンシング（NGS）により実施され、コード領域とスプライス接合部の検査を目的として設計されています。次世代シーケンシング技術と当院のバイオインフォマティクス分析により、偽遺伝子配列やその他の高度に相同な配列の寄与は大幅に減少しますが、これらは配列決定および欠失/重複分析の両方において病原性変異体対立遺伝子を同定するアッセイの技術的能力を時に妨げる可能性があります。

低品質スコアの変異確認および被覆標準を満たすためにサンガー配列決定が使用されます。注文された場合、欠失/重複分析は、１つの完全な遺伝子（頬粘膜スワブ検体および全血検体）および2つ以上の連続するエキソンサイズ（全血検体のみ）のゲノム領域の変化を同定できます。単一エキソンの欠失または重複が時に同定される場合がありますが、この検査では日常的に検出されません。同定された推定欠失または重複は、直交法（qPCRまたはMLPA）により確認されます。

この検査では、疾患を引き起こす可能性がある特定のタイプのゲノム変化は検出されません。これには、転座や逆位、反復伸長（例：三塩基またはヘキサ塩基）、ほとんどの調節領域（プロモーター領域）または深部イントロン領域（エキソンから20bp以上）の変化が含まれますが、これらに限定されません。この検査は体細胞モザイクまたは体細胞変異の検出を目的として設計または検証されていません。

※この検査パネルでは、69の原因遺伝子のみを対象としています。遺伝性肺疾患には他にも多数の原因遺伝子が存在し、また未同定の遺伝子も多く残されています。検査で病原性変異が検出されなくても、疾患を完全に否定することはできません。