遅発性運動失調症遺伝子パネル検査｜ミネルバクリニック

ABHD12, AFG3L2, ALS2, ANO10, APTX, ATL1, C19orf12, CACNA1A, CACNB4, CCDC88C, CLCN2, CYP27A1, CYP7B1, DNMT1, EEF2, EIF2B1, EIF2B2, EIF2B3, EIF2B4, EIF2B5, ELOVL4, ELOVL5, FGF14, FMR1, FXN, GFAP, ITM2B, ITPR1, KCNC3, KCND3, KIF5A, NOL3, NOTCH3, PDYN, PEX7, PHYH, POLG, PRKCG, RORA, RRM2B, SETX, SLC1A3, SPAST, SPG11, SPG7, STUB1, SYNE1, SYT14, TGM6, TMEM240, TTBK2, TTPA, TUBB4A, TWNK, TYMP, VAMP1, WASHC5 ( 57遺伝子 )

主要遺伝子の詳細：

・CACNA1A遺伝子：
P/Q型電位依存性カルシウムチャネルをコードする遺伝子。SCA6の原因遺伝子であり、発作性運動失調2型（EA2）や片麻痺性片頭痛1型の原因遺伝子でもあります。小脳プルキンエ細胞に高発現しています。

・FXN遺伝子：
フラタキシンをコードする遺伝子。フリードライヒ運動失調症（FRDA）の原因遺伝子です。最も頻度の高い変異はGAA三塩基リピート伸長ですが、本検査では塩基配列の変化と欠失・重複のみを検出します。リピート伸長の検出には別途専用の検査が必要です。

・FMR1遺伝子：
FMRP（fragile X mental retardation protein）をコードする遺伝子。CGGリピートのプレミューテーション領域での伸長により、脆弱X関連振戦/運動失調症候群（FXTAS）を引き起こします。本検査では塩基配列の変化のみを検出します。

・PRKCG遺伝子：
プロテインキナーゼCγをコードする遺伝子。SCA14の原因遺伝子です。純粋小脳型の運動失調を呈します。

・ITPR1遺伝子：
イノシトール1,4,5-三リン酸受容体1型をコードする遺伝子。SCA15/16/29の原因遺伝子です。小脳プルキンエ細胞に発現しています。

・TTPA遺伝子：
α-トコフェロール転送タンパク質をコードする遺伝子。ビタミンE欠乏性運動失調症（AVED）の原因遺伝子で、ビタミンE補充療法により治療可能な数少ない遺伝性運動失調症の一つです。

・APTX遺伝子：
アプラタキシンをコードする遺伝子。眼球運動失行を伴う運動失調症1型（AOA1）の原因遺伝子です。常染色体劣性遺伝形式をとります。

・SETX遺伝子：
セナタキシンをコードする遺伝子。眼球運動失行を伴う運動失調症2型（AOA2）の原因遺伝子です。DNA/RNA代謝に関与します。

・POLG遺伝子：
ミトコンドリアDNAポリメラーゼγをコードする遺伝子。常染色体優性または劣性遺伝形式で、運動失調、ミオパチー、末梢神経障害、外眼筋麻痺など多彩な症状を呈します。

・AFG3L2遺伝子：
ミトコンドリアマトリックスのメタロプロテアーゼをコードする遺伝子。SCA28の原因遺伝子です。

・SYNE1遺伝子：
ニュースペクトリンをコードする遺伝子。常染色体劣性遺伝性小脳失調症（ARCA1/SCAR8）の原因遺伝子です。純粋小脳型の運動失調を呈します。

・STUB1遺伝子：
CHIP（C-terminus of Hsc70-interacting protein）をコードする遺伝子。常染色体劣性遺伝形式で、若年発症の運動失調と認知機能障害を呈します（SCAR16）。

・KCNA1遺伝子（KCNC3遺伝子として記載）：
電位依存性カリウムチャネルをコードする遺伝子。発作性運動失調1型（EA1）の原因遺伝子で、短時間の運動失調発作とミオキミアを特徴とします。

・SPAST、ATL1、REEP1遺伝子：
痙性対麻痺の原因遺伝子ですが、運動失調を合併することがあります。

その他の重要遺伝子：
ANO10（SCAR10）、TGM6（SCA35）、ELOVL4（SCA34）、ELOVL5（SCA38）、CCDC88C（SCA40）、TMEM240（SCA21）、FGF14（SCA27）など、比較的稀な病型の原因遺伝子も含まれています。

注意：本パネル検査に含まれるFXN遺伝子とFMR1遺伝子については、リピート伸長が主な病因となる場合が多いですが、本検査ではリピート伸長は検出できません。これらの遺伝子のリピート伸長が疑われる場合は、専用のリピート伸長検査が必要です。

すべての配列決定技術には限界があります。この分析は次世代シーケンシング（NGS）により実施され、コード領域とスプライス接合部の検査を目的として設計されています。次世代シーケンシング技術と当院のバイオインフォマティクス分析により、偽遺伝子配列やその他の高度に相同な配列の寄与は大幅に減少しますが、これらは配列決定および欠失/重複分析の両方において病原性変異体対立遺伝子を同定するアッセイの技術的能力を時に妨げる可能性があります。

低品質スコアの変異確認および被覆標準を満たすためにサンガー配列決定が使用されます。注文された場合、欠失/重複分析は、１つの完全な遺伝子（頬粘膜スワブ検体および全血検体）および2つ以上の連続するエキソンサイズ（全血検体のみ）のゲノム領域の変化を同定できます。単一エキソンの欠失または重複が時に同定される場合がありますが、この検査では日常的に検出されません。同定された推定欠失または重複は、直交法（qPCRまたはMLPA）により確認されます。

この検査では、疾患を引き起こす可能性がある特定のタイプのゲノム変化は検出されません。これには、転座や逆位、反復伸長（例：三塩基またはヘキサ塩基リピート）、ほとんどの調節領域（プロモーター領域）または深部イントロン領域（エキソンから20bp以上）の変化が含まれますが、これらに限定されません。この検査は体細胞モザイクまたは体細胞変異の検出を目的として設計または検証されていません。

重要：FXN遺伝子について
FXN遺伝子変異で最も頻度の高いのはGAA三塩基リピート伸長です。本検査では塩基配列の変化と欠失・重複のみを検出し、リピート伸長は検出できません。フリードライヒ運動失調症が臨床的に疑われる場合は、別途リピート伸長検査が必要です。

重要：リピート伸長について
多くの脊髄小脳失調症（SCA1、SCA2、SCA3、SCA6、SCA7、SCA8、SCA12、SCA17、SCA31、SCA36など）は三塩基またはヘキサ塩基のリピート伸長が原因です。本検査ではこれらのリピート伸長を検出できないため、これらの病型が疑われる場合は別途リピート伸長検査が必要です。

※この検査パネルでは、57の原因遺伝子のみを対象としています。すべての遺伝性運動失調症の原因遺伝子を網羅しているわけではありません。検査で病原性変異が検出されなくても、疾患を完全に否定することはできません。