乳酸アシドーシス・ピルビン酸代謝異常症 NGS遺伝子パネル検査｜ミネルバクリニック

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各遺伝子の詳細：

【ピルビン酸代謝関連遺伝子】

・PC遺伝子：
ピルビン酸カルボキシラーゼをコードする遺伝子。糖新生の重要な酵素で、欠損すると重症の乳酸アシドーシス、ケトアシドーシス、高アンモニア血症を引き起こします。

・PDHA1遺伝子：
ピルビン酸脱水素酵素複合体E1αサブユニットをコードする遺伝子。X連鎖遺伝形式で、PDHC欠損症の約60％を占める最も頻度の高い原因遺伝子です。

・PDHB遺伝子：
ピルビン酸脱水素酵素複合体E1βサブユニットをコードする遺伝子。常染色体劣性遺伝形式です。

・DLAT遺伝子：
ピルビン酸脱水素酵素複合体E2サブユニット（ジヒドロリポイルアセチルトランスフェラーゼ）をコードする遺伝子。

・DLD遺伝子：
ピルビン酸脱水素酵素複合体E3サブユニット（ジヒドロリポアミド脱水素酵素）をコードする遺伝子。PDHCだけでなく、α-ケトグルタル酸脱水素酵素や分枝鎖α-ケト酸脱水素酵素の共通成分でもあります。

・PDHX遺伝子：
ピルビン酸脱水素酵素複合体のX成分（E3結合タンパク質）をコードする遺伝子。

・PDP1遺伝子：
ピルビン酸脱水素酵素ホスファターゼ触媒サブユニット1をコードする遺伝子。PDHCの脱リン酸化による活性化に関与します。

【ミトコンドリア呼吸鎖複合体I関連遺伝子】

・NDUFS1, NDUFS2, NDUFS3, NDUFS4, NDUFS6, NDUFS7, NDUFS8遺伝子：
ミトコンドリア呼吸鎖複合体I（NADHデヒドロゲナーゼ）のコアサブユニットをコードする遺伝子群。これらの変異はリー症候群やリー様症候群の原因となります。

・NDUFV1遺伝子：
ミトコンドリア呼吸鎖複合体Iのフラビンモノヌクレオチド結合サブユニットをコードする遺伝子。

・NDUFA11遺伝子：
ミトコンドリア呼吸鎖複合体Iの副サブユニットをコードする遺伝子。

・NDUFAF1, NDUFAF3, NDUFAF4, NDUFAF5, NDUFAF6遺伝子：
ミトコンドリア呼吸鎖複合体Iの組み立て因子をコードする遺伝子群。

・FOXRED1遺伝子：
ミトコンドリア呼吸鎖複合体Iの組み立てに関与するFAD依存性酸化還元酵素をコードする遺伝子。

・ACAD9遺伝子：
アシルCoA脱水素酵素ファミリーメンバー9をコードする遺伝子。脂肪酸β酸化だけでなく、複合体Iの組み立てにも関与します。

【ミトコンドリア呼吸鎖複合体III関連遺伝子】

・BCS1L遺伝子：
ミトコンドリア呼吸鎖複合体III（ユビキノール-チトクロムc還元酵素）の組み立て因子をコードする遺伝子。GRACILE症候群の原因遺伝子としても知られています。

・UQCRB遺伝子：
ミトコンドリア呼吸鎖複合体IIIのサブユニットVIIをコードする遺伝子。

【ミトコンドリア呼吸鎖複合体IV関連遺伝子】

・SURF1遺伝子：
ミトコンドリア呼吸鎖複合体IV（チトクロムc酸化酵素）の組み立て因子をコードする遺伝子。リー症候群の主要な原因遺伝子の一つです。

・SCO2遺伝子：
チトクロムc酸化酵素の銅シャペロンをコードする遺伝子。複合体IVの組み立てに必須です。

・COX10遺伝子：
ヘムAファルネシルトランスフェラーゼをコードする遺伝子。複合体IVのヘムA合成に関与します。

・COX15遺伝子：
ヘムA合成酵素をコードする遺伝子。複合体IVの組み立てに関与します。

・COX6B1遺伝子：
チトクロムc酸化酵素サブユニット6B1をコードする遺伝子。

【ミトコンドリアATP合成酵素（複合体V）関連遺伝子】

・ATP5F1E遺伝子：
ミトコンドリアATP合成酵素F1εサブユニットをコードする遺伝子。

・TMEM70遺伝子：
ミトコンドリアATP合成酵素の組み立て因子をコードする遺伝子。新生児期発症の重症型ATP合成酵素欠損症の主要な原因です。

・ATPAF2遺伝子：
ミトコンドリアATP合成酵素の組み立て因子2をコードする遺伝子。

【コエンザイムQ10生合成関連遺伝子】

・COQ2遺伝子：
コエンザイムQ10生合成のパラヒドロキシベンゾエート-ポリプレニルトランスフェラーゼをコードする遺伝子。

・COQ8A（ADCK3）遺伝子：
コエンザイムQ10生合成に関与するATPaseドメイン含有キナーゼをコードする遺伝子。小脳性運動失調を特徴とします。

・COQ9遺伝子：
コエンザイムQ10生合成タンパク質9をコードする遺伝子。

・PDSS1遺伝子：
デカプレニルジホスフェート合成酵素サブユニット1をコードする遺伝子。コエンザイムQ10のイソプレノイド側鎖合成に関与します。

・PDSS2遺伝子：
デカプレニルジホスフェート合成酵素サブユニット2をコードする遺伝子。

【TCA回路関連遺伝子】

・SUCLA2遺伝子：
コハク酸-CoAリガーゼADPフォーミングβサブユニットをコードする遺伝子。TCA回路の酵素で、リー様症候群の原因となります。

・SUCLG1遺伝子：
コハク酸-CoAリガーゼGDPフォーミングαサブユニットをコードする遺伝子。

・FH遺伝子：
フマラーゼをコードする遺伝子。TCA回路の酵素で、欠損すると重症の乳酸アシドーシスを引き起こします。

【ミトコンドリアDNA維持関連遺伝子】

・POLG遺伝子：
ミトコンドリアDNAポリメラーゼγ触媒サブユニットをコードする遺伝子。ミトコンドリアDNA枯渇症候群やアルパース症候群の原因となります。

・TK2遺伝子：
チミジンキナーゼ2をコードする遺伝子。ミトコンドリアDNA枯渇症候群（筋型）の原因です。

・DGUOK遺伝子：
デオキシグアノシンキナーゼをコードする遺伝子。ミトコンドリアDNA枯渇症候群（肝脳型）の原因です。

・RRM2B遺伝子：
リボヌクレオチド還元酵素制御サブユニットM2Bをコードする遺伝子。ミトコンドリアDNA枯渇症候群の原因となります。

・TYMP遺伝子：
チミジンホスホリラーゼをコードする遺伝子。ミトコンドリア神経消化管脳筋症（MNGIE）の原因です。

【ミトコンドリアタンパク質翻訳関連遺伝子】

・GFM1遺伝子：
ミトコンドリア翻訳伸長因子G1をコードする遺伝子。

・TSFM遺伝子：
ミトコンドリア翻訳伸長因子Tsをコードする遺伝子。

・TUFM遺伝子：
ミトコンドリア翻訳伸長因子Tuをコードする遺伝子。

・DARS2遺伝子：
ミトコンドリアアスパラギルtRNA合成酵素をコードする遺伝子。白質脳症を伴う乳酸アシドーシスの原因となります。

・YARS2遺伝子：
ミトコンドリアチロシルtRNA合成酵素をコードする遺伝子。

・TRMU遺伝子：
ミトコンドリアtRNA修飾酵素をコードする遺伝子。

・PUS1遺伝子：
tRNAシュードウリジン合成酵素1をコードする遺伝子。ミトコンドリア筋症、乳酸アシドーシス、鉄芽球性貧血（MLASA）症候群の原因となります。

・MRPS16遺伝子：
ミトコンドリアリボソーム小サブユニットタンパク質S16をコードする遺伝子。

・MRPS22遺伝子：
ミトコンドリアリボソーム小サブユニットタンパク質S22をコードする遺伝子。

【その他のミトコンドリア機能関連遺伝子】

・LRPPRC遺伝子：
ロイシンリッチペントラトリコペプチドリピート含有タンパク質をコードする遺伝子。フレンチカナダ人に多いリー症候群の原因です。

・TAZ遺伝子：
タファジンをコードする遺伝子。バース症候群（カルジオリピン代謝異常による拡張型心筋症）の原因です。X連鎖遺伝形式です。

・DNM1L遺伝子：
ダイナミン関連タンパク質1（Drp1）をコードする遺伝子。ミトコンドリアの分裂に関与し、欠損すると致死的な脳症を引き起こします。

・SLC25A3遺伝子：
ミトコンドリアリン酸キャリアーをコードする遺伝子。

・SLC25A4遺伝子：
ミトコンドリアADP/ATPトランスロカーゼ1をコードする遺伝子。進行性外眼筋麻痺の原因となります。

【脂肪酸β酸化・電子伝達関連遺伝子】

・ETFA遺伝子：
電子伝達フラボタンパク質αサブユニットをコードする遺伝子。複合型アシルCoA脱水素酵素欠損症（MADD）の原因です。

・ETFB遺伝子：
電子伝達フラボタンパク質βサブユニットをコードする遺伝子。

・ETFDH遺伝子：
電子伝達フラボタンパク質-ユビキノン酸化還元酵素をコードする遺伝子。

・ETHE1遺伝子：
硫黄ジオキシゲナーゼをコードする遺伝子。エチルマロン酸性脳症の原因です。

【その他の代謝関連遺伝子】

・FBP1遺伝子：
フルクトース-1,6-ビスホスファターゼ1をコードする遺伝子。糖新生の律速酵素で、欠損すると低血糖と乳酸アシドーシスを引き起こします。

・G6PC遺伝子：
グルコース-6-ホスファターゼをコードする遺伝子。糖原病1a型（フォンギールケ病）の原因です。

・GYS2遺伝子：
肝型グリコーゲン合成酵素をコードする遺伝子。糖原病0型の原因です。

・ISCU遺伝子：
鉄硫黄クラスター組み立て酵素をコードする遺伝子。ミオパチーと運動不耐性を特徴とします。

・PLPBP（旧称PROSC）遺伝子：
ピリドキサール5′-リン酸結合タンパク質をコードする遺伝子。ビタミンB6代謝異常症の原因です。

・APTX遺伝子：
アプラタキシンをコードする遺伝子。DNA修復に関与し、欠損すると早発性小脳性運動失調とコエンザイムQ10欠乏を伴います。

すべての配列決定技術には限界があります。この分析は次世代シーケンシング（NGS）により実施され、コード領域とスプライス接合部の検査を目的として設計されています。次世代シーケンシング技術と当院のバイオインフォマティクス分析により、偽遺伝子配列やその他の高度に相同な配列の寄与は大幅に減少しますが、これらは配列決定および欠失/重複分析の両方において病原性変異体対立遺伝子を同定するアッセイの技術的能力を時に妨げる可能性があります。

低品質スコアの変異確認および被覆標準を満たすためにサンガー配列決定が使用されます。注文された場合、欠失/重複分析は、１つの完全な遺伝子（頬粘膜スワブ検体および全血検体）および2つ以上の連続するエキソンサイズ（全血検体のみ）のゲノム領域の変化を同定できます。単一エキソンの欠失または重複が時に同定される場合がありますが、この検査では日常的に検出されません。同定された推定欠失または重複は、直交法（qPCRまたはMLPA）により確認されます。

この検査では、疾患を引き起こす可能性がある特定のタイプのゲノム変化は検出されません。これには、転座や逆位、反復伸長（例：三塩基またはヘキサ塩基）、ほとんどの調節領域（プロモーター領域）または深部イントロン領域（エキソンから20bp以上）の変化が含まれますが、これらに限定されません。この検査は体細胞モザイクまたは体細胞変異の検出を目的として設計または検証されていません。

※この検査パネルでは、核DNA上の70の原因遺伝子のみを対象としています。ミトコンドリアDNA上の遺伝子変異は対象外です。ミトコンドリア病の約20～30％はミトコンドリアDNA変異が原因であるため、この検査で病原性変異が検出されなくても、ミトコンドリアDNA変異による疾患の可能性は残ります。また、まだ同定されていない新規の原因遺伝子も存在する可能性があります。検査で病原性変異が検出されなくても、疾患を完全に否定することはできません。