炎症性腸疾患NGS遺伝子パネル検査｜ミネルバクリニック

ADA, ADAM17, AICDA, AIRE, ANKZF1, ARPC1B, BACH2, BTK, CARD8, CARMIL2, CASP8, CD19, CD3G, CD40, CD40LG, CD55, CD81, CHD7, CIITA, COL7A1, CR2, CTLA4, CYBA, CYBB, CYBC1, DCLRE1C, DKC1, DOCK8, DUOX2, FCHO1, FERMT1, FOXP3, FUT2, G6PC3, GUCY2C, HPS1, HPS4, HPS6, ICOS, IKBKB, IKZF1, IL10, IL10RA, IL10RB, IL21, IL23R, IL2RA, IL2RB, IL2RG, IL7R, ITCH, ITGB2, JAK1, LCK, LIG4, LRBA, LYST, MALT1, MEFV, MVK, MYO5A, NCF2, NCF4, NFAT5, NFKB1, NFKB2, NLRC4, NLRP12, NOD2, NOP10, NPC1, PIK3CD, PIK3R1, PLCG2, POLA1, PRF1, PTEN, RAB27A, RAC1, RAC2, RAG1, RAG2, RET, RFX5, RFXANK, RFXAP, RIPK1, RTEL1, SH2D1A, SI, SKIV2L, SLC37A4, SLC9A3, SLCO2A1, STAT1, STAT3, STAT5B, STIM1, STX3, STXBP2, STXBP3, TAP1, TAP2, TERC, TERT, TGFB1, TGFBR1, TGFBR2, TINF2, TNFAIP3, TNFRSF13B, TRAF3, TRIM22, TTC37, TTC7A, UNC13D, UNG, WAS, XIAP, ZAP70, ZBTB24, ZNF341 ( 122遺伝子 )

遺伝子の機能的分類：

【上皮バリア欠損関連】
COL7A1, FERMT1, GUCY2C, SLC9A3, TTC7A など
これらの遺伝子は腸管上皮のバリア機能に関与し、変異により腸管透過性が亢進します。

【食作用（貪食作用）欠損関連】
CYBA, CYBB, CYBC1, NCF2, NCF4, RAC2 など
好中球などの食細胞による細菌貪食機能に関与します。慢性肉芽腫症の原因遺伝子でもあります。

【T細胞・B細胞欠損関連】
ADA, BTK, CD3G, CD19, CD40, CD40LG, CD81, CR2, DCLRE1C, DOCK8, ICOS, IKZF1, IL2RA, IL2RB, IL2RG, IL7R, LCK, LIG4, MALT1, PIK3CD, PIK3R1, PLCG2, RAG1, RAG2, SH2D1A, TNFRSF13B, WAS, ZAP70 など
適応免疫系の主要な細胞であるT細胞とB細胞の発生・分化・機能に関与します。重症複合免疫不全症（SCID）や複合免疫不全症の原因遺伝子を含みます。

【制御性T細胞および制御経路欠損関連】
AIRE, BACH2, CTLA4, FOXP3, IKBKB, IL21, ITCH, LRBA, STAT3, STAT5B など
過剰な免疫反応を抑制する制御性T細胞の機能や免疫制御シグナル伝達に関与します。IPEX症候群などの原因となります。

【過剰炎症および自己炎症性欠損関連】
CARD8, MEFV, MVK, NFKB1, NFKB2, NLRC4, NLRP12, NOD2, RIPK1, SLCO2A1, TNFAIP3 など
炎症性サイトカインの産生制御や炎症シグナル伝達に関与します。家族性地中海熱、TNF受容体関連周期性症候群などの自己炎症性疾患の原因遺伝子を含みます。

【その他の炎症性腸疾患関連】
IL10, IL10RA, IL10RB（抗炎症性サイトカイン）
IL23R（Th17細胞分化）
XIAP（X連鎖リンパ増殖症候群）
ADAM17（TNF-α変換酵素）
JAK1, STAT1（インターフェロンシグナル伝達）
DKC1, TERC, TERT, TINF2, NOP10, RTEL1（テロメア維持）
その他、免疫機能、DNA修復、腸管ホメオスタシスに関与する遺伝子

注意事項：
・CD40LG遺伝子：現在の検査方法では三塩基反復伸長は評価しません。
・DUOX2遺伝子：高度に相同なDUOX1遺伝子の存在により、エキソン6-8（NM_014080.5）の変異を確実に検出できない場合があります。

すべての配列決定技術には限界があります。この分析は次世代シーケンシング（NGS）により実施され、コード領域とスプライス接合部の検査を目的として設計されています。次世代シーケンシング技術と当院のバイオインフォマティクス分析により、偽遺伝子配列やその他の高度に相同な配列の寄与は大幅に減少しますが、これらは配列決定および欠失/重複分析の両方において病原性変異体対立遺伝子を同定するアッセイの技術的能力を時に妨げる可能性があります。

低品質スコアの変異確認および被覆標準を満たすためにサンガー配列決定が使用されます。注文された場合、欠失/重複分析は、１つの完全な遺伝子（頬粘膜スワブ検体および全血検体）および2つ以上の連続するエキソンサイズ（全血検体のみ）のゲノム領域の変化を同定できます。単一エキソンの欠失または重複が時に同定される場合がありますが、この検査では日常的に検出されません。同定された推定欠失または重複は、直交法（qPCRまたはMLPA）により確認されます。

この検査では、疾患を引き起こす可能性がある特定のタイプのゲノム変化は検出されません。これには、転座や逆位、反復伸長（例：三塩基またはヘキサ塩基）、ほとんどの調節領域（プロモーター領域）または深部イントロン領域（エキソンから20bp以上）の変化が含まれますが、これらに限定されません。この検査は体細胞モザイクまたは体細胞変異の検出を目的として設計または検証されていません。

遺伝子特異的な制限事項：
・CD40LG遺伝子：現在の検査方法では三塩基反復伸長は評価しません。
・DUOX2遺伝子：高度に相同なDUOX1遺伝子（NM_175940.3）の存在により、DUOX2遺伝子（NM_014080.5）のエキソン6-8の変異を確実に検出できません。

※この検査パネルでは、122の遺伝子のみを対象としています。現在の知見では、超早期発症IBD（6歳未満で発症）の症例で遺伝的原因が特定される割合は比較的高いですが、すべての症例で原因が判明するわけではありません。検査で病原性変異が検出されなくても、炎症性腸疾患を完全に否定することはできません。また、臨床的に典型的な炎症性腸疾患（クローン病や潰瘍性大腸炎）の多くは多因子性であり、単一遺伝子変異では説明できません。