てんかん包括的遺伝子検査（NGSパネル）｜ミネルバクリニック

AARS, AARS2, ABAT, ABCC8, ABHD16A, ACOX1, ACTB, ACTG1, ACTL6B, ACY1, ADAM22, ADAR, ADARB1, ADAT3, ADCY5, ADGRG1, ADGRL1, ADGRV1, ADNP, ADPRHL2, ADRA2B, ADSL, AFDN, AFF3, AFG3L2, AGA, AGMO, AGO1, AHDC1, AHI1, AIMP1, AKT1, AKT3, ALDH3A2, ALDH4A1, ALDH5A1, ALDH7A1, ALG1, ALG11, ALG12, ALG13, ALG14, ALG2, ALG3, ALG6, ALG8, ALG9, ALKBH8, ALPL, AMACR, AMPD2, AMT, ANK3, ANKRD11, ANKRD17, AP1G1, AP2M1, AP3B2, AP3D1, AP4B1, AP4M1, APC2, ARF1, ARFGEF1, ARFGEF2, ARG1, ARHGEF15, ARHGEF9, ARID1A, ARID1B, ARL13B, ARSA, ARSB, ARV1, ARX, ASAH1, ASH1L, ASNS, ASPA, ASPM, ASTN1, ASXL2, ASXL3, ATAD1, ATIC, ATN1, ATP13A2, ATP1A1, ATP1A2, ATP1A3, ATP2A2, ATP2B1, ATP5F1A, ATP5F1E, ATP5MC3, ATP5PO, ATP6AP2, ATP6V0A1, ATP6V0A2, ATP6V0C, ATP6V1A, ATP6V1B2, ATP7A, ATPAF2, ATRX, AUH, AUTS2, B3GALNT2, B4GALT1, B4GAT1, BAP1, BCAS3, BCKDHA, BCKDHB, BCKDK, BCL11A, BCS1L, BICD2, BOLA3, BPTF, BRAF, BRAT1, BRD2, BSCL2, BTD, BUB1B, C12orf57, C19orf12, C2orf69, CACNA1A, CACNA1B, CACNA1C, CACNA1D, CACNA1E, CACNA1G, CACNA1H, CACNA1I, CACNA2D1, CACNA2D2, CACNB4, CAD, CAMK2A, CAMK2B, CAMSAP1, CAMTA1, CAPRIN1, CARS2, CASK, CASR, CBL, CC2D2A, CCDC186, CCDC22, CCDC88A, CCDC88C, CCL2, CCM2, CCND2, CDC42BPB, CDK13, CDK19, CDK5, CDKL5, CELF2, CENPF, CENPJ, CEP290, CEP85L, CERS1, CHD1, CHD2, CHD3, CHD4, CHD5, CHKA, CHRNA2, CHRNA4, CHRNB2, CLCN2, CLCN3, CLCN4, CLDN5, CLN3, CLN5, CLN6, CLN8, CLPB, CLTC, CNKSR2, CNNM2, CNOT9, CNPY3, CNTN2, CNTNAP1, CNTNAP2, COG4, COG6, COG7, COG8, COL18A1, COL3A1, COL4A1, COL4A2, COL4A3BP, COQ2, COQ4, COQ6, COQ8A, COQ9, COX10, COX15, CP, CPA6, CPLX1, CPSF3, CPT2, CRADD, CREBBP, CRH, CSF1R, CSNK1E, CSNK2A1, CSNK2B, CSTA, CSTB, CTNNA2, CTSA, CTSD, CTSF, CTU2, CUL3, CUL4B, CUX2, CWF19L1, CXorf56, CYFIP2, CYP27A1, D2HGDH, DAG1, DBT, DCHS1, DCX, DDC, DDX3X, DEAF1, DEGS1, DENND5A, DEPDC5, DHCR24, DHCR7, DHDDS, DHFR, DHPS, DHX16, DHX30, DHX9, DIAPH1, DLD, DLG4, DLL1, DMRTA2, DMXL2, DNAH14, DNAJC5, DNAJC6, DNM1, DNM1L, DOCK7, DOHH, DOLK, DPAGT1, DPM1, DPM2, DPM3, DPYD, DROSHA, DYNC1H1, DYNC2H1, DYRK1A, EARS2, ECHS1, ECM1, EED, EEF1A2, EEF1B2, EFHC1, EFTUD2, EHMT1, EIF2AK2, EIF2B1, EIF2B2, EIF2B3, EIF2B4, EIF2B5, EIF2S3, EIF3F, EIF4A2, ELOVL4, EMC1, EMC10, EML1, EMX2, EOMES, EPG5, EPM2A, ERMARD, ESAM, ETFDH, ETHE1, EXOC7, EXOSC3, EXT2, FA2H, FAR1, FARS2, FASN, FASTKD2, FBXL4, FBXO11, FBXO28, FDFT1, FGD1, FGF12, FGF13, FGFR3, FH, FIG4, FKRP, FKTN, FLNA, FOLR1, FOXG1, FOXP1, FOXRED1, FRA10AC1, FRMD5, FRRS1L, FUCA1, FUK, FUT8, FZR1, GABBR2, GABRA1, GABRA2, GABRA3, GABRA4, GABRA5, GABRB1, GABRB2, GABRB3, GABRD, GABRG2, GAD1, GALC, GALNT2, GAMT, GATAD2B, GATM, GBA, GCDH, GCH1, GCSH, GFAP, GFM1, GLB1, GLDC, GLI2, GLI3, GLRA1, GLRB, GLS, GLUD1, GLUL, GLYCTK, GM2A, GMPPA, GMPPB, GNAI1, GNAO1, GNB1, GNB5, GNE, GNS, GOSR2, GOT2, GPAA1, GPC3, GPHN, GPSM2, GPT2, GRIA1, GRIA2, GRIA3, GRIA4, GRIK2, GRIN1, GRIN2A, GRIN2B, GRIN2D, GRM7, GRN, GSS, GTPBP2, GTPBP3, H3F3A, H3F3B, HACE1, HAX1, HCCS, HCFC1, HCN1, HCN2, HCN4, HDAC4, HDAC8, HECW2, HEPACAM, HEXA, HEXB, HGSNAT, HID1, HIVEP2, HLCS, HMGCL, HNRNPH2, HNRNPK, HNRNPR, HNRNPU, HOXA1, HPD, HPDL, HPRT1, HRAS, HSD17B10, HSD17B4, HSPD1, HTRA2, HTT, IARS2, IBA57, IDH2, IDS, IER3IP1, IFIH1, INTS8, IQSEC2, IRF2BPL, ISPD, ITGB4, ITPA, JARID2, JMJD1C, KANSL1, KARS, KAT5, KAT6A, KAT8, KATNB1, KCNA1, KCNA2, KCNA6, KCNAB2, KCNB1, KCNC1, KCNC2, KCND2, KCND3, KCNH1, KCNH2, KCNH5, KCNJ10, KCNJ11, KCNK4, KCNMA1, KCNN2, KCNQ2, KCNQ3, KCNQ5, KCNT1, KCNT2, KCNV2, KCTD3, KCTD7, KDM2B, KDM4B, KDM5A, KDM5C, KDM6A, KIAA1109, KIF1A, KIF1BP, KIF2A, KIF5A, KIF5B, KIF5C, KLHL20, KMT2A, KMT2B, KMT2D, KMT2E, KMT5B, KPNA7, KPTN, KRAS, KRIT1, L2HGDH, LAMA2, LAMC3, LARGE1, LARS, LBR, LGI1, LIAS, LIG3, LIPT2, LMBRD2, LMNB2, LMX1B, LNPK, LRBA, LRPPRC, LSS, LYST, MACF1, MADD, MAF, MANBA, MAP1B, MAP2K1, MAP2K2, MAPK10, MARCH6, MAST1, MAST3, MAST4, MBD5, MBOAT7, MCM3AP, MCOLN1, MCPH1, MDH1, MDH2, ME2, MECP2, MED11, MED12, MED13L, MED17, MED23, MED27, MEF2C, MFF, MFSD8, MGAT2, MINPP1, MLC1, MMACHC, MMADHC, MOCS1, MOCS2, MOGS, MPDU1, MTHFR, MTHFS, MTOR, MTR, MYCBP2, MYT1L, NAA10, NAA15, NACC1, NAGLU, NALCN, NAPB, NARS, NARS2, NAXE, NBEA, NCDN, NDE1, NDP, NDST1, NDUFA1, NDUFA10, NDUFA11, NDUFA2, NDUFA6, NDUFAF2, NDUFAF3, NDUFAF4, NDUFAF5, NDUFS1, NDUFS2, NDUFS3, NDUFS4, NDUFS6, NDUFS7, NDUFS8, NDUFV1, NECAP1, NEDD4L, NEU1, NEUROD2, NEXMIF, NF1, NGLY1, NHLRC1, NHLRC2, NIPBL, NOTCH3, NOVA2, NPC1, NPC2, NPHP1, NPRL2, NPRL3, NR2F1, NR4A2, NRAS, NRROS, NRXN1, NSD1, NSDHL, NSRP1, NTNG1, NTRK2, NUBPL, NUP214, NUS1, OCLN, OCRL, OFD1, OGDHL, OPHN1, OSGEP, OTUD5, OTUD6B, OTX2, OXR1, P4HTM, PACS1, PACS2, PAFAH1B1, PAH, PAK1, PAK2, PAK3, PANK2, PARP6, PARS2, PAX6, PC, PCCA, PCCB, PCDH12, PCDH19, PCDHGC4, PCLO, PCNT, PCYT2, PDCD10, PDE2A, PDHA1, PDHX, PDSS2, PET100, PEX1, PEX10, PEX12, PEX13, PEX14, PEX19, PEX2, PEX26, PEX3, PEX5, PEX6, PEX7, PGAP2, PGAP3, PGK1, PHACTR1, PHF21A, PHF6, PHGDH, PI4K2A, PIDD1, PIGA, PIGB, PIGC, PIGF, PIGG, PIGH, PIGK, PIGL, PIGM, PIGN, PIGO, PIGP, PIGQ, PIGS, PIGT, PIGU, PIGV, PIGW, PIK3C2B, PIK3CA, PIK3R2, PINK1, PIP5K1C, PLA2G6, PLAA, PLCB1, PLK1, PLP1, PLPBP, PLXNA1, PLXNC1, PMM2, PMPCB, PNKP, PNPLA8, PNPO, PNPT1, POGZ, POLG, POLG2, POLR1A, POLR3B, POMGNT1, POMGNT2, POMK, POMT1, POMT2, POU3F3, PPFIBP1, PPIL1, PPP2CA, PPP2R1A, PPP2R5D, PPP3CA, PPT1, PQBP1, PRDM8, PRICKLE1, PRICKLE2, PRIMA1, PRMT7, PRNP, PRODH, PRPF8, PRRT2, PRUNE1, PSAP, PSAT1, PSPH, PTBP1, PTCH1, PTEN, PTF1A, PTPN11, PTPN23, PTS, PUF60, PUM1, PURA, PUS3, QARS, QDPR, RAB11A, RAB11B, RAB18, RAB39B, RAB3GAP1, RAB3GAP2, RAB5C, RABGAP1, RAC3, RAI1, RALA, RALGAPA1, RAPGEF2, RARS2, RBFOX1, RBFOX3, RELN, RERE, RFT1, RHOBTB2, RMND1, RNASEH2A, RNASEH2B, RNASEH2C, RNASET2, RNF113A, RNF13, RNU4ATAC, ROGDI, RORA, RORB, RPGRIP1L, RPH3A, RPIA, RPS6KA3, RRM2B, RTN4IP1, RTTN, RUSC2, RXYLT1, RYR3, SACS, SAMD12, SAMHD1, SATB1, SATB2, SCAF4, SCAMP5, SCARB2, SCN10A, SCN1A, SCN1B, SCN2A, SCN3A, SCN4A, SCN5A, SCN8A, SCN9A, SCO1, SCO2, SDHA, SEMA6B, SEPSECS, SERAC1, SERPINI1, SETBP1, SETD1A, SETD1B, SETD5, SGSH, SHANK3, SHH, SHOC2, SIK1, SIX3, SLC12A5, SLC13A5, SLC16A2, SLC17A5, SLC19A3, SLC1A2, SLC1A3, SLC1A4, SLC22A5, SLC25A1, SLC25A12, SLC25A15, SLC25A19, SLC25A22, SLC2A1, SLC32A1, SLC35A1, SLC35A2, SLC35A3, SLC35C1, SLC38A3, SLC39A8, SLC45A1, SLC46A1, SLC4A10, SLC5A6, SLC6A1, SLC6A8, SLC7A6OS, SLC9A6, SMARCA2, SMARCA4, SMARCB1, SMARCC2, SMARCE1, SMC1A, SMC3, SMS, SNAP25, SNAP29, SNIP1, SNX27, SON, SOX11, SOX2, SPATA5, SPATA5L1, SPR, SPRED1, SPTAN1, SPTBN1, SPTBN4, SRCAP, SRGAP2, ST3GAL3, ST3GAL5, STAG1, STAMBP, STARD7, STIL, STRADA, STX1A, STX1B, STXBP1, SUCLA2, SUCLG1, SUMF1, SUOX, SURF1, SYN1, SYNE1, SYNGAP1, SYNJ1, SYP, SZT2, TACO1, TAF1C, TAF8, TANC2, TANGO2, TAOK1, TARS2, TBC1D20, TBC1D24, TBC1D2B, TBC1D7, TBCD, TBCK, TBL1XR1, TBX1, TBX19, TCEAL1, TCF4, TDP2, TELO2, TET3, TFE3, TGIF1, THG1L, THOC2, TIAM1, TIMM50, TK2, TLK2, TMEM106B, TMEM222, TMEM63B, TMEM67, TMEM70, TMTC3, TMX2, TNK2, TNPO2, TNRC6A, TPK1, TPP1, TRA2B, TRAF7, TRAK1, TRAPPC10, TRAPPC11, TRAPPC12, TRAPPC4, TRAPPC6B, TREM2, TREX1, TRIM8, TRIO, TRIP12, TRIT1, TRMT1, TRMT10A, TRPM3, TRPM6, TRRAP, TSC1, TSC2, TSEN15, TSEN2, TSEN34, TSEN54, TSFM, TSPYL1, TTC5, TUBA1A, TUBA8, TUBB, TUBB2A, TUBB2B, TUBB3, TUBB4A, TUBG1, TUBGCP2, TUBGCP6, TWNK, U2AF2, UBA5, UBAP2L, UBE2A, UBE3A, UBR7, UBTF, UFM1, UFSP2, UGDH, UGGT1, UGP2, UMPS, UNC79, UNC80, USP18, VAMP2, VARS, VARS2, VLDLR, VPS11, VPS13A, VPS13B, VPS13D, VPS4A, WAC, WARS2, WASF1, WASHC4, WDFY3, WDR26, WDR37, WDR45, WDR45B, WDR5, WDR62, WDR73, WNK3, WWOX, XPR1, YEATS2, YIF1B, YIPF5, YWHAE, YWHAG, ZBTB18, ZDHHC9, ZEB2, ZIC2, ZMIZ1, ZMYND11, ZMYND8, ZNF142, ZNF148, ZNF335, ZNF526, ZNHIT3, ZSWIM6 ( 1057遺伝子 )

このパネルには、以下のような重要な遺伝子群が含まれています：

・イオンチャネル遺伝子群：
SCN1A, SCN2A, SCN3A, SCN8A（ナトリウムチャネル）、KCNQ2, KCNQ3, KCNT1（カリウムチャネル）、CACNA1A, CACNA1H（カルシウムチャネル）など。これらの遺伝子は神経細胞の興奮性を調節し、多くのてんかん症候群の原因となります。

・シナプス関連遺伝子：
STXBP1, SYN1, GABRA1, GABRB2, GABRG2, GRIN2A, GRIN2Bなど。神経伝達物質の放出や受容に関与します。

・代謝関連遺伝子：
ALDH7A1（ピリドキシン依存性てんかん）、PNPO（ピリドキサミン5′-リン酸オキシダーゼ欠損症）、AMT（非ケトーシス型高グリシン血症）など。

・脳発達関連遺伝子：
ARX, DCX, TUBA1A, TUBB2B, LIS1（脳の発達や神経細胞の移動に関与）など。

・転写因子遺伝子：
FOXG1, MEF2C, TCF4, CHD2など。遺伝子発現の調節に関与します。

・進行性ミオクローヌスてんかん関連遺伝子：
EPM2A, NHLRC1（ラフォラ病）、CSTB（Unverricht-Lundborg病）、CLN3, CLN5, CLN6, CLN8, PPT1, TPP1（神経セロイドリポフスチン症）など。

すべての配列決定技術には限界があります。この分析は次世代シーケンシング（NGS）により実施され、コード領域とスプライス接合部の検査を目的として設計されています。次世代シーケンシング技術と当院のバイオインフォマティクス分析により、偽遺伝子配列やその他の高度に相同な配列の寄与は大幅に減少しますが、これらは配列決定および欠失/重複分析の両方において病原性変異体対立遺伝子を同定するアッセイの技術的能力を時に妨げる可能性があります。

低品質スコアの変異確認および被覆標準を満たすためにサンガー配列決定が使用されます。注文された場合、欠失/重複分析は、１つの完全な遺伝子（頬粘膜スワブ検体および全血検体）および2つ以上の連続するエキソンサイズ（全血検体のみ）のゲノム領域の変化を同定できます。単一エキソンの欠失または重複が時に同定される場合がありますが、この検査では日常的に検出されません。同定された推定欠失または重複は、直交法（qPCRまたはMLPA）により確認されます。

この検査では、疾患を引き起こす可能性がある特定のタイプのゲノム変化は検出されません。これには、転座や逆位、反復伸長（例：三塩基またはヘキサ塩基）、ほとんどの調節領域（プロモーター領域）または深部イントロン領域（エキソンから20bp以上）の変化が含まれますが、これらに限定されません。この検査は体細胞モザイクまたは体細胞変異の検出を目的として設計または検証されていません。

遺伝子特異的な注意事項：

・ALG1遺伝子：高度に相同な領域の干渉により、当院の現在の検査方法では、ALG1遺伝子（NM_019109.4）のエキソン6-13における変異の検出感度が低下します。

・MECP2遺伝子：現在利用可能な技術（NGSおよびqPCR）では、MECP2遺伝子のエキソン1の単一エキソン欠失/重複の検出に適していません。

・MTHFR遺伝子：米国臨床遺伝ゲノム学会（ACMG）の推奨に従い、MTHFR遺伝子の2つの一般的な多型 – c.1286A>C（p.Glu429Ala、c.1298A>Cとしても知られる）およびc.665C>T（p.Ala222Val、c.677C>Tとしても知られる） – は、検査を正当化する十分な臨床的有用性が欠如しているため、この検査では報告されません（PubMed: 23288205）。

・PIK3CA遺伝子：PIK3CA病原性変異の大部分は接合後に生じるため、モザイク型となっています。したがって、複数の組織を検査する必要がある場合があります。PIK3CA病原性変異が検出されなくても、示唆的な特徴を持つ個人におけるPIK3CA関連分節性過成長障害の臨床診断を除外することはできません（PubMed: 23946963）。

・ZIC2遺伝子：現在の検査方法では、この遺伝子の三塩基反復伸長を評価しません。

※この検査は、てんかんに関連する既知の遺伝子変異を検出するものですが、すべてのてんかんの原因を特定できるわけではありません。検査で病原性変異が検出されなくても、てんかんを完全に否定することはできません。