先天性肝線維症NGS遺伝子検査パネル｜ミネルバクリニック

AHI1, ARL13B, ARL6, BBS1, BBS10, BBS12, BBS2, BBS4, BBS5, BBS7, BBS9, CC2D2A, CEP290, EVC, EVC2, GLIS2, IFT80, INVS, IQCB1, MKKS, MKS1, NEK8, NPHP1, NPHP3, NPHP4, OFD1, PKD1, PKD2, PKHD1, RPGRIP1L, TMEM67, TRIM32, TTC21B, TTC8 ( 34遺伝子 )

各遺伝子の詳細：
・PKHD1遺伝子（最重要）：
fibrocystin/polyductinをコードする遺伝子。一次繊毛に局在し、常染色体劣性多発性嚢胞腎（ARPKD）と先天性肝線維症の主要な原因遺伝子です。変異により胆管板のremodelingが障害され、門脈域の線維化が進行します。

・PKD1、PKD2遺伝子：
主に常染色体優性多発性嚢胞腎（ADPKD）の原因となる遺伝子ですが、一部の症例で先天性肝線維症を合併します。PKD1はpolycystin-1を、PKD2はpolycystin-2（TRPチャネル）をコードします。

・NPHP1、NPHP3、NPHP4遺伝子：
腎髄質嚢胞性疾患（nephronophthisis）の原因遺伝子で、先天性肝線維症を合併することがあります。それぞれnephrocystin-1、nephrocystin-3、nephrocystin-4をコードします。

・AHI1遺伝子：
Joubert症候群の主要な原因遺伝子の一つで、一次繊毛の形成と機能に関与します。小脳虫部低形成、発達遅滞とともに先天性肝線維症を合併することがあります。

・CC2D2A遺伝子：
Joubert症候群およびMeckel-Gruber症候群の原因遺伝子。一次繊毛の形成に重要な役割を果たします。

・CEP290遺伝子：
Joubert症候群、Meckel-Gruber症候群、Senior-Løken症候群など、複数の繊毛病症候群の原因となる重要な遺伝子。中心体タンパク質をコードします。

・RPGRIP1L遺伝子：
Joubert症候群およびMeckel-Gruber症候群の原因遺伝子。一次繊毛の基部に局在します。

・TMEM67（MKS3）遺伝子：
Joubert症候群およびMeckel-Gruber症候群の原因遺伝子。一次繊毛の膜タンパク質をコードします。

・MKS1遺伝子：
Meckel-Gruber症候群の原因遺伝子。一次繊毛の基部に局在し、繊毛形成に関与します。

・BBS遺伝子群（BBS1、BBS2、BBS4、BBS5、BBS7、BBS9、BBS10、BBS12）：
Bardet-Biedl症候群の原因遺伝子群。網膜色素変性症、肥満、多指症、知的障害、腎機能障害などを特徴とし、先天性肝線維症を合併することがあります。これらの遺伝子はBBSome複合体を形成し、一次繊毛の機能に重要です。

・ARL6（BBS3）遺伝子：
Bardet-Biedl症候群の原因遺伝子。小GTPアーゼファミリーに属し、繊毛内輸送に関与します。

・MKKS（BBS6）遺伝子：
Bardet-Biedl症候群およびMcKusick-Kaufman症候群の原因遺伝子。シャペロンタンパク質をコードします。

・TRIM32（BBS11）遺伝子：
Bardet-Biedl症候群の原因遺伝子の一つ。ユビキチンリガーゼをコードします。

・TTC8（BBS8）遺伝子：
Bardet-Biedl症候群の原因遺伝子。BBSome複合体の構成要素です。

・EVC、EVC2遺伝子：
Ellis-van Creveld症候群（軟骨外胚葉異形成症）の原因遺伝子。四肢短縮、多指症、歯牙異常、心血管奇形とともに先天性肝線維症を合併することがあります。一次繊毛の基部に局在します。

・IQCB1（NPHP5）遺伝子：
Senior-Løken症候群（腎髄質嚢胞性疾患と網膜色素変性症）の原因遺伝子。一次繊毛に局在します。

・NEK8（NPHP9）遺伝子：
腎髄質嚢胞性疾患の原因遺伝子。セリン/トレオニンキナーゼをコードします。

・INVS（NPHP2）遺伝子：
乳児型腎髄質嚢胞性疾患の原因遺伝子。インバーシンをコードし、細胞分裂と繊毛形成に関与します。

・GLIS2遺伝子：
腎髄質嚢胞性疾患の原因遺伝子。転写因子をコードし、腎臓の発生と分化に重要です。

・IFT80遺伝子：
繊毛内輸送（intraflagellar transport）に関与する遺伝子。先天性肝線維症を伴う腎疾患の原因となります。

・TTC21B（IFT139）遺伝子：
繊毛内輸送に関与する遺伝子。腎髄質嚢胞性疾患と先天性肝線維症の原因となります。

・ARL13B遺伝子：
一次繊毛の膜に局在する小GTPアーゼ。Joubert症候群の原因遺伝子の一つです。

・OFD1遺伝子：
口顔指症候群I型（Oral-facial-digital syndrome type I）の原因遺伝子。X連鎖遺伝形式で、先天性肝線維症を合併することがあります。中心体と一次繊毛の基部に局在します。

すべての配列決定技術には限界があります。この分析は次世代シーケンシング（NGS）により実施され、コード領域とスプライス接合部の検査を目的として設計されています。次世代シーケンシング技術と当院のバイオインフォマティクス分析により、偽遺伝子配列やその他の高度に相同な配列の寄与は大幅に減少しますが、これらは配列決定および欠失/重複分析の両方において病原性変異体対立遺伝子を同定するアッセイの技術的能力を時に妨げる可能性があります。

低品質スコアの変異確認および被覆標準を満たすためにサンガー配列決定が使用されます。注文された場合、欠失/重複分析は、１つの完全な遺伝子（頬粘膜スワブ検体および全血検体）および2つ以上の連続するエキソンサイズ（全血検体のみ）のゲノム領域の変化を同定できます。単一エキソンの欠失または重複が時に同定される場合がありますが、この検査では日常的に検出されません。同定された推定欠失または重複は、直交法（qPCRまたはMLPA）により確認されます。

この検査では、疾患を引き起こす可能性がある特定のタイプのゲノム変化は検出されません。これには、転座や逆位、反復伸長（例：三塩基またはヘキサ塩基）、ほとんどの調節領域（プロモーター領域）または深部イントロン領域（エキソンから20bp以上）の変化が含まれますが、これらに限定されません。この検査は体細胞モザイクまたは体細胞変異の検出を目的として設計または検証されていません。

※この検査パネルでは、34の原因遺伝子のみを対象としています。先天性肝線維症は遺伝学的に多様性が高く、まだ同定されていない原因遺伝子が存在する可能性があります。検査で病原性変異が検出されなくても、疾患を完全に否定することはできません。また、臨床診断が重要であり、画像検査や病理組織学的検査による診断も必要です。