遺伝子のローカスタイプとは、各遺伝子エントリの齋の遺伝子クラス分類のことを指す。HGNCの全遺伝子座のタイプを以下に示す。
- gene with protein product
- タンパク質コード遺伝子（タンパク質が予測され、機能が不明な場合がある）(SO:0001217)
- RNA, cluster
- small non-coding RNA遺伝子のクラスターを含む領域。
- RNA, long non-coding
- long non-coding RNA（lncRNA）をコードする非タンパク質コード遺伝子（SO:0001877）；これらは少なくとも200ntの長さである。サブタイプには、インタージェニック（SO:0001463）、イントロン（SO:0001903）、アンチセンス（SO:0001904）が含まれる。
- マイクロRNA
- マイクロRNA(miRNA)をコードする非タンパク質コード遺伝子 (SO:0001265)
- リボソームRNA
- リボソームRNA(rRNA)をコードする非タンパク質コード化遺伝子 (SO:0001637)
- RNA, small nuclear
- small nuclear RNA(snRNA)をコードする非タンパク質コード化遺伝子 (SO:0001268)
- RNA, small nucleolar
- C/DまたはH/ACAボックスドメインを含む核小体RNA(snoRNA)をコードする非タンパクコード遺伝子 (SO:0001267)
- RNA, small cytoplasmic
- 小細胞質RNA(scRNA)をコードする非タンパク質コーディング遺伝子 (SO:0001266)
- RNA, transfer
- トランスファーRNA(tRNA)をコードする非タンパク質コード化遺伝子 (SO:0001272)
- RNA, small misc
- vault (SO:0000404) やY (SO:0000405) RNA遺伝子など、様々な種類の低分子ncRNAをコードする非タンパク質コーディング遺伝子。
- 表現型のみ
- 原因遺伝子が特定されていないマッピングされた表現型(SO:0001500)
- 偽遺伝子
- タンパク質コード遺伝子に類似しているが、機能的なタンパク質をコードしていないゲノムDNA配列 (SO:0000336)
- 複合遺伝子座の構成要素
- 指定された複合遺伝子座の一部である転写単位
- 内在性レトロウイルス
- 生殖系列を通じて伝達される統合型レトロウイルス要素(SO:0000100)
- 脆弱部位
- DNAが切断されやすい染色体上の遺伝性遺伝子座
- 免疫グロブリン遺伝子
- 体細胞組み換えを起こし、重鎖または軽鎖免疫グロブリン遺伝子を形成する遺伝子セグメント(SO:0000460)。また、体細胞組み換えができない、あるいは正しく折り畳まれないと予測されるペプチドをコードするオープンリーディングフレームを持つ免疫グロブリン遺伝子セグメントも含まれ、これらは遺伝子名に「非機能性」という用語を含めることで識別される。
- 免疫グロブリン偽遺伝子
- フレームシフト変異やオープンリーディングフレーム内のストップコドンのために不活性化された免疫グロブリン遺伝子セグメント。
- プロトカドヘリン
- 3つのクラスター型プロトカドヘリン（アルファ、ベータ、ガンマ）を構成する遺伝子セグメント。
- リードスルー
- 2つ以上の遺伝子のコード配列を含む自然に発生する転写物で、個別に転写されることもある。
- リージョン
- 1つ以上の遺伝子を含むゲノム配列の範囲、他のタイプに分類されない非遺伝子領域にも適用される
- T細胞受容体遺伝子
- 体細胞組み換えにより、α、β、γまたはδ鎖T細胞受容体遺伝子を形成する遺伝子セグメント(SO:0000460)。また、体細胞組み換えができないか、正しく折りたたまれることが予測されないペプチドをコードするオープンリーディングフレームを持つT細胞受容体遺伝子セグメントも含まれ、これらは遺伝子名に「非機能性」という用語を含めることによって同定される。
- T細胞受容体偽遺伝子
- フレームシフト変異やオープンリーディングフレーム中のストップコドンのために不活性化されたT細胞受容体遺伝子セグメント。
- transposable element
- ゲノム内の新しい場所に移動（レトロトランスポーズ）できる反復性DNAセグメント（SO:0000101）
- 不明
- 遺伝子座のタイプが現在不明なエントリ
- virus integration site
- ウイルスDNAがゲノムに統合される際の標的配列。
この記事の筆者：仲田洋美（医師）
