RPKMはReads per kilo base of transcript per million mapped readsの略で、マップされた100万リードあたりの転写産物1キロ塩基あたりのリード数をいう。遺伝子や転写産物の発現量(mRNA abundance)を測定する遺伝子発現単位である。RPKMは、遺伝子長を正規化した発現単位であり、異なる実験条件下でRPKM値を比較することにより、発現量の異なる遺伝子を特定するために使用される。一般に、ある遺伝子のRPKMが高いほど、その遺伝子の発現量が多いことを意味する。