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SLX4遺伝子
承認済シンボル：SLX4
遺伝子名：SLX4 structure-specific endonuclease subunit
参照：
HGNC: 23845
NCBI：84464
遺伝子OMIM番号613278
Ensembl :ENSG00000188827
UCSC : uc002cvp.3
AllianceGenome : HGNC : 23845
遺伝子のlocus type :タンパク質をコードする
遺伝子のグループ：BTB domain containing, FA complementation groups
遺伝子座: 16p13.3
SLX4遺伝子の機能
SLX4遺伝子産物は、様々な構造特異的エンドヌクレアーゼと相互作用し、その活性を高める制御サブユニット。複製や組換えの中間体、DNA損傷に由来する様々な形の有害なDNA構造を分解することにより、ゲノムの安定性を守るいくつかの異なる役割を持つ。SLX1-SLX4構造特異的エンドヌクレアーゼの構成要素であり、DNA修復や組み換えの際に生じるDNA二次構造を分解する。分岐DNA基質に対してエンドヌクレアーゼ活性を持ち、ss-DNAとの接合部近傍の二重鎖DNAに一本鎖切断を導入する。5′-フラップ構造を好み、静止および移動するホリデイジャンクション（HJ）の対称的切断を促進する。2対のライゲーション可能なニッキングされた二重鎖生成物を生成することにより、HJを解消する。構造特異的ERCC4–ERCC1エンドヌクレアーゼと相互作用し、バブル構造の切断を促進する。構造特異的MUS81- EME1エンドヌクレアーゼと相互作用し、3′-フラップおよび複製フォーク様構造の切断を促進する。SLX4はアルキル化誘導DNA損傷からの回復に必要であり、DNA二本鎖切断の解消に関与している。
SLX4遺伝子は、複数の構造特異的エンドヌクレアーゼのアセンブリーコンポーネントとして機能するタンパク質をコードしている。これらのエンドヌクレアーゼ複合体は、特定のタイプのDNA損傷の修復に必要であり、複製フォーク失敗に対する細胞応答に重要である。この遺伝子の変異は、ファンコニー貧血患者に見られる。2016年9月、RefSeqより提供。
SLX4遺伝子の発現
精巣（RPKM 5.9）、リンパ節（RPKM 2.0）、その他22組織で幅広く発現
SLX4遺伝子と関係のある疾患
※OMIIMの中括弧”{ }”は、多因子疾患または感染症に対する感受性に寄与する変異を示す。[ ]は「非疾患」を示し、主に検査値の異常をもたらす遺伝的変異を示す。クエスチョンマーク”? “は、表現型と遺伝子の関係が仮のものであることを示す。エントリ番号の前の数字記号(#)は、記述的なエントリであること、通常は表現型であり、固有の遺伝子座を表さないことを示す。
Fanconi anemia, complementation group P ファンコニ貧血相補性グループP
613951
AR 3
Fanconi anemia of complementation group P（FANCP）は、染色体16p13上のSLX4遺伝子（613278）のホモ接合または複合ヘテロ接合変異により発症するため、本項目では番号記号（#）を使用している。
ファンコニー貧血は常染色体劣性遺伝性疾患であり、染色体不安定性の増大と進行性の骨髄不全を特徴とする。一部の患者は骨格異常を有する（Kimらによる要約、2011年）。
ファンコニー貧血（FA）の一般的な説明および遺伝的不均一性の議論については、227650を参照のこと。
臨床的特徴
SLX4遺伝子の両アレル性病原性変異体はファンコニ貧血のまれな原因である。ファンコニ貧血では小児期に進行性の汎血球減少症を発症し、思春期から成人期にかけて骨髄異形成症候群や急性骨髄性白血病への移行がみられることが多く、成人期に頭頸部などの発癌リスクが増加する。 SLX4の両アレル性病原性変異体はファンコニ貧血のまれな原因である。
ファンコニ貧血では小児期に進行性の汎血球減少症を発症し、思春期から成人期にかけて骨髄異形成症候群や急性骨髄性白血病への移行がみられることが多く、成人期に頭頸部などの発癌リスクが増加する。
Stoepkerら（2011）は、血縁関係のある両親から生まれた、成長遅延、小頭症、色素沈着、母指異常、難聴を有するオランダ人の男児を報告し、9歳の時に汎血球減少症と診断された。また、アーモンド形の小さな目、球根状の鼻先、小顎症などの異形顔貌を有していた。背中に色素沈着があり、腎臓に異常はなかった。リンパ球培養では、ファンコニー貧血と一致する自然発生的および誘発的染色体切断と異常の増加が認められた。もう1つの家族では、3人のドイツ人兄妹に成長遅延と汎血球減少がみられた。1人には馬蹄腎があり、もう1人にはカフェ・オ・レ斑があったが、それ以外の身体的異常は報告されなかった。これらの患者のリンパ芽細胞はマイトマイシンCに感受性があったが、カンプトテシンには感受性がなかった。
Kimら（2011年）は、血縁関係のないFANCP患者2人を報告した。1人の患者は南インド出身の15歳の少女で、9歳の時に孤立性血小板減少症を呈した。彼女は低身長で白斑があった。もう1人の患者はヨーロッパ系のアメリカ人男性で、両側欠指と右橈骨無形成、骨盤腎、停留左睾丸、奇形耳介、低身長、低血小板と貧血を有していた。21歳で舌の扁平上皮癌を発症し、22歳で死亡した。両患者のリンパ芽細胞および線維芽細胞は、マイトマイシンCおよびカンプトテシンへの曝露により、多様な染色体不安定性を示した。
分子遺伝学
Stoepkerら（2011）Stoepkerら（2011）は、血縁関係にある両親から生まれたFANCPのオランダ人男児において、SLX4遺伝子のホモ接合体切断変異（613278.0001）を同定した。この遺伝子は、DNA修復経路の足場タンパク質としての機能が知られていたため、研究の対象に選ばれた。Stoepkerら(2011)はまた、FANCPの表現型がより軽度である3人のドイツ人兄妹において、タンパク質機能が残存するSLX4遺伝子の複合ヘテロ接合体変異(613278.0002–613278.0003)を同定した。
Kimら（2011）は、血縁関係のないFANCP患者2人において、SLX4遺伝子の二遺伝子間変異（613278.0004–613278.0006）を同定した。
この記事の著者：仲田洋美（医師）
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この記事の筆者：仲田洋美（医師）
