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BAP1

承認済シンボルBAP1
遺伝子BRCA1 associated protein 1
参照:
HGNC: 950
AllianceGenome : HGNC : 950
NCBI8314
遺伝子OMIM番号603089
Ensembl :ENSG00000163930
UCSC : uc003ddx.5

遺伝子のlocus type :タンパク質をコードする
遺伝子のグループ:Ubiquitin C-terminal hydrolases
遺伝子座: 3p21.1

遺伝子の別名

BRCA1 associated protein-1 (ubiquitin carboxy-terminal hydrolase)
cerebral protein 6
cerebral protein-13
HUCEP-13
hucep-6
KIAA0272
ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase BAP1
UCHL2

概要

BAP1遺伝子は、ユビキチンカルボキシル末端ヒドロラーゼBAP1というタンパク質をコードする指令を提供します。このタンパク質は脱ユビキチナーゼとして機能し、特定のタンパク質からユビキチンという分子を除去することで、タンパク質の活性や他のタンパク質との相互作用に影響を与えます。ユビキチンの「タグ」はタンパク質の分解を促進しますが、BAP1によるユビキチンの除去は、細胞内の多様なプロセスに関与するタンパク質の機能を制御するのに役立ちます。

BAP1タンパク質は、細胞の成長、分裂(増殖)、細胞死の制御に重要な役割を果たしていると考えられています。特に、細胞が自己複製を行う細胞周期の過程に関与し、DNAの損傷の修復や遺伝子の活性の制御に寄与していると示唆されています。

BAP1タンパク質の正確なメカニズムはまだ完全には解明されていませんが、腫瘍抑制因子としての働きがあることが知られています。腫瘍抑制タンパク質は、細胞の急速な増殖や制御不能な分裂を防ぐのに役立ち、がんの発生や進行を抑制する機能を持っています。このため、BAP1の異常や変異は、がんのリスクを高める可能性があります。

遺伝子と関係のある疾患

{Uveal melanoma, susceptibility to, 2} ブドウ膜メラノーマ感受性2 606661 AD  3

Kury-Isidor syndrome Kury-Isidor症候群 619762 AD  3

Tumor predisposition syndrome 1  腫瘍感受性症候群1  614327 AD  3

遺伝子の発現とクローニング

Nagaseら(1996)は、BAP1 cDNAを単離し、それをKIAA0272と命名しました。その後、Jensenら(1998)は、BRCA1のRINGフィンガードメインと相互作用するタンパク質を酵母2ハイブリッドスクリーニングを用いて同定し、このタンパク質を「BRCA1-associated protein-1」(BAP1)と名付けました。彼らはマウス胚とヒト成体B細胞からBAP1をコードするcDNAを回収し、729アミノ酸のヒトタンパク質のN末端がユビキチンC末端ヒドロラーゼと相同性を示すことを発見しました。BAP1はUCH活性を持ち、BRCA1との会合や核内局在パターンの重複を示しましたが、BRCA1の特定の変異体には結合しなかったことも示されました。BAP1はBRCA1が介在する乳がん細胞の増殖抑制を増強し、すべてのヒト組織で発現すること、およびマウスの乳房発達とリモデリングにおいてBRCA1と共発現することが明らかになりました。

マッピング

Nagaseら(1996年)は放射線ハイブリッドの解析を用いて、BAP1遺伝子を3番染色体マッピングしました。その後、Jensenら(1998年)は蛍光in situハイブリダイゼーションFISH)技術を用いて、より具体的にBAP1遺伝子を3番染色体の短腕(p)の21.3領域に位置づけました。

この3p21.3領域は、乳がんと肺がんにおける重要な遺伝的変異が頻繁に見られる領域として知られています。乳がんでは、この領域でヘテロ接合性欠損が観察され、肺がんではこの領域の欠失が一般的です。BAP1遺伝子の位置がこの重要な領域にあることは、BAP1が腫瘍抑制遺伝子としての役割を持つことを示唆しています。この位置情報は、がんの研究や治療戦略の開発において重要な意味を持ちます。

遺伝子の機能

BAP1遺伝子は、ユビキチンC末端ヒドロラーゼサブファミリーに属する脱ユビキチン化酵素であり、タンパク質からユビキチンを除去する役割を担っています。この遺伝子は、乳がん1型感受性タンパク質(BRCA1)のRINGフィンガードメインと結合し、がん抑制因子としての機能を果たします。さらに、BAP1は転写制御、細胞周期と成長の制御、DNA損傷応答、クロマチンダイナミクスといった幅広い細胞プロセスに関与しているとされています。

特に重要なのは、BAP1遺伝子の生殖細胞変異が、悪性中皮腫、ブドウ膜メラノーマ、皮膚メラノーマなどのがんのリスクを増加させる腫瘍素因症候群(TPDS)と関連している可能性があることです。この遺伝的変異は、これらのがんの発生リスクを高めることが知られており、がんの予防や早期発見、治療戦略において重要な意味を持ちます。

このようにBAP1遺伝子は、がん抑制、細胞プロセスの調節、特定のがんのリスク増加に関与するなど、多面的な役割を持つ重要な遺伝子として認識されています。

BAP1遺伝子の機能に関する複数の研究が示す重要な発見をまとめると以下のようになります。

Jensenら(1998年)は、肺細胞株でBAP1遺伝子のホモ接合性再配列と欠失を発見し、BAP1がBRCA1成長制御経路で機能する癌抑制遺伝子であると提唱しました。

Deyら(2012年)は、マウスのBAP1遺伝子の欠失が胚発生期には致死的であり、成体での全身性または造血制限性の欠失がヒトの骨髄異形成症候群の特徴を再現することを示しました。BAP1は、HCF1、OGT、ASXL1、ASXL2と相互作用し、これらのエピジェネティック制御因子の安定化に重要な役割を担っています。

Bononiら(2017年)は、BAP1が小胞体に局在し、IP3R3と結合して脱ユビキチン化し、安定化させ、カルシウム放出とアポトーシスを促進することを発見しました。BAP1の低下は、DNA損傷に耐える細胞の割合を高め、細胞の形質転換率を高めることが示されました。

Heら(2019年)は、BAP1の不活性化が特定の細胞タイプでアポトーシスを引き起こすが、メラノサイトや中皮細胞では引き起こさないことを示しました。BAP1欠損は、RNF2依存的アポトーシスプログラムに関与しない細胞でのみ腫瘍化を促進すると結論づけられました。

Xiongら(2020年)は、BAP1がマウス造血幹細胞のHoxa1発現を促進し、グルタミル化およびユビキチン化による調節を受けることを見出しました。BAP1の分解は、造血幹細胞の自己複製と造血を促進しました。

これらの研究は、BAP1遺伝子が複数の細胞プロセスと関連疾患において重要な役割を果たしていることを示しています。

分子遺伝学

BAP1遺伝子の体細胞変異について

BAP1遺伝子はがん細胞でがん抑制機能を果たし、特定の乳がんや肺がんのサンプルでの変異が報告されています。Harbourら(2010年)は、転移性が高いブドウ膜黒色腫のサンプルにおいて、BAP1遺伝子における体細胞変異を発見しました。これらの変異は、タンパク質の機能を早期に終わらせるものや、特定のドメインに影響を与えるものでした。この発見から、ブドウ膜黒色腫の転移にはBAP1の欠損が関与している可能性が高いと結論付けられました。

Bottら(2011年)は、胸膜中皮腫のサンプルを分析し、BAP1遺伝子の変異やコピー数の変化を観察しました。発現している中皮腫細胞株でBAP1をノックダウンすると、細胞周期の異常と遺伝子の発現変化が見られました。これは、BAP1の欠損ががんの発生に重要な役割を果たしていることを示唆しています。

Wiesnerら(2011年)は、散発性のメラノサイト系新生物患者の腫瘍において、BAP1遺伝子の変異を調査しました。この研究では、ブドウ膜黒色腫や皮膚黒色腫などでBAP1の変異が見つかり、これらの変異が新生物の種類に影響を与えている可能性が示唆されました。

Pena-Llopisら(2012年)は、明細胞腎細胞癌のサンプルにおいてもBAP1の体細胞変異を発見し、これががん抑制遺伝子としての役割を果たしている可能性を示しました。また、Deyら(2012年)は、BAP1の変異が難治性の細胞減少症や多系統異形成と関連していることを発見しました。

Jiaoら(2013年)とChan-onら(2013年)は、肝内胆管がんのサンプルにおいてもBAP1の変異を検出しました。これらの研究は、BAP1遺伝子の変異が多様ながん種において重要な役割を果たしていることを示唆しています。

、腫瘍素因症候群1(Tumor Predisposition Syndrome 1;TPDS1)

このテキストは、腫瘍素因症候群1(TPDS1)とその関連遺伝子、特にBAP1遺伝子の研究に関するものです。

Wiesnerら(2011):
TPDS1の家系の3人の罹患者の皮膚腫瘍の50%で3p染色体の欠損を発見。
BAP1遺伝子のヘテロ接合性の生殖細胞系列変異(603089.0001)を特定。
皮膚腫瘍とぶどう膜黒色腫でBAP1の欠損確認。
他の腫瘍では異なる体細胞メカニズムによるBAP1の欠損を観察。
BAP1核発現の消失を免疫組織化学的研究で確認。
悪性化リスクが低いことを示唆。

Testaら(2011年):
アスベスト関連悪性中皮腫を有する2家系でBAP1遺伝子の2つの異なるヘテロ接合体変異(603089.0003、603089.0004)を同定。
これらの家族の悪性中皮腫腫瘍で3p21におけるBAP1の欠損を発見。
BAP1核発現の消失を腫瘍組織で確認。

Abdel-Rahmanら(2011年):
ぶどう膜黒色腫と家族性がん症候群の証拠を有するプロバンドの中で、BAP1遺伝子のヘテロ接合性の生殖細胞系列変異(603089.0007)を同定。
肺腺癌、皮膚黒色腫、髄膜腫を含む種々の癌と分離。

Popovaら(2013年):
腎細胞がん(RCC)を特徴とする腫瘍素因症候群を有する大家族で、BAP1遺伝子のヘテロ接合性生殖細胞変異(603089.0008)を同定。
RCCにおけるBAP1のヘテロ接合性の消失を確認。

Carboneら(2015):
TPDS1を有する欧州由来の大規模な多世代血族でBAP1遺伝子のヘテロ接合性生殖細胞系列フレームシフト変異(603089.0015)を同定。
BAP1の核局在シグナルの欠如と細胞質局在のみを確認。
早期発見・診断の重要性を強調。

これらの研究は、BAP1遺伝子の変異が複数のがん種に関連しており、特にTPDS1の発症と関係していることを示しています。また、これらの変異は腫瘍の発生メカニズムや診断、治療戦略の理解に重要な情報を提供しています。

アレリックバリアント

アレリックバリアント(16の選択された例):Clinvarはこちら

.0001 腫瘍素因症候群1
BAP1, 1-BP Del, 1305G
主にメラニン細胞性皮膚腫瘍の発生を特徴とする腫瘍素因症候群-1(TPDS1; 614327)の家系の罹患者4人において、Wiesnerら(2011)は、BAP1遺伝子のエクソン13に生殖細胞系列のヘテロ接合性の1-bp欠失(1305delG)があり、フレームシフトが生じていることを同定した。腫瘍解析の結果、腫瘍の50%に染色体3pの欠損が認められ、ハプロタイプ解析の結果、2世代にわたる罹患家族で3p21領域に母方対立遺伝子の分離が認められたことから、この変異が発見された。4人全員に多発性メラノサイト腫瘍が認められ、1人はぶどう膜黒色腫であった。腫瘍組織を再検査したところ、29の皮膚腫瘍とぶどう膜黒色腫でBAP1の欠損が確認された。3p21の欠損を示さなかった腫瘍では、点突然変異のような別の体細胞メカニズムによるBAP1の欠損が認められた。この所見は、生殖細胞系列の素因が本疾患の発症につながり、腫瘍抑制遺伝子に2番目の体細胞ヒットが生じ、腫瘍の発生につながったと考えられる。免疫組織化学的研究では、全てのメラノサイト系新生物でBAP1の核内発現の消失が認められた。ほとんどの腫瘍はBRAF遺伝子のV600E体細胞変異も有していた(164757.0001)。注目すべきことに、この家系の患者は、多数の丘疹性黒色細胞腫瘍があるにもかかわらず、皮膚黒色腫を発症した患者はいなかった。このことは、この疾患の患者から得られた個々の腫瘍における悪性化のリスクは低いことを示唆している。

.0002 腫瘍素因症候群1
BAP1, IVS16AS, -2, A-G
主にメラニン細胞性皮膚腫瘍の発生を特徴とする腫瘍素因症候群-1(TPDS1; 614327)の家系の罹患者において、Wiesnerら(2011)は、最後のエクソン(2057-2A-G)のアクセプタースプライス部位を除去するヘテロ接合性のA-to-G転移を同定した。cDNAの解析から、最後のイントロンスプライシングによって除去されていないことが示された。突然変異保有者1人はブドウ膜黒色腫を発症し、3人は皮膚黒色腫を発症した。残りのBAP1対立遺伝子の体細胞不活性化は、ヘテロ接合性の消失(LOH)によって決定され、13例中9例の皮膚腫瘍、1例のブドウ膜黒色腫、および1例の皮膚黒色腫で認められた。別の家族からの転移性黒色腫はBAP1のLOHを示さなかったが、BAP1の不活性化の代替機序を調べるための追加組織はなかった。一方、一般的な後天性扁平母斑の顕微鏡検査では、小さな均一なメラノサイトとBAP1の強い核発現が認められた。また、ほとんどの腫瘍はBRAF遺伝子にV600E体細胞変異を有していた(164757.0001)。注目すべきは、この家系で皮膚黒色腫を発症した患者は、丘疹性黒色細胞性腫瘍の数と比較してわずか3人であったことであり、この疾患の患者の個々の腫瘍における悪性化のリスクは低いことが示唆される。

.0003 腫瘍素因症候群1
BAP1、IVS6AS、A-G、-2
主に悪性中皮腫の発症を特徴とする腫瘍素因症候群-1(TPDS1;614327)を持つ3世代にわたるウィスコンシン家系の罹患者において、Testaら(2011)はBAP1遺伝子のイントロン6のスプライスアクセプター部位におけるヘテロ接合性の生殖細胞系列AからGへの転移を同定した。この変異を哺乳動物細胞にトランスフェクションしたところ、エクソン8を欠く異常スプライス産物が得られ、フレームシフトにより早期の停止コドンとナンセンス媒介崩壊が予測された。3人の患者の腫瘍組織ではBAP1が完全に欠損しており、野生型対立遺伝子の体細胞喪失と一致していた。腫瘍組織の免疫組織化学検査ではBAP1の核内発現の欠如が認められた。5人の変異保有者は家庭内被曝後に中皮腫を発症した。家族内の他の変異保有者では、各1人が乳癌、卵巣癌、腎癌を発症した。変異は、腫瘍組織が3p21でBAP1の欠損を示した後に同定され、その後この家系で連鎖解析が行われた。

.0004 腫瘍素因症候群1
BAP1, Gln684TER
主に悪性中皮腫の発生を特徴とする腫瘍素因症候群-1(TPDS1;614327)を有するルイジアナ州の2世代家族の罹患者において、Testaら(2011年)は、BAP1遺伝子のエクソン16におけるヘテロ接合性の生殖細胞系列のC-T転移を同定し、gln684-ter(Q684X)置換をもたらした。腫瘍組織の免疫組織化学ではBAP1の核発現の欠如が示された。6人の変異保有者は家庭内被曝後に中皮腫を発症した。家族内の他の変異保有者では、2人が皮膚癌(それぞれ扁平上皮癌と基底細胞癌)を発症し、1人が膵臓癌を発症した。前立腺がんに罹患した家族2人は変異を保有していなかった。

.0005 腫瘍素因症候群1
BAP1、1-bp欠失、1832C
悪性中皮腫およびぶどう膜黒色腫を発症した腫瘍素因症候群-1(TPDS1;614327)患者において、Testaら(2011)は、BAP1遺伝子のエクソン13にヘテロ接合性の生殖細胞系列1-bp欠失(1832delC)を同定し、その結果、BAP1核局在シグナルの上流でフレームシフトと切断が生じた。

.0006 腫瘍素因症候群1
BAP1、4-bp欠失、2008TCAC
悪性中皮腫とブドウ膜黒色腫を発症した腫瘍素因症候群-1(TPDS1; 614327)患者において、Testaら(2011)は、BAP1遺伝子のエクソン14にヘテロ接合性の生殖細胞系列4-bp欠失(2008delTCAC)を同定し、その結果、BAP1核局在シグナルの上流でフレームシフトと切断が生じた。

.0007 腫瘍素因症候群1
BAP1, GLN267TER
腫瘍素因症候群-1(TPDS1;614327)の家系の罹患者において、Abdel-Rahmanら(2011)はBAP1遺伝子にヘテロ接合性の799C-T転移を同定し、核局在領域の近位でgln267からter(Q267X)への置換を生じた。この変異は1,000のゲノムでは認められなかった。推定患者は52歳でぶどう膜黒色腫を発症し、肺腺癌も有していた。さらに3人のがん患者家族がこの変異を有していた: 1人は皮膚黒色腫、1人は髄膜腫、1人はぶどう膜黒色腫と神経内分泌癌であった。死亡した義務的保因者は2人で、それぞれ腹部腺癌、卵巣癌、中皮腫の既往があった。さらに1人の変異保因者は55歳で癌を発症していない。3人の患者の肺腺癌、髄膜腫、ブドウ膜黒色腫の腫瘍組織はすべてBAP1遺伝子の体細胞性ヘテロ接合体欠損を示し、免疫組織化学的検査でBAP1の核内発現が低下していた。この所見は、BAP1遺伝子の二遺伝子性不活性化と一致していた。Abdel-Rahmanら(2011年)は、この家系はいくつかの異なるタイプの腫瘍のリスクを増加させる遺伝性癌素因症候群であると結論した。この家族のプロブランドは、BAP1遺伝子変異をスクリーニングした53人のぶどう膜黒色腫および家族性がん症候群の証拠を有する非血縁者患者のうち、変異を有することが判明した唯一の患者であり、遺伝性ぶどう膜黒色腫のまれな原因であることを示唆している。

.0008 腫瘍素因症候群1
BAP1, THR93ALA
主に腎細胞癌の発症を特徴とする腫瘍素因症候群-1(TPDS1;614327)の家系の罹患者において、Popovaら(2013年)は、ユビキチンドメインの活性部位に近い保存残基にTHR93からALA(T93A)への置換をもたらすと予測されるBAP1遺伝子のヘテロ接合性c.277A-G転移を同定した。この変異はまた、エクソン5内に新しいスプライスアクセプター部位を作り、患者細胞は2つの転写産物を示した:c.256_277delで早期終結(Ile87MetfsTer4)(転写産物の80%)とミスセンス変異T93A(転写産物の20%)。この家族の3つの腎細胞癌はBAP1のヘテロ接合性の消失を示し、癌発生の2ヒット仮説と一致した。変異は全エクソーム配列決定と腫瘍プロファイリングを併用して同定され、サンガー配列決定により確認された。

.0009 腫瘍素因症候群1
bap1, 1-bp 欠失, 1654g
主にブドウ膜黒色腫と中皮腫を特徴とする腫瘍素因症候群-1(TPDS;614327)の家族の罹患者2人において、Popovaら(2013年)は、BAP1遺伝子のヘテロ接合性1bp欠失(c.1654delG)を同定し、フレームシフトと早期終結(Asp552IlefsTer19)をもたらした。義務的変異保因者の1人は腎細胞癌であった。

.0010 腫瘍素因症候群1
BAP1、2-bp欠失、78GG
腎細胞癌、中皮腫、肺癌、皮膚黒色腫を特徴とする腫瘍素因症候群-1(TPDS1; 614327)を有する2人の兄弟において、Popovaら(2013年)は、BAP1遺伝子のヘテロ接合性の2bp欠失(c.78_79delGG)を同定し、フレームシフトと早期終結(Val27AlafsTer41)をもたらした。

.0011 KURY-ISIDOR症候群
BAP1、PRO12THR
Kurry-Isidor症候群(KURIS; 619762)の10歳の女児(患者1)において、Kuryら(2022)はBAP1遺伝子のde novo heterozygous c.34C-A転座(c.34C-A, NM_004656.3)を同定し、その結果、触媒的ユビキチンC末端加水分解酵素ドメインの高度に保存された残基においてpro12からthr(P12T)への置換が生じた。この変異はエクソーム配列決定によって発見されたが、gnomADデータベースには存在しなかった。BAP1欠損HAP1細胞におけるin vitro機能発現研究により、P12T変異体は、BAP1 H2AK119ub基質レベルの増加によって測定されるBAP1活性をレスキューできないことが示された。この変異体はまた、BAP1欠損細胞株におけるBAP1標的遺伝子TMSB4X(300159)とS100A11(603114)の発現をレスキューすることができなかったが、野生型BAP1はこれらの遺伝子の発現を回復させることができた。これらのデータは機能喪失効果と一致した。P12T変異を有する患者由来のT細胞では、ユビキチン化されたH2Aの定常状態レベルがコントロールと比較して大幅に増加しており、これもBAP1脱ユビキチン化活性の機能喪失効果と一致していた。患者は生後18ヵ月で歩行し、初期には発語の遅れがあったが、その後会話は良好であった。乳児期に3回の熱性発作を起こしたが、脳画像は正常であった。行動にも異常があり、感情的で敏感、注意力が乏しいことが指摘された。

.0012 KURY-ISIDOR症候群
BAP1、PRO12ALA
Kury-Isidor症候群(KURIS; 619762)の3歳の男児(患者2)において、Kuryら(2022)はBAP1遺伝子のde novo heterozygous c.34C-G転位(c.34C-G, NM_004656.3)を同定し、その結果、触媒的ユビキチンC末端加水分解酵素ドメインの高度に保存された残基においてpro12-ala(P12A)置換が生じた。この変異はエクソーム配列決定によって発見されたが、gnomADデータベースには存在しなかった。BAP1欠損HAP1細胞におけるin vitro機能発現研究により、P12A変異体は、BAP1 H2AK119ub基質のレベルの増加によって測定されるように、BAP1活性をレスキューできることが示された。しかしながら、この変異体はBAP1欠損細胞株において、BAP1の標的遺伝子であるTMSB4X(300159)とS100A11(603114)の発現をレスキューすることはできなかったが、野生型BAP1はこれらの遺伝子の発現を回復させることができた。これらのデータは、BAP1の脱ユビキチン化活性に対する機能喪失効果と一致した。患者は19ヵ月齢で歩行遅延、発語の遅れ、自閉的特徴を有していた。その他の特徴として、前頭部ボッシング、指合指症、乱視、大動脈弁二尖、再発性耳感染症があった。

.0013 KURY-ISIDOR症候群
BAP1, CYS91ARG
Kurry-Isidor症候群(KURIS; 619762)の血縁関係のない2人の小児(患者7と8)において、Kuryら(2022)はBAP1遺伝子のde novo heterozygous c.271T-C転移(c.271T-C, NM_004656.3)を同定し、その結果、触媒的ユビキチンC末端加水分解酵素ドメインの高度に保存された残基にcys91-arg(C91R)置換が生じた。この変異はエクソーム配列決定によって発見されたが、gnomADデータベースには存在しなかった。BAP1-null HAP1細胞におけるin vitro機能発現研究では、この変異体はBAP1 H2AK119ub基質のレベルの増加によって測定されるBAP1活性をレスキューできないことが示された。この変異体はまた、BAP1欠損細胞株においてBAP1標的遺伝子TMSB4X(300159)とS100A11(603114)の発現をレスキューすることができなかったが、野生型BAP1はこれらの遺伝子の発現を回復させることができた。これらのデータは、BAP1の脱ユビキチン化活性に対する機能喪失効果と一致した。患者7は2歳の男児で、生後17ヵ月で歩行がみられ、軽度の言語遅滞があった。妊娠は多乳房症と嚢胞性水腫を合併していた。顔貌は粗く、軽度の異形がみられた。患者8は4歳の女児で、歩行遅延、発語不良、筋緊張低下、行動障害、異形顔貌を有していた。彼女はまた、滲出性硝子体網膜症や強度近視などの眼球異常も有していた。患者8はBAP1変異体に加えて、CTNNA1遺伝子の切断型R731X変異体(116805)を有しており、これは母方遺伝であった。

.0014 KURY-ISIDOR症候群
bap1, his169arg
血縁関係のないKury-Isidor症候群(KURIS; 619762)の2人の患者(患者9と10)において、Kuryら(2022)はBAP1遺伝子のde novo heterozygous c.506A-G転移(c.506A-G, NM_004656.3)を同定し、その結果、触媒的ユビキチンC末端加水分解酵素ドメインの高度に保存された残基にhis169からarg(H169R)への置換が生じた。この変異はエクソーム配列決定によって発見されたが、gnomADデータベースには存在しなかった。BAP1-null HAP1細胞におけるin vitro機能発現研究では、この変異体はBAP1 H2AK119ub基質のレベルの増加によって測定されるBAP1活性をレスキューできないことが示された。この変異体はまた、BAP1欠損細胞株においてBAP1標的遺伝子TMSB4X(300159)とS100A11(603114)の発現をレスキューすることができなかったが、野生型BAP1はこれらの遺伝子の発現を回復させることができた。これらのデータは、BAP1の脱ユビキチン化活性に対する機能喪失効果と一致していた。患者9は16歳の少年で、軽度の発達遅滞、過敏症として指摘される行動上の問題、発作、遠位骨格異常、斑状脱毛を有していた。彼はまた、NCSTN遺伝子(605254)に二遺伝子変異を有していた。患者10は8歳の女児で、軽度の全体的発達遅滞、発語不良、発作歴、行動異常、軽度の異形性を有していた。彼女は、低い(2%)ヘテロプラスミーを示す意義不明のミトコンドリア変異体を持っていた。

.0015 腫瘍素因症候群1
メラノーマ、ブドウ膜、感受性、2、含む
BAP1、1-bp欠失、1717C
腫瘍素因症候群1

Carboneら(2015)は、腫瘍素因症候群-1(TPDS1;614327)を有する欧州由来の大血統(K4)の罹患メンバー6人において、BAP1遺伝子のエクソン13にヘテロ接合性の生殖細胞系列1-bp欠失(c.1717delC)を同定し、フレームシフトと早期終止(Leu573fsTer3)をもたらした。この変異はエクソーム配列決定により発見され確認されたもので、遺伝子型を決定した家系ではこの疾患と分離していた。変異蛋白質は核局在シグナルを欠くことが予測され、中皮腫組織の免疫組織化学的研究では、BAP1の核染色の欠失が認められ、細胞質局在のみが認められた。入手可能な腫瘍組織でBAP1遺伝子の体細胞性ヘテロ接合体欠損が確認された。これらの所見はBAP1が癌抑制遺伝子であることと一致していた。少なくとも6世代にわたる複数の家族に、悪性中皮腫、ブドウ膜黒色腫、基底細胞癌、平滑筋肉腫、腎細胞癌、皮膚黒色腫などのさまざまな癌が認められた。突然変異保有者の1人は乳癌であった。55歳までにがんが発現する浸透率は高かった。Carboneら(2015年)は、早期発見と診断が効果的な治療につながるため、悪性中皮腫や他のがんについて監視できるこの家族の変異保因者を同定することの重要性を強調した。

黒色腫、ぶどう膜、感受性、2

両側ぶどう膜黒色腫-2(UVM2;606661)を有する48歳の白人男性(患者1)において、Yuら(2020)は、BAP1遺伝子の生殖細胞系列ヘテロ接合性c.1717delC変異を同定した。この変異の機能研究は行われなかった。腫瘍組織の細胞遺伝学的プロファイルでは、3、6、8番染色体の体細胞ダイソミーが認められた。家族歴は、母親の卵巣癌と膀胱癌、母方の曽祖父の膵癌が著明であったが、家族遺伝学的分離研究は行われなかった。この患者には他の腫瘍や全身転移はなかった。

.0016 メラノーマ、ブドウ膜、感受性、2
BAP1、1-bp欠失、79G
ブドウ膜黒色腫-2(UVM2;606661)を発症した54歳の白人男性(患者2)において、Yuら(2020)は、BAP1遺伝子のエクソン3における生殖細胞系列のヘテロ接合性1-bp欠失(c.79delG)を同定した。この変異の機能研究および家族性分離研究は行われなかった。患者はぶどう膜黒色腫のため片眼を核出術したが、後にもう片眼の毛様体に黒色腫が見つかった。全身転移の証拠はなかった。腫瘍組織の細胞遺伝学的プロファイルでは、体細胞性の3番染色体モノソミー、6番染色体ディスソミー、8q染色体増幅が認められた。

参考文献

プロフィール

この記事の筆者:仲田洋美(医師)

ミネルバクリニック院長・仲田洋美は、日本内科学会内科専門医、日本臨床腫瘍学会がん薬物療法専門医 、日本人類遺伝学会臨床遺伝専門医として従事し、患者様の心に寄り添った診療を心がけています。

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